gse6647

Maribel Alcoriza Balaguer and Guillermo Ayala

2025-03-11

Packages

pacman::p_load(Biobase,affy,ygs98.db)
gcel = GEOquery::getGEOSuppFiles("GSE6647")
system("tar xvf GSE6647/GSE6647_RAW.tar")
gse6647raw = affy::ReadAffy()
system("rm GSM*.gz")
gse6647 = affy::rma(gse6647raw)
type = factor(rep(1:2,4),levels=1:2,labels=c("wt","edc3D"))
x = data.frame(type)
rownames(x) = rownames(pData(gse6647))
datosexperimento = new('MIAME',name = "Singer RH et al.",title = "Expression 
                       analysis of edc3 cell", abstract = "El objetivo de este experimento consiste en encontrar transritos regulados por Edc3p, una proteína 
que participa en la eliminación del grupo CAP del mRNA. Para ello se realizan microarrays de 4 réplicas biológicas tanto de cepas wild-type como de mutantes que presentan una deleción en el gen edc3.",  pubMedIds = "17317628")

pData(gse6647) = x
experimentData(gse6647) = datosexperimento
annotation(gse6647) = "ygs98.db"

Removing genes without ORF.

a = AnnotationDbi::select(ygs98.db,keys=featureNames(gse6647),
                          columns=c("ORF","ENTREZID","ENSEMBL"),keytype="PROBEID")
b = match(featureNames(gse6647),a[,"PROBEID"])
fData(gse6647) = a[b,]
dim(gse6647)
gse6647 = gse6647[which(!is.na(fData(gse6647)[,"ORF"])),]
dim(gse6647)
sel = match(unique(fData(gse6647)[,"ORF"]),fData(gse6647)[,"ORF"])
gse6647 = gse6647[sel,]
featureNames(gse6647) = fData(gse6647)[,"ORF"]

Guardamos el ExpressionSet.

save(gse6647,file="gse6647.rda")