Logo de la Universitat de València Logo del portal

  • Universitat de València

Análisis de fragmentos

  • Análisis de marcadores moleculares:
    • Cualitativo: determinación del tamaño de fragmentos de ADN mediante electroforesis capilar y detección de fluorescencia. Análisis de STRs, VNTRs, AFLPs, etc.
    • Semicuantitativo: análisis de MLPAs (Múltiplex Ligation-dependent Probe Amplification).
  • Identificación molecular de individuos: obtención del perfil genético de muestras de ADN humanos con distintas procedencias (forenses, bancos de tejidos, etc).
  • Otros análisis: SNPs, SNaPshot, etc.

Mediante las técnicas de genotipado, se pueden visualizar muchos fragmentos de DNA amplificados simultáneamente y obtenerse de esta manera patrones de bandas o fingerprints que pueden ser utilizados en muchas aplicaciones, como la identificación de muestras específicas de DNA.

Preparación de muestras para análisi de fragmentos

  • Enviar al menos 10 μl de la reacción de PCR en la que se ha efectuado el marcaje o de la dilución correspondiente.
  • Indicar el rango de tamaños esperado para los fragmentos.
  • Indicar los fluoróforos utilizados en el marcaje de los cebadores.
Fluoróforos que se pueden usar para el marcaje de fragmentos
Fluoróforo Color Max A (nm) Max E (nm)
6-FAM ™ Azul 494 522
JOE ™ Verde 528 554
HEX ™ Verde 535 553
VIC ® Verde 538 554
NED ™ Amarillo 546 575
Cy3C Amarillo 550 550
PET ® Rojo 558 595
ROX ™ Rojo 587 607
LIZ ® Naranja 638 655
  • Las combinaciones de fluoróforos compatibles con los equipos que existen en el servicio son las siguientes:
Matriz Azul Verde Amarillo Rojo Naranja Aplicación
D 6-FAM ™ HEX ™ NED ™
Cy3C
ROX ™   Genotipado y microsatélites
F 6-FAM ™ JOE ™ NED ™ ROX ™   Perfiles genéticos
G5 6-FAM ™ VIC ® NED ™ PET ® LIZ ® Genotipado y microsatélites
E5 dR110 dR6G dTAMRA ™ dROX ™ LIZ ® SNaPshot
  • Los marcadores de tamaño disponibles en el servicio son los siguientes:
    • ROX-500 para fragmentos de hasta 500 pb.
    • ROX-400 HD para fragmentos de hasta 500 pb.
    • ROX-2500 para fragmentos de hasta 2500 pb.
    • LIZ-500 para fragmentos de hasta 500 pb.

Los marcadores con el fluoróforo ROX se pueden utilizar con los filtros D y F y el marcador con el fluoróforo LIZ con los filtros G5 y E5.

Entrega de resultados

  • El plazo de entrega del resultado de análisis de fragmentos es de 5 días desde la fecha de recepción.
  • Los resultados pueden ser transferidos electrónicamente.
  • El software para interpretar los resultados es GeneMapper de Applied Biosystems que se encuentra instalado en un ordenador del SCSIE o Peak Scanner que se encuentra disponible en la página de Applied Biosystems.

Devolución de materiales

Los productos de PCR sobrantes serán conservados un máximo de cuatro semanas a disponibilidad del usuario y se devolverán previa petición expresa del mismo. Tras este periodo se eliminarán.

Proyectos de marcadores moleculares

  • Determinación y análisis de la variación genética de marcadores moleculares aplicados al estudio de especies determinadas.

Desarrollo de proyectos específicos propuestos por el usuario que requieran la determinación y análisis de la variación genética mediante el uso de marcadores moleculares. Previamente se realizará la evaluación de los marcadores (microsatélites, genes nucleares, organulares, etc.) y métodos más adecuados al proyecto (secuenciación, AFLPs, VNTRs etc.). Por lo que se refiera al estudio de la variación, serán de aplicación los métodos relacionados con la extracción de DNA o RNA de los distintos tipos celulares y tejidos que se requieran, electroforesis, técnicas de amplificación por PCR, clonación, preparación de reacciones de secuenciación, diseño de cebadores, editado y corrección de secuencias obtenidas, alineamiento y análisis filogenético.
Las solicitudes se realizarán por la plataforma LIMS. En la solicitud se realizará una breve descripción del proyecto dónde se indique necesariamente: organismo de estudio, tipo de muestra susceptible del análisis genético y estado de conservación de la misma (fresco, alcohol, acetona etc.), tipo de marcador molecular requerido (si se conoce) y/o problema concreto a resolver, así como cualquier otra información que el usuario considere relevante para la realización del proyecto.

Identificación de OMGs

  • Caracterización e identificación mediante técnicas de PCR de Organismos Genéticamente Modificados.

Identificación de organismos transgénicos mediante técnicas de PCR:

  • Análisis cualitativo: determinación de la presencia de material transgénico en cualquier tipo de muestra.
  • Análisis cuantitativo: determinación del porcentaje de material transgénico que contiene la muestra.

La identificación se puede realizar a partir de DNA obtenido por el usuario o se puede realizar en nuestro laboratorio la extracción de DNA a partir de muestras de tejido.

Ribotipado

  • Caracterización e identificación automática de bacterias mediante estudios de RFLPs.

La identificación y caracterización de bacterias y otros microorganismos tiene un papel muy importante para un gran número de industrias tanto del campo agroalimentario como de la salud. En muchos casos, la utilización de un sistema de caracterización como el RiboPrinter®, ha permitido el análisis y la resolución de problemas que pueden ser muy tediosos y caros utilizando otros métodos más convencionales.
La contaminación bacteriana en productos alimentarios procesados puede originarse a partir de los ingredientes, ambiente o personal que participa en el proceso de transformación de los productos. El ribotipado permite el establecimiento de relaciones inequívocas entre los aislados bacterianos recuperados de cualquiera de estas fuentes y el producto procesado.
Otro campo de aplicación muy interesante de la técnica de ribotipado es la epidemiología. La capacidad del sistema de identificar rápidamente las fuentes de infección abre un gran potencial para el desarrollo de métodos preventivos más eficaces en el ámbito hospitalario.
Además, el sistema de caracterización RiboPrinter® tiene una amplia aplicación en el campo de la investigación básica.

Preparación y envío de las muestras

  1. Las bacterias deben ser cultivadas en placa en el medio adecuado. Hay que hacer una siembra que permita la obtención de colonias aisladas. Las condiciones de incubación óptimas dependerán del tipo de microorganismo, pero en todo caso se trabajará con cultivos jóvenes.
  2. Dado que el procedimiento de ribotipado es ligeramente diferente para bacterias Gram + y Gram -, debes disponer de esta información para la muestra que queráis analizar. Es necesario que indiquéis también si se trata de un microorganismo láctico.
  3. Si mediante otras pruebas tienes información sobre la identificación del microorganismo que se desea ribotipar, será necesario que lo indiquéis en la hoja de solicitud de análisis.
  4. Indicad el enzima con el que queréis realizar la restricción del DNA. Los enzimas disponibles en el servicio son EcoRI, PstI y PvuII. Si queréis utilizar otros enzimas o hacer dobles digestiones, consultadlo con el personal de la sección.
  5. A causa de las características del ensayo, las muestras se analizarán como máximo 24 horas después de su recepción. Por esta razón, poneos en contacto con el personal del laboratorio antes de proceder a su envío.
  6. Las muestras hay que enviarlas a lo dirección del servicio, indicada en la página de contacto.
 
Aquesta pàgina web utilitza cookies pròpies i de tercers amb fins tècnics , d'anàlisi del trànsit per facilitar la inserció de continguts en xarxes socials a petició de l'usuari . Si continua navegant , considerem que accepta el seu ús . Per a més informació consulte la nostrapolítica cookies