Emiliano Borja es Catedrático de Derecho Penal de la Universidad de Valencia. Ha desarrollado trabajos e investigaciones en el ámbito del Derecho Penal Parte General (ius puniendi, principios de legalidad y culpabilidad, teoría de la acción, la consumación y terminación, las concepciones del delito en el Derecho Comparado o la imputabilidad), Derecho Penal Parte Especial (delitos contra la vida, delitos patrimoniales de apoderamiento, delitos contra la intimidad, delitos de discriminación racial, delitos contra la salud pública, entre otros muchos), Derecho Penal Internacional (relativos al nacimiento del Derecho Penal Internacional), Globalización y Diversidad Cultural, Política Criminal y Antropología Jurídica.
Ha desarrollado estancias científicas predoctorales en el Max-Planck-Institut für ausländisches und internationales Strafrecht en Freiburg (Alemania) en 1988 y 1989; y postdoctorales en 1991, 1992, 1993 y 1996, y otras en el periodo 2010-2015. También ha desarrollado sus investigaciones en el Institut für die gesamten Strafrechtswissenchaften der Universität München en 1996, 1997 y 1999, cuando esta institución era dirigida por el Profesor Claus Roxin. Ha desarrollado proyectos de investigación en Latinoamérica, entre otras, en la Universidad Central de Ecuador en 1999 y en la Universidad Rafael Landívar de Guatemala en 2001. También ha visitado el Institut für Europäisches Straf- und Strafprozessrecht der Univesität Tübingen en 2006, 2007, 2008 y 2009, cuando se encontraba a cargo del Profesor Joachim Vogel.
Ha actuado como Consultor internacional en programas de fortalecimiento de los sistemas de justicia en Paraguay (2001) con la Unión Europea; en El Salvador (2001) con USAID y Bolivia (2003, 2004, 2005, 2006 y 2007) con AECID.
Fue el director del programa de doctorado del Departamento de Derecho Penal de la Universidad de Valencia (1996-2010).
Ha sido director del Proyecto de investigación “Diversidad cultural: Conflicto y Derecho”, sobre los fundamentos del Derecho indígena, desarrollado en nueve países de Latinoamérica. Es miembro de pleno derecho del Grupo de Estudios de Política Criminal y de la Asociación Internacional de Derecho Penal.
Entre sus libros destacan “Violencia y criminalidad racista en Europa Occidental” (1999), “Tendencias contemporáneas en la teoría jurídica del delito (2000), “Introducción a los fundamentos del Derecho Penal indígena (2000)”, “Las circunstancias atenuantes en el ordenamiento jurídico español” (2002), “Ensayos de Derecho Penal y Política Criminal” (2002), “Problemas político-criminales actuales de las sociedades occidentales” (2003), “¿Existe el Derecho penal indígena” (2005), “Diversidad Cultural: Conflicto y Derecho” (2006), “Curso de Política Criminal” (2011), “Acerca de lo universal y de lo particular del Derecho Penal” (2012) y “La aplicación de las circunstancias del delito” (2015).
Desde el Curso Académico 2009-2010 participa en el Master de Derechos Humanos, Democracia y Justicia Internacional (Universidad de Valencia) impartiendo el submódulo “Globalizacción de la justicia penal”. Y desde el Curso Académico 2010-2011 imparte el módulo “Interculturalidad y Derecho Penal“ en el Master de Especialización en Derecho Penal (Universidad de Sevilla).