Logo de la Universitat de València Logo del portal

  • Universitat de València

En la Secció de Genòmica comptem amb una àmplia experiència en el camp de la seqüenciació i proporcionem accés a les principals plataformes d'anàlisi massiva més avançades tecnològicament.

Les tecnologies de seqüenciació disponibles en la secció són:

  • Illumina (MiSeq, NextSeq 550)
  • PacBio (Sequel System)

Amb aquests equips disponibles es poden obtindre seqüències curtes amb tecnologies de segona generació (Illumina) i seqüències llargues a partir de molècula única (PacBio), amb el que es posa a la disposició dels investigadors la possibilitat de realitzar estratègies de seqüenciació combinades que permeten abordar diferents aproximacions genòmiques i transcriptòmics.

La secció ofereix assessorament en el disseny de l'experiment i en l'elecció de la tecnologia més adequada. A més, en el laboratori es duu a terme el processament de les mostres tant de DNA com d'RNA: purificació, control de qualitat, preparació de llibreries i seqüenciació en la plataforma triada.

Totes les dades de seqüenciació obtinguts se sotmeten a una anàlisi primària per a garantir la qualitat dels mateixos abans de ser entregats a l'investigador. Aquesta anàlisi primària consisteix en el filtrat de les seqüències de baixa qualitat i l'eliminació dels adaptadors de seqüenciació. Una vegada realitzat aquesta anàlisi, les dades estan disponibles per a la seua descàrrega en un servidor segur i seran emmagatzemats en els nostres sistemes per un període màxim de 3 mesos.

També oferim anàlisi bioinformáticos més avançats com: assemblat de genomes i transcriptomas, anotació, detecció de variants, anàlisis d'expressió diferencial, determinació de variabilitat taxonòmica en comunitats microbianes (16S, ITS, 18S), metagenómica shot-gun, anàlisis de cèl·lula única i anàlisis filogenètiques entre altres.

Per a discutir els objectius i requisits de cada projecte, contacteu amb el personal de la secció (genoscsie@uv.es)

Aplicacions:

  • Seqüenciació de novo de genomes de bacteris, virus, plantes, animals i humans.
  • Resecuenciación de genomes: detecció de SNPs, CNV, etc.
  • Seqüenciació de amplicones (16S rRNA, 18S rRNA, ITS, etc).
  • Seqüenciació de metagenomas i metatranscriptomas per a avaluar la diversitat bacteriana, d'arqueges o eucariotes i detectar la seua abundància en mostres ambientals.
  • Duplex-seq: seqüenciació per a detecció de mutacions a baixa freqüència
  • RNA-seq: anàlisi de transcriptomas, estudis d'expressió diferencial.
  • Iso-Seq: seqüenciació de transcrits complets i detecció de variants de splicing.
  • Seqüenciació de miRNA.
  • Epigenòmica: Xip-seq, Methyl-Seq, MeDIP-seq, etc.
  • Anàlisi genòmic i transcripòmic de cèl·lula única.
 
Aquesta pàgina web utilitza cookies pròpies i de tercers amb fins tècnics , d'anàlisi del trànsit per facilitar la inserció de continguts en xarxes socials a petició de l'usuari . Si continua navegant , considerem que accepta el seu ús . Per a més informació consulte la nostrapolítica cookies