La electroforesis de DNA o RNA en chips se realiza con el equipo Bioanalyzer 2100 (Agilent). Es un método rápido y fiable para determinar la calidad, integridad y concentración de este tipo de muestras. Los chips contienen una serie de microcanales fluídicos interconectados que se rellenan con una matriz fluorescente. El DNA o RNA se separa mediante electroforesis en función de su tamaño y se visualiza por la emisión de fluorescencia. Los datos se muestran como un electroferograma de fluorescencia y también como una imagen similar a un gel.
| Tipo de chip | Rango de separación (nt) | Concentración DNA/RNA total requerida | Capacidad del chip (muestras) | Parámetros obtenidos |
|---|---|---|---|---|
| DNA 1000 | 25-100 | 0.5-50 ng/μl | 12 | Concentración |
| HS DNA | 50-7000 | 5-500 pg/μl | 11 | Concentración |
| Nano RNA | - | 50-500 pg/μl | 12 | RIN/Concentración |
| Pico RNA | - | 0.5-5 pg/μl | 11 | RIN/Concentración |
| Small RNA | <150 | 10-100 pg/μl (1) | 11 | %miRNA |
(1)Para las preparaciones de RNA enriquecidas en smallRNA, el límite superior de concentración a analizar será de 20 ng/μl. El rango cuantitativo del ensayo está entre 50-2000pg/μl de miRNA. Para muestras muy enriquecidas se recomienda analizar diferentes diluciones para asegurar que la medida está dentro del rango cuantitativo del ensayo.
Requisitos de las muestras
- Sólo se necesita 1 μl para el análisis, aunque es necesario enviar al menos 4 μl. Si no se conoce la concentración de la muestra se determinará mediante la medida de la absorbancia en Nanodrop. En este caso se requieren al menos 5 μl de muestra.
- Si no hay suficiente cantidad de DNA o RNA medida por Nanodrop no se procederá al estudio de su calidad.
- Enviad la muestras en tubos de 0.5 ml, NO en tubos de PCR.
- Las muestras se enviarán preferentemente en agua libre de nucleasas. Si las muestras no están en agua, indicad el tampón utilizado para la elución o resuspensión. Una alta concentración de sales puede inhibir la movilidad electroforética de la muestra en los microcanales.
Entrega de resultados
- Los resultados se entregarán generalmente en un máximo de 5 días laborables desde la recepción de la muestra.
- Los resultados se entregarán como un fichero PDF que incluirá el electroferograma, una imagen tipo gel y una tabla indicando los picos identificados, su tamaño y concentración. También, en su caso, se indicará el RIN o el % miRNA.
- Tras el envío de los resultados las muestras sobrantes se guardarán un máximo de 15 días y después se eliminarán. Si se van a recuperar, por favor indicadlo al personal del laboratorio cuando las enviéis.
