La novela rememora el auto de fe de Valladolid de 1559, en que Felipe II provocó una espectacular quema de eramistas y luteranos, Se inicia el relato con la vuelta en barco de Cipriano Salcedo, el protagonista de esta historia, de un viaje por Europa, al que ha sido enviado por su "conventículo" (secta protestante), para conocer de primera mano, de Melanchton (discípulo de Lutero), aspectos de La Reforma y traerse a España algunos de sus libros más destacados.
A partir de este "Preludio" se nos empieza a contar la historia familiar de los Salcedo, con el nacimiento de Cipriano, cuya madre muere a los pocos días del parto de unas calenturas. La escena del alumbramiento  está contada de forma magistral por Delibes, con una pizca de ternura  y otra de ironía.
Una vez conocida la historia familiar, desde el capítulo V comienza ya a protagonizar el relato el niño Cipriano, que acaba interno en un colegio de expósitos, por expreso deseo de su padre.
El libro II, "la mayoría de edad" contempla a un Cipriano doctorado en leyes, que toma las riendas de sus heredades y negocios, a la par que se muestra obsesionado con su conciencia y con el pecado: "había días de precepto que asistía a 3 misas consecutivas, agobiado por la sensación de haber estado distraído en las anteriores". Esta forma de ser y esta obsesión por la religión le va a llevar hasta el doctor Cazalla, "que hablaba los vienes en la iglesia de Santiago... hombre místico, sensitivo, atormentado", y a tomar contacto con su conventículo y, por ende, con las ideas luteranas.
El libro III relata el auto de fe al que son sometidos Cipriano y sus correligionarios, que han sido presos por la Inquisición.
Es una "obra maestra" más de Delibes que, junto a las peripecias de los personajes, nos dibuja con acierto el Valladolid del segundo tercio del siglo XVI,  y sabe penetrar en las relaciones humanas  de unos seres abocados a vivir una época  de turbulencias y crisis. En Cipriano Salcedo Delibes retrata la tolerancia, la honradez, la libertad de conciencia y otras muchas virtudes por las que , incomprensiblemente para nosotros, pero en coherencia  con la época narrada, será procesado  cruelmente por la Inquisición. Un relato cuyo mérito estriba, tanto en su calidad literaria, como en la transmisión de emociones humanas sin límites. A buen seguro que no defraudará a sus lectores.