En la Secció de Genòmica comptem amb una àmplia experiència en el camp de la seqüenciació i proporcionem accés a les principals plataformes d'anàlisi massiva més avançades tecnològicament.
Les tecnologies de seqüenciació disponibles en la secció són:
- Illumina (MiSeq, NextSeq 550)
- PacBio (Sequel System)
Amb aquests equips disponibles es poden obtindre seqüències curtes amb tecnologies de segona generació (Illumina) i seqüències llargues a partir de molècula única (PacBio), amb el que es posa a la disposició dels investigadors la possibilitat de realitzar estratègies de seqüenciació combinades que permeten abordar diferents aproximacions genòmiques i transcriptòmics.
La secció ofereix assessorament en el disseny de l'experiment i en l'elecció de la tecnologia més adequada. A més, en el laboratori es duu a terme el processament de les mostres tant de DNA com d'RNA: purificació, control de qualitat, preparació de llibreries i seqüenciació en la plataforma triada.
Totes les dades de seqüenciació obtinguts se sotmeten a una anàlisi primària per a garantir la qualitat dels mateixos abans de ser entregats a l'investigador. Aquesta anàlisi primària consisteix en el filtrat de les seqüències de baixa qualitat i l'eliminació dels adaptadors de seqüenciació. Una vegada realitzat aquesta anàlisi, les dades estan disponibles per a la seua descàrrega en un servidor segur i seran emmagatzemats en els nostres sistemes per un període màxim de 3 mesos.
També oferim anàlisi bioinformáticos més avançats com: assemblat de genomes i transcriptomas, anotació, detecció de variants, anàlisis d'expressió diferencial, determinació de variabilitat taxonòmica en comunitats microbianes (16S, ITS, 18S), metagenómica shot-gun, anàlisis de cèl·lula única i anàlisis filogenètiques entre altres.
Per a discutir els objectius i requisits de cada projecte, contacteu amb el personal de la secció (genoscsie@uv.es)
Aplicacions:
- Seqüenciació de novo de genomes de bacteris, virus, plantes, animals i humans.
- Resecuenciación de genomes: detecció de SNPs, CNV, etc.
- Seqüenciació de amplicones (16S rRNA, 18S rRNA, ITS, etc).
- Seqüenciació de metagenomas i metatranscriptomas per a avaluar la diversitat bacteriana, d'arqueges o eucariotes i detectar la seua abundància en mostres ambientals.
- Duplex-seq: seqüenciació per a detecció de mutacions a baixa freqüència
- RNA-seq: anàlisi de transcriptomas, estudis d'expressió diferencial.
- Iso-Seq: seqüenciació de transcrits complets i detecció de variants de splicing.
- Seqüenciació de miRNA.
- Epigenòmica: Xip-seq, Methyl-Seq, MeDIP-seq, etc.
- Anàlisi genòmic i transcripòmic de cèl·lula única.
