Les noves troballes han sigut obtingudes mitjançant aproximacions estructurals i funcionals combinades amb transcriptòmica i bioinformàtica. Els resultats han sigut publicats en la revista ‘Nucleic Acids Research’.

RcsB és una proteïna que s’uneix a l'ADN per a controlar l’expressió de gens els productes dels quals són necessaris per a reorganitzar l’arquitectura de l’embolcall cel·lular en resposta a danys externs. RcsB rep senyals d’altres proteïnes disposades en l’embolcall i que actuen d’antenes, formant totes elles el denominat sistema Rcs, conservat en la família Enterobacteriaceae. Alguns dels processos controlats per aquest sistema inclouen el moviment (síntesi de flagel) i la formació d’una càpsula protectora d’exopolisacàrid. En aquest treball s’ha visualitzat la unió de RcsB a l’ADN, estabilitzada mitjançant fosforilació a seqüències específiques d’ADN el que ha permés identificar la seua seqüència de reconeixement que explica la seua especificitat d’unió. Aquesta seqüència (denominada en l’argot “caixa”) s’ha buscat en tot el genoma de Salmonella i s’han trobat més de 200 llocs d’unió i estant més de la meitat d’ells en regions amb informació de codificació de proteïnes.

A més, s’ha realitzat una anàlisi de seqüenciació massiva d’ARN amb diferents variants mutants de RcsB en residus catalítics que modulen la seua fosforilació. S’han observant canvis en els nivells d'expressió de centenars de gens, alguns relacionats amb el metabolisme del ferro i desconeguts amb anterioritat com a controlats per RscB. Finalment, es van creuar les dades obtingudes mitjançant l'anàlisi de RNAseq i el mapatge genòmic validant la unió de RcsB a aquestes regions.

L'estudi ha permés llançar llum sobre com RcsB podria controlar l’expressió d’un número tan elevat de gens en resposta a danys en l’embolcall i revelar nous gens regulats per aquesta potencial diana de nous antimicrobians.

------------------

Article de referència:
Huesa J, Giner-Lamia J, Pucciarelli MG, Paredes-Martíınez F, Garcíıa-del Portillo F, Marina A and Casino P (2021) Structure-based analyses of Salmonella RcsB variants unravel new features of the Rcs regulon. Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkab060