En marzo de 1560, los hugonotes hicieron una tentativa de raptar al rey Francisco II de Francia para sustraerlo de la influencia de los Guisa y dar el control del país al príncipe Luis I de Condé. La llamada conjura de Amboise fracasó por una traición, y muchos de los conjurados fueron apresados, entre ellos el príncipe Luis I y su hermano Antonio de Borbón.

El 21 de agosto se produjo un eclipse solar que impresionó a un joven danés de trece años llamado Tyge Brahe. En realidad, lo que le impresionó fue que la fecha del eclipse hubiera sido predicha, y esto lo llevó a interesarse por la astronomía. Compró algunos libros y empezó a estudiarlos con la ayuda de algunos de sus profesores.

El 20 de noviembre, el Papa Pío IV promulgó una bula en la que convocaba una nueva sesión del Concilio de Trento.

Los responsables de la conjura de Amboise fueron condenados a muerte. Varios de ellos ya habían sido ejecutados cuando en diciembre murió súbitamente el rey Francisco II de Francia, a sus dieciséis años, víctima de la tuberculosis. Como no dejó descendencia, fue sucedido por su hermano Carlos IX, de diez años, cuyo título de duque de Orleans pasó a su vez a su hermano Enrique, de nueve años.

El cambio de un niño por otro fue más significativo de lo que podría parecer, porque su madre, María de Médicis, que hasta ese momento no había tenido ningún peso político, fue elegida regente de Carlos IX, en lugar de los Guisa. Su propósito fue asegurar la corona para su hijo, sin importarle si lo conseguía con apoyo católico o protestante. Al igual que Isabel I de Inglaterra, trató de mantener la ambigüedad sobre su postura durante el mayor tiempo posible y, para conseguir sus fines, no dudó en usar cualquier recurso, desde la seducción hasta el envenenamiento. Siguiendo esta política, ordenó la liberación de Antonio de Borbón y Luis de Condé, que de este modo se libraron de la pena capital. El primero aceptó el cargo de lugarteniente general del reino, para lo cual tuvo que declararse católico, decisión que no fue secundada ni por su hermano ni por su esposa, la reina Juana III de Navarra.

El poeta Pierre de Ronsard, que había obtenido un curato ocho años atrás, se convertía ahora en capellán del rey Carlos IX. Un médico llamado Jacques Grévin publicó un libro de poemas con el título El olimpo de J. Grévin. El año anterior había publicado la comedia La tesorera.

A la joven María Estuardo (que acababa de cumplir los dieciocho años) no sólo se le había muerto el marido, sino que poco antes había recibido la noticia de la muerte de su madre, María de Lorena, lo que la obligaba a regresar a Escocia. En su ausencia, el parlamento de Edimburgo declaró al protestantismo religión del Estado.

Otros fallecidos ese año fueron:

• El rey Gustavo I de Suecia, que fue sucedido por su hijo Erik XIV. Gustavo I había dotado a su país de un ejército permanente de quince mil hombres y de una flota de guerra, que hacían de Suecia una potencia de primer orden.
• Anastasia Romanovna, la esposa del zar Iván IV de Rusia.
  
• El almirante genovés Andrea Doria, a los noventa y cuatro años.
  
• El teólogo protestante Philipp Melanchthon.
  
• El teólogo católico Melchor Cano.
  

Pedro de Ursúa había partido de Perú en busca de El Dorado, pero, tras tres meses de recorrido infructuoso, al llegar al  río Marañón se produjo un motín encabezado por Lope de Aguirre, que asesinó a Ursúa en enero de 1561 y se convirtió en el nuevo jefe de la expedición.

El rey Segismundo II de Polonia llegó a un acuerdo con Gottar Kettler, el gran maestre de la orden Livonia, incapaz de resistir por más tiempo la ofensiva del zar Iván IV de Rusia. La orden fue secularizada y Kettler recibió el título de duque de Curlandia, bajo la soberanía polaca. No obstante, no todo el territorio dominado por la orden Livonia fue anexionado a Polonia, ya que el rey Erik XIV de Suecia se apoderó de la región de Reval, la ciudad competidora de Helsinki en el control del comercio con Rusia.

María Estuardo estaba de vuelta en Escocia y trató de combatir a los presbiterianos con mano dura, y así empezó su duelo personal contra el predicador John Knox.

En Inglaterra, Thomas Sackville y Thomas Norton escribieron Gorboduc, la primera tragedia inglesa en versos blancos, inspirada en el estilo de Séneca.

En Francia, Jacques Grévin publicó la tragedia César, sobre las luchas civiles en Roma.

Juan Vázquez de Coronado (hermano de Francisco Vázquez de Coronado, el explorador de América del Norte), fue nombrado alcalde de Nicaragua, y desde allí dirigió una expedición de conquista hacia la franja de terreno situada entre Nicaragua y Panamá, a la que dio el prometedor nombre de Costa Rica. Allí logró aliarse con varias tribus indígenas que le facilitaron la ocupación.

En marzo, Lope de Aguirre declaró su propósito de llegar a la desembocadura del Amazonas para, desde allí, marchar sobre Perú y convertirlo en un reino independiente de España. Su rebelión contra Ursúa había triunfado en gran parte por el apoyo de Francisco de Guzmán, al que nombró "príncipe de Tierra Firme, Perú y Chile". Sin embargo, las discrepancias entre ambos llegaron a tal punto que en mayo Aguirre hizo ejecutar a Guzmán y a sus seguidores.

En Francia, Catalina de Médicis estaba fomentando la rivalidad entre la alta nobleza católica y la protestante para debilitar a ambas facciones. En septiembre hubo un intento de consenso entre ambas Iglesias en el llamado coloquio de Poissy, al que asistió el joven rey Carlos IX, pero no dio ningún fruto, pues el representante de Calvino defendió con firmeza sus dogmas, en especial la negación de la transubstanciación, y provocó una violenta reacción de los católicos. En un momento dado, el capitán general de los jesuítas, Diego Laínez, que participaba como representante del Papa, se dirigió personalmente a Catalina de Médicis (en italiano, lo que aumentaba la descortesía) para prevenirla contra cualquier intromisión en los asuntos de la Iglesia de Cristo. Parece ser que el infructuoso coloquio influyó sobre el humanista Petrus Ramus, que se adhirió a la Reforma y hubo de abandonar una cátedra en el Colegio de Francia que había obtenido diez años atrás gracias al cardenal de Lorena. El rey de Navarra, Antonio de Borbón, renunció a su cargo de lugarteniente del reino presionado por la regente.

Desde la desembocadura del Amazonas, Lope de Aguirre navegó hasta Venezuela, donde se apoderó de la ciudad de Valencia, no obstante, los enfrentamientos con sus seguidores se hicieron cada vez más frecuentes y con ellos las deserciones. En octubre, Aguirre fue capturado en Barquisimeto por las autoridades españolas y fue asesinado en el acto por algunos de sus antiguos compañeros. La revuelta de Aguirre hizo que el virrey del Perú, Andrés Hurtado de Mendoza, fuera destituido, y murió en Lima poco después. Fue sucedido en el cargo por Diego López de Zúñiga. Con estos cambios, Francisco de Villagra pudo tomar posesión finalmente de su cargo de gobernador de Chile.

Durante toda la Edad Media, la corte española había sido itinerante, desplazándose según la conveniencia de los reyes. Ahora el rey Felipe II decidía establecerla definitivamente en Madrid, hasta entonces una población mediana situada en el centro de la península Ibérica y famosa por la limpieza de sus aires y sus aguas.

El príncipe de Orange, Guillermo el Taciturno, se casó con Ana de Sajonia, hermana del príncipe elector Augusto de Sajonia.

Antonio Perrenot, el señor de Granvela, que gobernaba los Países Bajos como consejero de Margarita de Parma, había sido nombrado arzobispo de Malinas el año anterior, y ahora era creado cardenal. Estos ascensos acrecentaron su intransigencia en materia religiosa, que contrastaba con la flexibilidad y la diplomacia que había demostrado en tiempos del emperador Carlos V. El descontento contra Granvela se extendía incluso hasta una buena parte de la nobleza católica, que veía con malos ojos la política centralista de Felipe II. Los flamencos llevaban un tiempo reivindicando la retirada de los tercios españoles, y Margarita de Parma logró ese mismo año que el rey accediera a ello.

El príncipe Carlos, heredero de Felipe II, había padecido unas fiebres intermitentes de las que logró recuperarse, pero, poco después, cayó por unas escaleras y se dañó gravemente la cabeza (más de lo que ya estaba). Se puso muy grave y Felipe II llegó a retirarse a un monasterio dejando dispuestos los funerales, pero finalmente se salvó. Fueron tantos los médicos que lo examinaron y lo trataron que es difícil saber quién y cómo lo curó. Los principales candidatos, según los cronistas, son dos: un curandero morisco, que le aplicó ungüentos mágicos, y la momia de fray Diego de Alcalá, muerto hacía cien años, que le fue colocada junto al lecho. No obstante, es más plausible atribuir el mérito al médico flamenco Andrés Vesalio, que le practicó una trepanación.

Vesalio publicó ese año Anatomicarum Gabrielli Fallopii obseruationum examen, un comentario a las Obseruationes anatomicae, recientemente publicadas por un canónigo de Módena y profesor en Padua llamado Gabriele Falopio. En ella describe el tímpano, el hueso esfenoides, el ovario, la vagina, la placenta, los ligamentos circulares y muchos nervios.

Poco después, Vesalio fue apresado, juzgado y condenado a muerte por la Santa Inquisición, acusado de iniciar una observación anatómica interna en un hombre vivo. Felipe II logró que se le conmutara la pena por una peregrinación a Jerusalén.

La salud mental del príncipe empeoró sensiblemente desde su accidente, y el rey decidió confiar la tutela de su heredero a un amigo de la infancia, un aristócrata portugués llamado Ruy Gómez de Silva, príncipe de Éboli. Su influencia sobre el monarca era tan grande que a sus espaldas lo llamaban Rey Gómez. Las malas lenguas decían que la razón de que el rey lo tratara con tanta consideración era que tenía un lío con su esposa, Ana Mendoza de la Cerda, más conocida como la princesa de Éboli. Era muy aficionada a la esgrima, y se decía que el haber perdido un ojo con esta práctica no había menoscabado su belleza.

El año anterior, los jesuitas habían fundado un colegio en Tréveris, y ahora fundaban otro en Maguncia. Estas instituciones fueron decisivas para que el catolicismo recuperara algo de terreno en Alemania. El Papa Pío IV designo como representantes pontificios en el concilio de Trento a los teólogos Alfonso Salmerón y Pedro de Soto. La decimoséptima sesión del concilio, tras casi diez años de suspensión, se celebró el 18 de enero de 1562. Asistieron ciento trece participantes, todos católicos, ya que los protestantes se negaron a acudir. El que sí que acudió a la inauguración fue el emperador Fernando I, que en una intervención defendió la libertad de conciencia. Ese año, el emperador cedió el título de rey de Bohemia a su hijo Maximiliano.

Justo el día anterior, se había publicado en Francia el edicto de Saint-Germain, por el que se reconocía a los hugonotes el derecho a la práctica pública de su culto, que tenía que celebrarse de día y fuera de las murallas de las ciudades. Por otra parte, se les autorizaba a crear consistorios que se reunieran privadamente en las ciudades para organizar las comunidades religiosas.

El almirante Gaspard de Coligny pidió permiso a Catalina de Médicis para llevar a cabo un segundo intento de fundar una colonia en América, esta vez formada íntegramente por protestantes. La reina le concedió el permiso, y el 18 de febrero zarparon rumbo a Florida dos barcos cargados de hugonotes conducidos por Jean Ribault.

El cirujano Ambroise Paré fue nombrado primer cirujano del rey Carlos IX. Había atendido a su padre, Enrique II, y a su hermano, Francisco II. Tenía una tienda en la calle de l'Hirondelle en París, donde operaba de cataratas, reducía fracturas, asistía en partos y preparaba emplastos. Naturalmente, en la época no había anestésicos, y así, por ejemplo, para una operación de cataratas, el paciente era atado de pies y manos a la silla. Paré es considerado el fundador de la cirugía moderna. Conocía las obras de Hipócrates y Galeno, escribió numerosos tratados en los que no dudó en atacar doctrinas antiguas y prejuicios.

Jacques Grévin publicó un Tratado de anatomía.

Libre ya de las presiones para llegar a un compromiso con los protestantes, el concilio de Trento se mostró tal y como siempre había sido concebido desde Roma. En la decimoctava sesión, celebrada el 26 de febrero, se planteó un gran proyecto de reforma de la Iglesia Católica, lo que se ha venido en llamar la Contrarreforma, cuyo propósito no era en modo alguno el de aceptar los dogmas reformados de luteranos o calvinistas, sino, por una parte, precisar, depurar y dar coherencia a la doctrina católica tradicional y, por otra, tomar medidas para que el clero obrara en consonancia con esta doctrina, evitando las desviaciones y corrupciones que eran parte de la causa de que muchos creyentes se convirtieran a la Reforma.

Ante la política fluctuante de la regente, los católicos franceses decidieron reprimir por sí mismos la herejía. El 1 de marzo, el duque Francisco I de Guisa, que se dirijía a París, sorprendió en Wassy, en Champaña, una celebración protestante que tenía lugar en una granja y que había reunido a cerca de un millar de fieles. Los hombres del duque desencadenaron una matanza en la que degollaron a unas ochenta personas y malhirieron a un centenar.

La chispa saltó a otros lugares: hubo asesinatos de hugonotes en Tours, en Sens y en el Maine. A su vez, los protestantes se defendieron con más violencia, saquearon Lyon y capturaron en Dreux al condestable Monrmorency. El rey de Navarra, Antonio de Borbón, murió a consecuencia de las heridas que sufrió mientras defendía Ruan de un ataque protestante. Fue sucedido, como rey de (la Baja) Navarra y duque de Borbón, por su hijo Enrique III, de nueve años, bajo la regencia de su madre protestante, la reina Juana III. El rey Felipe II de España aportó dinero, y luego soldados, a los católicos franceses, mientras que los protestantes entregaron El Havre a la reina Isabel II de Inglaterra a cambio de financiación. Así empezó la primera de las llamadas guerras de Religión.

El 1 de mayo, la expedición de protestantes dirigidos por Jean Ribault tocó tierra al norte de Florida. Desde allí los franceses se dirigieron más hacia el norte y fundaron la colonia de Charlesfort (en honor al rey Carlos IX). Después Ribault regresó a Francia dejando unos treinta y dos hombres en la colonia. Sin embargo, el asentamiento no duró mucho, ya que los colonos decidieron que estaban mejor en Francia y construyeron unos barcos rudimentarios con el propósito de regresar a su patria. Seguramente se habrían perdido en el mar si no los hubiera encontrado un galeón inglés.

Por esta época, la marina mercante inglesa estaba en una fase de rápido crecimiento. Además de la recientemente abierta ruta comercial con Rusia a través del Ártico, los comerciantes ingleses proporcionaban suministros a las colonias españolas y portuguesas en América, muchos de los cuales los adquirían en África. Ese año, el navegante John Hawkins inició la trata de esclavos entre África y las Indias Occidentales, ante la indignación de españoles y portugueses, que reivindicaban la exclusividad en el negocio.

En Irlanda, los ingleses estaban sufriendo derrotas frente a un caudillo llamado Shane O'Neill, al que la reina Isabel I tuvo que reconocer como rey de Tyrone.

Juan Vázquez de Coronado dirigió una segunda y exitosa expedición a Costa Rica.

Las discusiones sobre la Contrarreforma en el concilio de Trento habían empezado por asuntos demasiado prácticos y el resultado fue que ni en la sesión decimoctava, ni en las dos siguientes, celebradas el 14 de mayo y el 4 de junio, se pudo llegar a ningún acuerdo. En la sesión vigesimoprimera, celebrada el 16 de julio, se volvió a las cuestiones dogmáticas, donde era más fácil llegar a un consenso, y así se aprobó la doctrina, defendida por Pedro de Soto, sobre cómo se debía recibir la Eucaristía, mientras que en la sesión del 17 de septiembre se aprobó la doctrina sobre cómo debía celebrarse la misa.

En la India, el mongol Akbar, aunque era musulmán, demostraba una gran benevolencia hacia los hindúes, hasta el punto de que ahora se casaba con una princesa de esta religión.

El año anterior Tyge Brahe había ingresado en la universidad de Leipzig, donde decidió latinizar su nombre, y desde entonces es más conocido como Tycho Brahe. Teóricamente estudiaba lenguas clásicas, pero le interesaba más la astronomía. En Leipzig tuvo la oportunidad de observar una conjunción de Júpiter y Saturno, y observó que los cálculos realizados según el sistema geocéntrico de Ptolomeo se equivocaban en casi un mes al predecir la fecha, mientras que el sistema heliocéntrico de Copérnico se equivocaba también, aunque sólo en unos días. Aunque todavía estaba por cumplir los diecisiete años, se dijo que él podría perfeccionar los cálculos, y se decidió estudiar astronomía en Leipzig.

El duque de Florencia, Cosme I de Médicis, tenía cuarenta y tres años, y ya hacía dos que había cedido el gobierno de sus estados a su hijo Francisco, que tenía ahora veintiún años. Francisco encargó un crucifijo de marfil al escultor Benvenuto Cellini, como regalo para el rey Felipe II de España. Cellini tenía ya sesenta y dos años, y por estas fechas terminaba sus Memorias, en las que se presenta como aventurero, mujeriego y camorrista.

El poeta italiano Bernardo Tasso tenía un hijo de dieciocho años llamado Torquato, que llevaba tres años trabajando en un ambicioso proyecto titulado Jerusalén libertada, un poema épico situado en la primera cruzada. Ese año terminó paralelamente un poema caballeresco titulado Reinaldo.

El 13 de noviembre llegó a Trento el cardenal de Lorena al frente de una delegación francesa. En las conversaciones previas a la sesión siguiente del concilio, que se retrasó hasta el año siguiente, creció la tensión entre los teólogos italianos y españoles, partidarios de que el Papa fuera reconocido como autoridad indiscutible en todas las cuestiones relacionadas con la Iglesia, frente a los franceses, partidarios de reconocer prerrogativas a los reyes y príncipes en lo tocante a la administración de la Iglesia en cada reino, especialmente en el nombramiento de obispos.

El rey Erik XIV de Suecia trataba de hacerse con el control de los estrechos que separan Suecia de Dinamarca, para monopolizar el comercio del Báltico, pero el rey Federico II de Dinamarca no estaba dispuesto a aceptarlo y en 1563 atacó Suecia, iniciando así una guerra entre ambos países. Polonia apoyó a Dinamarca, por lo que Erik XIV consideró oportuno encarcelar a su hermano Juan, el duque de Finlandia, ya que estaba casado con Catalina Jagellon, que, además de polaca, era católica.

El emperador Fernando I cedió a su hijo Maximiliano el título de rey de Hungría.

El duque Francisco I de Guisa derrotó al príncipe Luis I de Condé y se dispuso a asediar la ciudad de Orleans, tomada por los protestantes, pero el 18 de febrero fue herido por la espalda por el protestante Poltrot de Méré, probablemente (aunque no llegó a probarse) por instigación del almirante Coligny. Francisco I fue sucedido por su hijo Enrique I, de trece años. El 19 de marzo, Catalina de Médicis y Luis I de Condé firmaban la paz de Amboise, que permitía el culto protestante en un número reducido de ciudades. Coligny logró que los protestantes aceptaran el acuerdo, aunque lo consideraban demasiado restrictivo, mientras que los católicos lo acataron a pesar de considerarlo demasiado permisivo. El condestable Montmorency fue liberado. Catalina de Médicis hizo que su hijo Carlos IX fuera declarado mayor de edad a sus trece años. Después de la paz de Amboise, el humanista Petrus Ramus pudo recuperar su cátedra en el Colegio de Francia. Desde el año anterior, Pierre de Ronsard venía publicando unos violentos Discursos en los que defendía la monarquía católica.

En Abisinia murió el rey Minas, que fue sucedido por Sartsa Denguel.

El rey Setthathirat de Lan Xang trasladó la capital desde Luang Prabang hasta Vientiane, en la frontera con Siam.

En Portugal murió el duque Teodosio I de Braganza. Fue sucedido por su hijo Juan I.

El conquistador español Sebastián Garcilaso de la Vega, fallecido en Cuzco cuatro años atrás, había tenido un hijo con una princesa inca. Se llamaba Gómez, pero a sus veinticuatro años decidió cambiarse el nombre por el tradicional de su familia, y pasó a llamarse Garcilaso de la Vega. Por su origen mestizo es más conocido como el Inca Garcilaso. Poco después de la muerte de su padre se había trasladado a España, bajo la protección de su tío Alonso de Vargas, donde siguió la carrera militar.

En Lima murió el gobernador de Chile, Francisco de Villagra, que fue sucedido interinamente por su primo, Pedro de Villagra.

Francisco de Ibarra, que el año anterior había recibido los títulos de adelantado y capitan general de Nueva Vizcaya (al norte de México) fundó las ciudades de Nombre de Dios y Durango.

La batalla de San Quintín había tenido lugar el día de san Lorenzo, por lo que el rey Felipe II había decidido, como acción de gracias, construir un monasterio dedicado al santo. Eligió para ello un lugar conocido como el Escorial porque en él se acumulaba la escoria de una mina de hierro cercana. Por ello el monasterio iba a ser conocido como San Lorenzo de El Escorial. El año anterior se había empezado a allanar el terreno y ahora, el 23 de abril, se colocó la primera piedra. El proyecto quedó a cargo del arquitecto Juan Bautista de Toledo.

El zar Iván IV de Rusia, gracias a sus contactos comerciales con Inglaterra, introdujo la imprenta en Moscú.

La reina Isabel I de Inglaterra promulgó The articles of Religion, que reducía la confesión de fe anglicana a un total de treinta y nueve artículos que conservaban en gran medida la doctrina católica con algunas influencias moderadas del calvinismo.

Desde la llegada a Trento del cardenal de Lorena, la actividad del concilio se había trasladado a un nivel extraoficial. El Papa Pío IV puso a sus delegados bajo la dirección del cardenal Girolamo Morone, que presentó un proyecto de reforma religiosa en 42 artículos. La actitud enérgica del Papa apaciguó los ánimos y finalmente el concilio volvió a reunirse el 15 de julio. El número de asistentes se había elevado a 237. El tema tratado fue el sacramento del orden sacerdotal y la institución de seminarios. El proyecto presentado por Morone se discutió en la sesión vigesimocuarta, celebrada el 11 de noviembre, y en la vigesimoquinta, celebrada los días 3 y 4 de diciembre, en la que fue aprobado. En él se reglamentaba la organización y reforma de las distintas instancias de la jerarquía eclesiástica, desde el nombramiento y los deberes de los cardenales hasta el funcionamiento de las parroquias. También se aprobaron ciertos decretos sobre el el matrimonio, el purgatorio, el culto a los santos, las indulgencias, etc.

Uno de los puntos más conflictivos del debate fue, naturalmente, la supremacía papal, cuestionada por los obispos franceses y alemanes, e incluso por algunos españoles, como el obispo de Segovia, que llegó a afirmar que el obispo de Roma no había sido reconocido por la Iglesia primitiva. Esta y otras tesis similares fueron eruditamente rebatidas por el jesuita Diego Laínez.

En la vigesimoquinta sesión se clausuró el concilio de Trento. Los conciliares abandonaron la ciudad el 6 de diciembre. Ese mismo año murieron el teólogo Pedro de Soto y el cardenal Hércules Gonzaga, que había presidido el concilio.

El 26 de enero de 1564, el Papa Pío IV, por medio de la bula Benedictus Deus et Pater, confirmó las decisiones del concilio y las comunicó a la cristiandad. Encargó a su sobrino, el cardenal Carlos Borromeo que se ocupara de llevar a la práctica en Roma dichas decisiones. Para ello fundó un seminario, favoreció a las órdenes religiosas más identificadas con la Contrarreforma, estableció medidas disciplinarias sobre el clero y se ocupó de mejorar la instrucción cristiana de los fieles.

El Papa aprobó las Constituciones del convento de San José, fundado dos años atrás por una religiosa de cuarenta y nueve años de la orden del Carmelo llamada Teresa de Cepeda y Ahumada, aunque al hacerse monja cambió su nombre por Teresa de Jesús. Mediante dichas Constituciones pretendía reformar su orden con el fin de restablecer su antiguo espíritu. Para ello imponía a sus monjas vida de oración en la celda, ayuno, abstiencia de carne, renuncia a rentas y propiedades comunales o particulares y práctica del silencio.

Por esa época, Teresa de Jesús estaba escribiendo una autobiografía titulada La vida, con la finalidad de que teólogos y letrados pudieran dar su parecer sobre si ciertas visiones que tenía provenían de Dios o del demonio. Según ella misma relata, desde los veinte años, apenas ingresó en el convento, sufrió una grave enfermedad de la que no empezó a mejorar hasta siete años después, llegando incluso en cierta ocasión a ser dada por muerta. Probablemente, la enfermedad, combinada con el tratado ascético que leía constantemente y cuyos ejercicios ponía en práctica, debieron de dejarle alguna clase de perturbación mental que le provocó visiones y experiencias místicas el resto de su vida.

También estaba escribiendo una especie de manual para sus monjas, titulado Camino de perfección, en el que explica la finalidad de la orden (la contemplación), luego el medio para alcanzar dicho fin (la vida de oración), las disposiciones morales para ello y las técnicas para su ejercicio.

La reina de Escocia, María Estuardo, tomó como secretario personal a un italiano llamado David Rizzio, que había entrado a su servicio tres años antes como cantor.

Las noticias de que Nostradamus había predicho la muerte del rey Enrique II habían llegado a oídos de la regente, Catalina de Médicis, que nombró al astrólogo médico del rey Carlos IX.

Dadas las dificultades que los protestantes se encontraban en Francia, Jean Ribault emprendió un nuevo intento de fundar una colonia en América. Esta vez envió a unos trescientos hugonotes bajo el mando de René de Laudonnière, que desembarcaron en el río de San Juan, al norte de Florida. A unos kilómetros aguas arriba, fundaron fort Caroline, cuyo nombre, al igual que el de la colonia anterior, Charlesfort, derivaba del nombre del rey Carlos IX, esta vez de su forma latina.

El 2 de agosto, el Papa estableció la creación de una congregación destinada a la interpretación de los decretos del concilio de Trento.

En el reino de Nápoles se detectó un foco luterano, que fue rápidamente exterminado tan pronto como el rey Felipe II dispuso la creación de un tribunal de la Santa Inquisición. Milán se libró de un tribunal similar gracias a la habilidad de su gobernador, que a la sazón era Gonzalo Fernández de Córdoba, el tercer duque de Sessa, nieto y tocayo del Gran Capitán. Flandes, en cambio, no pudo rechazar el honor, y el decreto que establecía allí una delegación del Santo Oficio fue la gota que colmó la paciencia de la nobleza flamenca (no sólo de la protestante, sino de la católica también). Desde el mismo momento en que Felipe II asumió el gobierno de Flandes, había empezado a publicar edictos contra el protestantismo mediante unas hojas impresas fijadas en las esquinas, conocidas como placards. El rigor de los placards iba en aumento. Por ejemplo, en uno de ellos se establecía que se castigaba con pena de muerte por la espada, fuego o enterramiento en vida a los que vendieran, leyeran, copiaran o recitaran libros protestantes. Iguales castigos sufrían los que profanaran o destruyeran imágenes de la Virgen y los santos, los que se reunieran en conventículos secretos o discutieran sobre los textos de las Sagradas Escrituras. Los flamencos responsabilizaban de estas medidas radicales al cardenal Granvela, pero el descubrimiento de la correspondencia privada entre Granvela y Felipe II ha demostrado que el cardenal no hacía sino seguir fielmente las instrucciones que recibía desde España.

El conde de Egmont escribió una carta al rey en nombre de la nobleza flamenca en la que protestaba por la implantación de la Santa Inquisición y pedía la destitución de Granvela como consejero de Margarita de Parma. El rey accedió a esto último, y Granvela se retiró al Franco Condado, pero los flamencos no tardaron en comprender que su problema no era el cardenal, pues su renuncia vino seguida de una orden de Felipe II por la que promulgaba en Flandes los decretos del concilio de Trento. Los nobles protestaron enérgicamente. El príncipe de Orange, Guillermo I el Taciturno, presentó sus quejas ante Margarita de Parma y, en una sesión del consejo, afirmó que él, aunque pertenecía a la religión católica, no podía aceptar que los príncipes gobernaran las almas de los hombres y privasen a éstas de su libertad en materias de fe y religión. Esta idea tan moderna contrastaba con la dureza de mollera del rey, que escribía al Papa: Preferiría perder todos mis estados, y mil vidas si las tuviera, a reinar sobre herejes.

Ese año murieron:

• El emperador Fernando I, que fue sucedido por su hijo Maximiliano II.
  
• El teólogo protestante Juan Calvino.
  
• El escultor, pintor, arquitecto y poeta Miguel Ángel, a la edad de ochenta y nueve años. (Su actividad como poeta es tardía, pero es autor de unas famosas Rimas.) Sus restos mortales fueron expuestos en los Santos Apóstoles de Roma, antes de ser trasladados a su Florencia natal, donde se celebraron solemnes funerales en su honor.
• El anatomista flamenco Andrés Vesalio. Fue arrastrado por las aguas hasta la isla de Zante (frente a la costa occidental del Peloponeso) cuando naufragó el barco que lo traía de regreso de su peregrinación forzosa a Jerusalén. Allí murió poco después.
  

Nuflo de Chaves, después de haber fundado varias ciudades en Charcas, regresó a Asunción en busca de colonos que quisieran consolidar la ocupación. Hizo tal propaganda de las nuevas tierras que poco faltó para que Asunción quedara despoblada.

En Chile, el gobernador Pedro de Villagra se enfrentó a Martín Ruiz de Gamboa a causa de las leyes nuevas (las leyes que limitaban la explotación de los indios, que seguían llamándose así, aunque ya tenían veinte años). La situación era atípica, ya que en esta ocasión era el gobernador el que no quería aplicarlas. Ruiz de Gamboa logró sobrevivir a un ataque indio en la ciudad de Concepción a pesar de que Villagra lo abandonó a su suerte.

El navegante Andrés de Urdaneta había marchado a México con Pedro de Alvarado veinticinco años atrás, donde había profesado las órdenes agustinas. Allí había retomado sus investigaciones sobre la posibilidad de encontrar una ruta de navegación desde las Indias Orientales hasta América a través del océano Pacífico. Había expuesto el proyecto a la Corona y, finalmente, logró que el virrey de México, Luis de Velasco, organizara una expedición dirigida por un tío de Urdaneta, Miguel López de Legazpi. Partieron del puerto de Navidad el 21 de noviembre. Poco después murió el virrey Velasco.

En el zar Iván IV de Rusia estaban acentuándose cada vez más los síntomas de la paranoia. Aunque probablemente eran el resultado de su complicada infancia, habían empezado a hacerse patentes con la muerte de su esposa Anastasia, cuatro años atrás. Estaba persuadido de que la habían envenenado. Unos años antes, con motivo de una enfermedad que hizo temer su muerte, había podido comprobar que los boyardos (la nobleza) no tenían intención de respetar las disposiciones que había dictado sobre su sucesión. Empezó a desconfiar de todo el mundo y encarceló a quienes consideraba responsables de la muerte de su esposa. Más tarde los había hecho ejecutar. Ahora, Andréi Kurbski, uno de sus más fieles consejeros, disconforme con las arbitrariedades del zar, lo traicionó poniéndose al servicio del rey de Polonia. Desde ese momento, la soledad del zar fue absoluta.

A finales de año, de repente, abandonó Moscú con su familia y se retiró a un poblado a 90 kilómetros de la capital, desde donde anunció su intención de renunciar al trono. Sin embargo, los boyardos, temiendo los desórdenes que provocaría el vacío de poder, le suplicaron que volviera, circunstancia que Iván IV aprovechó para imponer una dictadura como nunca antes se había visto. El país quedó divido en dos territorios: la opríchnina, dominio reservado al zar, formado por las regiones más prósperas que rodeaban a Moscú, y la ziemschnina, o tierras comunitarias. La opríchnina quedó excluida del derecho común y sometida únicamente a la voluntad del zar. Todos los propietarios de la antigua aristocracia, unas doce mil familias, fueron expropiados y, de repente, en pleno invierno, fueron expulsados a la ziemschnina. Las tierras expropiadas las confió a un cuerpo de funcionarios salidos de la baja nobleza que, al deberle todo al zar, le guardaban fidelidad absoluta. Iván IV formó una guardia personal, los opríchniki, que se encargó de consolidar su poder mediante el terror. Sus símbolos eran una cabeza de perro y una escoba atados a su silla de montar, que les recordaban que debían morder a los enemigos del zar y barrer las tierras de Rusia. Así fue como Iván IV se ganó el sobrenombre de Iván el Terrible. Hizo asesinar a cuantos consideró sospechosos de traición. Entre ellos estuvo su primo Vladímir, compañero de infancia, al que obligó, junto con su mujer y su hija, a ingerir veneno en su presencia.

También Akbar, en la India, logró un poder absoluto, aunque lo utilizó con mejor criterio, mostrando siempre un gran respeto hacia la población hindú. Akbar se propuso reconquistar lo que había sido el sultanato de Delhi y desde ese momento pasó casi toda su vida en campañas militares.

El Papa Pío IV había nombrado a su sobrino Carlos Borromeo arzobispo de Milán, aunque no tomó posesión de su sede hasta 1565, desde la cual continuó su labor sistemática de reforma del clero.

Ese año murieron:

• Diego Laínez, el capitán general de la Compañía de Jesús, un tanto amargado por la hostilidad del clero reacio a aceptar las reformas de la Contrarreforma. Fue sucedido al frente de la Compañía por el duque de Gandía, Francisco de Borja.
• El teólogo protestante Guillaume Farel.
• Juan Vázquez de Coronado, el conquistador de Costa Rica. Murió en alta mar, en un viaje a España.
• El matemático Lodovico Ferrari, unos meses después de conseguir un cargo de profesor en la universidad de Bolonia. Llevaba varios años viviendo en Bolonia con una hermana viuda. Se dice que fue ella quien lo envenenó, pues no mostró ninguna señal de duelo en el funeral y  se casó de nuevo dos semanas después de haber heredado la fortuna que Lodovico había amasado años atrás, mientras fue consejero de hacienda del gobernador de Milán. Sin embargo, su nuevo marido no tardó en abandonarla, quedándose con todo el dinero, por lo que murió en la pobreza.
  

Alejandro Farnesio, el hijo del duque de Parma, Octavio Farnesio y de Margarita de Parma, la regente de los Países bajos, se casó a los veinte años con la princesa María de Portugal, nieta del rey Manuel el Afortunado.

Enrique de Avís, el tío y regente del rey Sebastián de Portugal, fue creado cardenal y arzobispo de Lisboa.

El gobernador de Chile, Pedro de Villagra, fue arrestado por soldados llegados de Perú, y fue sustituido interinamente por Rodrigo Quiroga, alcalde de Santiago y suegro de Martín Ruiz de Gamboa.

En Lima empezó a acuñarse el llamado peso fuerte, que pronto se convirtió la base del sistema monetario de las colonias españolas en América.

En México, una revuelta de encomenderos dirigida por Martín Cortés fue el último desafío de los terratenientes a la corona española.

Para prevenir otros intentos de ocupación extranjera, los portugueses construyeron una fortaleza en Río de Janeiro.

En la India, el gran imperio de Vijayanagar, que se extendía por el sur de la península, se dermoronó tras una derrota en Talikota frente a una coalición de cuatro sultanes sureños, que destruyeron la capital y se repartieron el territorio.

El poeta de la Pléyade Rémi Belleau publicó La bergerie, donde trata, en prosa y en verso, temas de tipo pastoril.