L'electroforesi de DNA o RNA en xips es realitza amb l'equip Bioanalyzer 2100 (Agilent). És un mètode ràpid i fiable per a determinar la qualitat, integritat i concentració d'aquest tipus de mostres. Els xips contenen una sèrie de microcanals fluidics interconnectats que s'emplenen amb una matriu fluorescent. El DNA o RNA se separa mitjançant electroforesi en funció de la seua grandària i es visualitza per l'emissió de fluorescència. Les dades es mostren com un electroferograma de fluorescència i també com una imatge similar a un gel.
| Tipus de xip | Rangde separació (nt) | Concentració DNA/RNA total requerida | Capacitat del xip (mostres) | Paràmetres obtinguts |
|---|---|---|---|---|
| HS DNA | 50-7000 | 5-500 pg/μl | 11 | Concentració |
| Nano RNA | - | 50-500 pg/μl | 12 | RIN/Concentració |
| Pico RNA | - | 0.5-5 pg/μl | 11 | RIN/Concentració |
| Small RNA | <150 | 10-100 pg/μl (1) | 11 | %miRNA |
(1)Per a les preparacions d'RNA enriquides en smallRNA, el límit superior de concentració a analitzar serà de 20 ng/μl. El rang quantitatiu de l'assaig està entre 50-2000pg/μl de miRNA. Per a mostres molt enriquides es recomana analitzar diferents dilucions per a assegurar que la mesura està dins del rang quantitatiu de l'assaig.
Requisits de les mostres
- Només es necessita 1 μl per a l'anàlisi, encara que és necessari enviar almenys 4 μl. Si no es coneix la concentració de la mostra es determinarà mitjançant la mesura de l'absorbància en Nanodrop. En aquest cas es requereixen almenys 5 μl de mostra.
- Si no hi ha suficient quantitat de DNA o RNA mesurada per Nanodrop no es procedirà a l'estudi de la seua qualitat.
- Envieu la mostres en tubs de 0.5 ml, NO en tubs de PCR.
- Les mostres s'enviaran preferentment en aigua lliure de nucleases. Si les mostres no estan en aigua, indiqueu el tampó utilitzat per a l'elució o resuspensió. Una alta concentració de sals pot inhibir la mobilitat electroforètica de la mostra en els microcanals.
Lliurament de resultats
- Els resultats s'entregaran generalment en un màxim de 5 dies laborables des de la recepció de la mostra.
- Els resultats s'entregaran com un fitxer PDF que inclourà el electroferograma, una imatge tipus gel i una taula indicant els pics identificats, la seua grandària i concentració. També, si escau, s'indicarà el RIN o el % miRNA.
- Després de l'enviament dels resultats les mostres sobrants es guardaran un màxim de 15 dies i després s'eliminaran. Si es recuperaran, per favor indiqueu-ho al personal del laboratori quan les envieu.
