Lynn Margulis inició su carrera científica muy joven y será recordada por haber desarrollado el papel de la simbiosis como fuente de innovación evolutiva. Sus trabajos pioneros de la década de 1960 favorecieron la aceptación progresiva del origen de las células complejas a partir de la reunión de células más simples. La teoría evolutiva actual reconoce e incorpora buena parte de las ideas que Margulis defendió en medio de la indiferencia cuando no del rechazo de la mayoría de los científicos de la época. Otras de sus aportaciones científicas, fruto de un trabajo incansable y entusiasta hasta el mismo momento de la su desaparición, tampoco han estado exentas de controversias. Un ejemplo fue su contribución desde la microbiología a la hipótesis Gaia de James Lovelock.

En el año 2000, en el marco de la celebración del quinto centenario de la Universitat de València, consiguió que la American Geophysical Union celebrara un congreso internacional en la Universidad. En 2001 fue investida doctora ‘honoris causa’ por la Universitat de València, que posteriormente publicó un libro que recoge algunas de sus contribuciones más remarcables: Lynn Margulis, una revolución en la evolución (PUV, 2002). La Cátedra de Divulgación de la Ciencia también ha editado, en catalán y en castellano, la segunda edición de su Early Life. Margulis, que también colaboró con la revista Mètode, siempre reconoció la estima por la Universitat de València, y mostró una gran generosidad hacia sus colegas valencianos, a los que visitó en varias ocasiones, y protagonizó algunos de los actos académicos y científicos más multitudinarios que se recuerdan.