Dr. J. Javier Ruiz-Pernia obtuvo la licenciatura en Química (2002) y el doctorado europeo (2007) en la Universitat de València bajo la supervisión del profesor Iñaki Tuñón. Su tesis doctoral se centró en el desarrollo de metodologías QM/MM y su aplicación a transferencias de protón y reacciones de adición enzimáticas.
En 2007 se trasladó a la University of Bath (Somerset, Reino Unido) para realizar una estancia posdoctoral bajo la supervisión del profesor Ian H. Williams, donde su trabajo se centró en el cálculo promedio de efectos isotópicos cinéticos en reacciones orgánicas y enzimáticas mediante simulaciones QM/MM. En 2010 se incorporó, con un contrato Juan de la Cierva, a la Universitat Jaume I de Castellón (grupo Biocomp), donde estudió el efecto de la presión hidrostática sobre las propiedades mecanísticas y el papel global del entorno en la progresión de los procesos químicos.
En 2014 se incorporó a un puesto posdoctoral en la Universidade Federal de São Carlos (UFSCar, Brasil), en el grupo del profesor Elson Longo, donde desarrolló aplicaciones de métodos QM/MM al estudio de la síntesis de nanomateriales. En 2016 se integró en un proyecto nacional para jóvenes investigadores en la UJI (grupo Biocomp).
Desde 2017 hasta 2021 fue Profesor Ayudante Doctor en el Departamento de Química Física de la Universitat de València; en 2021 obtuvo la plaza de Profesor Titular de Universidad dentro del grupo del profesor Tuñón (https://www.tunonlab.com/). En 2025, obtuvo la plaza de Catedrático de Universidad en el mismo departamento.
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