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La electroforesis de DNA o RNA en chips se realiza con el equipo Bioanalyzer 2100 (Agilent). Es un método rápido y fiable para determinar la calidad, integridad y concentración de este tipo de muestras. Los chips contienen una serie de microcanales fluídicos interconectados que se rellenan con una matriz fluorescente. El DNA o RNA se separa mediante electroforesis en función de su tamaño y se visualiza por la emisión de fluorescencia. Los datos se muestran como un electroferograma de fluorescencia y también como una imagen similar a un gel.

Tipos de chip disponibles en el servicio
Tipo de chip Rango de separación (nt) Concentración DNA/RNA total requerida Capacidad del chip (muestras) Parámetros obtenidos
DNA 1000 25-100 0.5-50 ng/μl 12 Concentración
HS DNA 50-7000 5-500 pg/μl 11 Concentración
Nano RNA - 50-500 pg/μl 12 RIN/Concentración
Pico RNA - 0.5-5 pg/μl 11 RIN/Concentración
Small RNA <150 10-100 pg/μl (1) 11 %miRNA

(1)Para las preparaciones de RNA enriquecidas en smallRNA, el límite superior de concentración a analizar será de 20 ng/μl. El rango cuantitativo del ensayo está entre 50-2000pg/μl de miRNA. Para muestras muy enriquecidas se recomienda analizar diferentes diluciones para asegurar que la medida está dentro del rango cuantitativo del ensayo.

Requisitos de las muestras

  • Sólo se necesita 1 μl para el análisis, aunque es necesario enviar al menos 4 μl. Si no se conoce la concentración de la muestra se determinará mediante la medida de la absorbancia en Nanodrop. En este caso se requieren al menos 5 μl de muestra.
  • Si no hay suficiente cantidad de DNA o RNA medida por Nanodrop no se procederá al estudio de su calidad.
  • Enviad la muestras en tubos de 0.5 ml, NO en tubos de PCR.
  • Las muestras se enviarán preferentemente en agua libre de nucleasas. Si las muestras no están en agua, indicad el tampón utilizado para la elución o resuspensión. Una alta concentración de sales puede inhibir la movilidad electroforética de la muestra en los microcanales.

Entrega de resultados

  • Los resultados se entregarán generalmente en un máximo de 5 días laborables desde la recepción de la muestra.
  • Los resultados se entregarán como un fichero PDF que incluirá el electroferograma, una imagen tipo gel y una tabla indicando los picos identificados, su tamaño y concentración. También, en su caso, se indicará el RIN o el % miRNA.
  • Tras el envío de los resultados las muestras sobrantes se guardarán un máximo de 15 días y después se eliminarán. Si se van a recuperar, por favor indicadlo al personal del laboratorio cuando las enviéis.
 
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