Procediment per a l’anàlisi de SNP
1. Estudi previ de la seqüència a analitzar i formalització del pressupost
El client ha d’enviar per correu el nom (segons codi RS) i/o la seqüència de cadaun dels SNPque s’han d’analitzar. Un exemple d’una seqüència seria:
RS2306283:
- GTACTCTGGTAATTTGGGGAAGATAATGGTGCAAATAAAGGGGAATATTTCTCTGTAT
TTCTAGGAAAAGTGAAAATATTCAGTAGATAAGCAAAATGTTTAATTCAGTGATGTTC
TTACAGTTACAGGTATTCTAAAGAAACTAATATC[A/G]ATTCATCAGAAAATTCAAC
ATCGACCTTATCCACTTGTTTAATTAATCAAATTTTATCACTCAATAGAGCATCACCT
GAGATAGTGGGAAAAGGTAAGAATTAATATTGACAGTAAAAAGTCTTCTAAAATGTAT
ACATTTAATTACATC
On el SNP està tancat amb claudàtors i cada genotip possible separat per barres. En cas d’una deleció s’identificaria amb el signe ”-”:
- GTAGACGCT[C/-]GTACGACT
Una inserció s’indicaria amb:
- ATGGATG[G/GTATGT]GTACGCGT
En tot cas es necessiten un mínim de 100pb abans i després dels claudàtors que marquen el SNP.Aquesta seqüència serà analitzada per dissenyar uns amplicons que permeten analitzar els SNP desitjats usant el programa“MassarrayAssayDesign" de SEQUENOM. Al client se li enviarà el resultat d’aquesta anàlisi inicial i s’acordarà quinsSNP es trien per a l’anàlisi i com s’agruparan. El pressupost s’elaborarà en aquest moment tenint en compte el nombre de SNP i de mostres de DNA a analitzar. Una vegada establert l’acord, el client signarà el pressupost i es cobrarà el 50% de la factura corresponent, i es deixarà el 50% restant per després de finalitzar el treball.
2. Enviamentde mostres de DNA
Les mostres s’enviaran en plaques 96 pouets (per exemple,AppliedBiosystems PN 4306737) tapades amb tires de taps (com AppliedBiosystems PN4323032) o films adhesius. En el cas de gran nombre de mostres és possible enviar-les en plaques de 384 pouets.
Per a un projecte típic es recomana enviar uns 500 ug totals a una concentració de 10ng/ul mínima (DNA quantificat per l’usuari mitjançant tècnica fluorimètrica “Picogreen” o similar). No obstant això, es pot intentar treballar amb unes concentracions menors. El DNA enviat estarà dissolt en aigua.
El client enviaràel full Excel (plantilla plaques 96.xls o plantilla plaques 384.xls)adjunt emplenat, amb indicació de la posició de cada mostra de DNA en la placa. Els codis d’identificació de mostra no han de contenir caràcters estranys, com espais, "/", "-", punts, etc.
Procediment per a l’anàlisi quantitativa del grau de metilació del DNA
Amb aquest sistema es poden analitzar múltiples illes CpG de fins a 600 parells de bases de longitud en una única reacció, amb una precisió en el canvi de grau de metilació de fins un 5%. La quantitat de DNA necessària per reacció és mínima (5pg) i no requereix un tractament previ.
1. Estudi previ de la seqüència a analitzar i formalització del pressupost
L’usuari ha d’enviar per correu la seqüència a analitzar (normalment el promotor del gen en qüestió i uns 1000pb upstream). Aquesta seqüència serà analitzada per dissenyar uns amplicons que permeten analitzar el màxim nombre possible de CpG usant el programa "EpiDesigner Beta" de SEQUENOM. Al client se li enviarà el resultat d’aquesta anàlisi inicial i s’acordarà quins amplicons es trien per a l’anàlisi. El pressupost s’elaborarà en aquest moment tenint en compte el nombre d’amplicons i de mostres de DNA a analitzar. Una vegada establert l’acord, el client signarà el pressupost i es cobrarà el 50% de la factura corresponent, i es deixarà el 50% restant per després de finalitzar el treball.
2. Enviament de mostres de DNA
Les mostres s’enviaran en plaques 96 pouets (per exemple AppliedBiosystems PN 43067370) tapades amb tires de taps (com AppliedBiosystems PN4323032) o films adhesius. Per a un projecte típic es necessiten uns 2-3 ug totals a una concentració de 50ng/ul mínima (DNA quantificat per l’usuari mitjançant tècnica fluorimètrica “Picogreen”). No obstant això, es pot intentar treballar amb unes concentracions menors. El DNA enviat estarà dissolt en aigua.
El client enviaràel full Excel adjunt (plantilla plaques 96.xls o plantilla plaques 384.xls)emplenatamb indicació de la posició de cada mostra de DNA en la placa. Els codis d’identificació de mostra no han de contenir caràcters estranys, com espais, "/","-", punts, etc.
Procediment per a quantificació de l’expressió de mRNA.
1. Estudi previ de la seqüència a analitzar i formalització del pressupost
El client ha d’enviar per correu el nom (segons codi Ensembl), cadaun dels mRNA a analitzar. Un exemple d’una seria:
- BRAF-001 Transcript ANEU ENST00000288602
Aquest codi serà analitzat per dissenyar uns oligonucleòtids i competidors que permeten analitzar els transcrits desitjats usant el programa "MassarrayAssayDesign" de SEQUENOM. Al client se li enviarà el resultat d’aquesta anàlisi inicial i s’acordarà quins transcrits es trien per a l’anàlisi i com s’agruparan. El pressupost s’elaborarà en aquest moment tenint en compte el nombre de mRNA i de mostres de RNAque s’hagend’analitzar. Una vegada establert l’acord, el client signarà el pressupost i es cobrarà el 50% de la factura corresponent, i es deixarà el 50% restant per després de finalitzar el treball.
2. Enviament mostres de DNA
Les mostres s’enviaran en tubs d’Eppendorf. Per a un projecte típic es recomana enviar 1- 2 ug de RNA a una concentració de5 0ng/ul mínima (RNA quantificat per l’usuari mitjançant tècnica fluorimètrica “Picogreen” o similar). No obstant això, es pot intentar treballar amb unes concentracions menors. L’RNA enviat estarà dissolt en aigua.
Els codis d’identificació de mostra no han de contenir caràcters estranys, com espais, "/", "-", punts, etc.
