Tipus: Equip
La plataforma d'Arrays, dissenyat per Affymetrix, proporciona un estudi holístic dels organismes des de la perspectiva de la biologia de sistemes, proporcionant una millor comprensió de les interaccions i propietats biològiques en el seu conjunt. Aquesta tecnologia brinda la flexibilitat necessària per a estudiar un subconjunt específic de gens d'interés o poder enfocar l'estudi del genoma a nivell global per a així comprendre i definir en profunditat els mecanismes complexos i les xarxes que subjauen en els processos biològics i malalties.
El Servei disposa del sistema més avançat de bioxips dissenyats per l'empresa líder Affymetrix. Aquest sistema, denominat Genechip®, proporciona una metodologia eficaç, fiable i reproduïble per a l'obtenció de la informació gènica.
La plataforma d'arrays, de tecnologia moderna i de potent instrumentació, possibilita l'anàlisi simultània de milers de gens de manera quantitativa i reproduïble, oferint un equilibri òptim de sensibilitat i especificitat per a una avaluació precisa de l'expressió, per a qualsevol nombre de gens en qualsevol organisme model.
Aquesta plataforma integrada permet dur a terme una àmplia gamma d'estudis experimentals per a obtindre una visió completa dels sistemes biològics. Ofereix una gran selecció d'arrays per a estudiar organismes des de Arabidopsis fins a Zebrafish, a més de disposar d'opcions personalitzades amb CustomExpress per a dissenyar el teu propi array amb els paràmetres i les seqüències d'interés.
Els arrays s'han aplicat a l'estudi de quasi qualsevol tipus de problema biològic. El nombre de publicacions anuals és molt alt i continua creixent. Entre les seues aplicacions trobem descobrir noves vies reguladores, mecanismes de confirmació d'acció, validació de dianes farmacològiques, classificació de malalties, resposta a anàlisis toxicològiques i desenvolupament de diagnòstic.
Entre les més freqüents, estan:
- Estudi de gens que s'expressen diferencialment en condicions diverses (sans/malalts, mutants/salvatges, tractats/no tractats).
- Classificació molecular en malalties complexes. Identificació de gens característics d'una patologia (signatura o signature).
- Predicció de resposta a un tractament.
- Detecció de mutacions i polimorfismes d'un únic gen (SNP).
- Detecció d'aberracions cromosòmiques: CNV/SNPs, LOH, mosaïcisme, UDP…
- Array per a estudi d'expressió gènica tradicional mitjançant “3’ IVT Expression Analysis”. Per a l'anàlisi convencional de patrons d'expressió.
- Array per a estudi del transcriptoma complet “Gene Arrays/Clariom S” per a estudis d'expressió diferencial a major profunditat en contemplar transcrits sense extrems PolyA: lncRNA, lincRNA, etc.
- Array per a estudi de variants de splicing mitjançant els nous “Clariom D/Transcriptome Array” i alternativament amb els “Exon Array”. Per a estudis de nivells d'expressió gènica i a nivell d'exons.
- Array per a estudi de small-RNA, per a estudis de mecanismes mediats per miRNAs, pre-miRNA, snoRNA, scaRNA.
- Array per a mapatge transcriptòmic “Whole Genome Arrays” que cobreixen tot el genoma: estudi d'expressió gènica, splicing alternatiu, miRNA….
- Array per a estudi d'interaccions ADN/proteïna (Xip-on-Xip) amb diferents tipus d'arrays de cobertura total (Tiling Array). Promotors.
- Array per a estudi de citogenètica molecular amb alta sensibilitat, especificitat i resolució per a la identificació d'aberracions cromosòmiques en el control de qualitat de línies cel·lulars (stem cell incl.), estudis prenatals, cèl·lules tumorals… en la detecció d'anormalitats, aberracions submicroscòpiques, pèrdues/absència de heterozigositat, guanys i pèrdues, disomies uniparentals i mosaics.
L'usuari interessat pot posar-se en contacte amb el personal del Servei per a sol·licitar informació i/o pressupost. El pressupost sempre ha d'estar signat per totes dues parts, tant pel responsable del projecte com pel Coordinador/a de la UCIM.
Una vegada acceptat el pressupost, l'usuari proporcionarà les mostres* per a l'estudi seleccionat.
*Recomanacions per a les mostres:
- 3 rèpliques per condició experimental
- Recomanable, per a qualsevol kit d'extracció, eluir la mostra (RNA/DNA) en aigua lliure de nucleases.
- La concentració de la mostra necessària dependrà del protocol. No existeix cap inconvenient en l'enviament de més quantitat de mostra o més concentrada, ja que el Servei podrà normalitzar les mostres abans de l'inici del protocol.
- L'usuari proporcionarà la mostra amb alta qualitat i puresa. Abans de l'inici de l'estudi, es realitzarà a les mostres seleccionades, els controls de qualitat corresponents. S'informarà l'usuari d'aquelles que no reunisquen del mínim de qualitat per a buscar possibles alternatives i/o solucions.
- El volum de mostra sobrant després de la realització de l'estudi podrà ser retornat a l'usuari si així ho sol·licita.
- Respecte a l'enviament de mostres, hauran d'estar ben etiquetades i identificades, i acompanyades per una fulla explicativa on es descriguen les dades de les mostres.
- Les mostres d'RNA/DNA s'enviaran congelades en neu carbònica en tubs de 1,5 ml en aigua lliure de nucleases.
El lliurament de resultats es realitzarà per via email, mitjançant un enllaç de descàrrega, en el termini indicat. O mitjançant l'opció triada per totes dues parts.
Després de la recepció dels resultats, l'usuari haurà de signar un document facilitat pel Servei com a confirmació de la recepció d'aquests resultats.
- Portero Trigo, Jesica Maria
- PIT-Investigacio Escala Tecnica Superior
