En la Sección de Genómica contamos con una amplia experiencia en el campo de la secuenciación y proporcionamos acceso a las principales plataformas de análisis masivo más avanzadas tecnológicamente.
Las tecnologías de secuenciación disponibles en la sección son:
- Illumina (MiSeq, NextSeq 550)
- PacBio (Sequel System)
Con estos equipos disponibles se pueden obtener secuencias cortas con tecnologías de segunda generación (Illumina) y secuencias largas a partir de molécula única (PacBio), con lo que se pone a disposición de los investigadores la posibilidad de realizar estrategias de secuenciación combinadas que permiten abordar diferentes aproximaciones genómicas y transcriptómicas.
La sección ofrece asesoramiento en el diseño del experimento y en la elección de la tecnología más adecuada. Además, en el laboratorio se lleva a cabo el procesado de las muestras tanto de DNA como de RNA: purificación, control de calidad, preparación de librerías y secuenciación en la plataforma elegida.
Todos los datos de secuenciación obtenidos se someten a un análisis primario para garantizar la calidad de los mismos antes de ser entregados al investigador. Este análisis primario consiste en el filtrado de las secuencias de baja calidad y la eliminación de los adaptadores de secuenciación. Una vez realizado este análisis, los datos están disponibles para su descarga en un servidor seguro y serán almacenados en nuestros sistemas por un periodo máximo de 3 meses.
También ofrecemos análisis bioinformáticos más avanzados como: ensamblado de genomas y transcriptomas, anotación, detección de variantes, análisis de expresión diferencial, determinación de variabilidad taxonómica en comunidades microbianas (16S, ITS, 18S), metagenómica shot-gun, análisis de célula única y análisis filogenéticos entre otros.
Para discutir los objetivos y requisitos de cada proyecto, contactad con el personal de la sección (genoscsie@uv.es)
Aplicaciones:
- Secuenciación de novo de genomas de bacterias, virus, plantas, animales y humanos.
- Resecuenciación de genomas: detección de SNPs, CNV, etc.
- Secuenciación de amplicones (16S rRNA, 18S rRNA, ITS, etc).
- Secuenciación de metagenomas y metatranscriptomas para evaluar la diversidad bacteriana, de arqueas o eucariotas y detectar su abundancia en muestras ambientales.
- Duplex-seq: secuenciación para detección de mutaciones a baja frecuencia
- RNA-seq: análisis de transcriptomas, estudios de expresión diferencial.
- Iso-Seq: secuenciación de transcritos completos y detección de variantes de splicing.
- Secuenciación de miRNA.
- Epigenómica: ChIP-seq, Methyl-Seq, MeDIP-seq, etc.
- Análisis genómico y transcriptómico de célula única.
