Jmol

¿Qué es Jmol?
Jmol es un visor de moléculas gratuito y de código abierto para estudiantes, profesores e investigadores en química y bioquímica. Como el Chime o el Rasmol, con la ventaja de que Jmol es completamente multiplataforma, compatible con sistemas Windows, Mac OS X y Linux/Unix.
Tiene muchas posibilidades, aunque puedes ver algunas de ellas pinchando en el ejemplo (a la derecha) con uno y otro botón del ratón.
¿Por qué me interesa conocerlo?
El principal atractivo de este software (y de ahí su recomendación) es que no necesita plugins adicionales para el navegador. La base que maneja es de Java, cuyo núcleo actualmente está al alcance de todas las máquinas (en muchos casos en la misma preinstalación).
¿Cómo lo consigo?
Jmol es un proyecto ubicado en sourceforge y tiene su espacio web en jmol.sourceforge.net
Una vez creado mi gráfico ¿cómo hago para colgarlo en una página?
Lo que se recomienda es poner en una subcarpeta (a parte) tanto el fichero *.xyz que contiene el gráfico, como los dos ficheros JmolApplet.jar y Jmol.js que contienen la parte Java. Puede ser necesario un tercer fichero llamado sólo "jmol".
Una vez ubicados debidamente, una simple llamada tal como se ha hecho en este ejemplo:
   <html>
      <head>
         <title>Este ejemplo</title>
         <script src="jmol/Jmol.js"></script>
      </head>
      <body>
         <script>
         jmolInitialize("jmol");
         jmolApplet(300,"load jmol/caffeine.xyz");
         </script>
      </body>
   </html>
 Teniendo en cuenta que la carpeta donde están los ficheros en este caso se llama jmol, los archivos deber ir debidamente direccionados (con rutas relativas a ser posible y no absolutas).