Bonaparte había ambicionado llegar desde Egipto hasta la India británica, pero estaba claro que su plan no podía prosperar. Sus comunicaciones marítimas eran más que defectuosas, y sabía que su ejército iría debilitándose paulatinamente hasta verse forzado a capitular. Además, a través de algunos prisioneros británicos y, sobre todo, de la Gaceta de Franckfurt, que le hacía llegar Sidney Smith, estaba al corriente de las derrotas que el Directorio estaba sufriendo en Europa. Por ello, el 23 de agosto de 1799 anunció a sus tropas que se disponía a regresar a Francia para volver con refuerzos, aunque no era ésa en absoluto su intención. Delegó el mando en el general Jean Baptiste Kléber y esa misma noche embarcó clandestinamente. Tuvo la inmensa suerte que en su viaje de cuarenta y siete días no encontró ningún barco enemigo que lo interceptara.

Las guerras que Francia sostenía en tantos frentes habían obligado a realizar nuevos reclutamientos forzosos y, como consecuencia, el 14 de septiembre unos doscientos jefes de la chuanería y la Vendée se reunieron para acordar la vuelta a las armas.

El 19 de septiembre un ejército franco-bátavo derrotó en Bergen (en la república Bátava) a una coalición británico-rusa.

El 25 de septiembre los franceses derrotaron en Zurich a un ejército ruso bajo el mando del general Alexander Mihailevich Rimsky-Korsakov, el ayudante de Suvórov. El combate se reanudó al día siguiente y terminó con un completo desastre para el ejército ruso. Los franceses tomaron su cuartel general en Zurich y capturaron la mayor parte de su artillería e incluso a las mujeres de los oficiales rusos.

El 30 de septiembre los napolitanos entraron en Roma, que unos días antes había sido evacuada por el ejército francés. Así fue disuelta la República Romana.

El 1 de octubre Bonaparte estaba en Ajaccio, en Córcega, donde tuvo que esperar unos días a causa de los vientos contrarios.

El 2 de octubre los franceses fueron derrotados por los británicos en Alkmaar, en la república Bátava, pero el 6 de octubre obtuvieron una nueva victoria ante rusos y británicos en Castricum.

El 9 de octubre murió de disentería el clérigo francés Pigneau de Behaine, el principal responsable de la ayuda francesa al pretendiente Nguyen Anh al trono vietnamita. Éste pronunció una oración fúnebre en su honor en el que lo describe como "el más ilustre extranjero que nunca ha aparecido en la corte de Cochinchina".

El rey del Nepal, Rana Bahadur Sha, en su cuarto año de reinado personal, tras la regencia durante su minoría de edad, decidió renunciar al trono para dedicarse al ascetismo, así que abdicó en su hijo Girvan Yudda Bikram Sha Deva, de dos años de edad, bajo la regencia de su madre Lalit Tripura Sundari y del primer ministro Bhimsen Thapa.

Gracias a la acción de algunos admiradores, la sentencia de cárcel contra Cimarosa fue conmutada por la de destierro. El compositor se dispuso a viajar de nuevo a San Petersburgo.

El 15 de octubre, según lo acordado, se produjo la insurrección de los chouans. La revuelta cubre un territorio más extenso que en ocasiones anteriores. Numerosas ciudades son tomadas, aunque las retienen poco tiempo.

El 18 de octubre los rusos y británicos se vieron obligados a firmar la Convención de Alkmaar, por la que abandonaban la república Bátava.

El 20 de octubre unos dos mil chouans derrotaron a un ejército republicano en Nantes.

El 22 de octubre el zar Pablo I de Rusia abandonó la Segunda coalición.

Ese mismo día, Francisco de Saavedra fue cesado como primer ministro español, y sucedido por Mariano Luis de Urquijo, que trató de limitar en todo lo posible el poder de la Santa Inquisición. También aprovechó que todavía no se había nombrado un nuevo Papa para tratar de conferir a los obispos españoles algunas atribuciones del sumo pontífice.

Boccherini, que seguía residiendo en Madrid, dedicó seis quintetos "a la República Francesa". 

Desde principios de año, en la isla de Malta habían surgido insurgentes que querían expulsar a los franceses, y formaron un Congreso Nacional que envió una carta al rey Jorge III ofreciéndole la soberanía de la isla. Sin embargo, no obtuvieron respuesta por parte de los británicos. El 1 de noviembre Nelson se acercó a La Valetta  y pidió la rendición de la ciudad al respondable francés: Claude-Henri Belgrand de Vaubois. Sin embargo, éste esperaba refuerzos franceses y manifestó su intención de resistir. Nelson encomendó a Alexander Ball que se pusiera al frente de los soldados malteses, unos 2.000 soldados regulares más otros 1.500 voluntarios. Un asunto delicado era que los malteses habían ofrecido la soberanía a los británicos, pero el rey Fernando I de las Dos Sicilias consideraba que Malta debía integrarse en su reino. Entre los propios malteses había también partidarios de esta opción. No obstante, Fernando I aceptó que Ball fuera nombrado gobernador de Malta.

Bonaparte estaba de regreso en Francia, y fue aclamado en su camino hasta París. Pronto fue recibido por el abate Sieyès, que lo consideró el apoyo militar idóneo para su proyecto de golpe de estado. Su idea era sustituir al Directorio por dos cónsules, como en la antigua Roma, de modo que uno (por ejemplo, él mismo) se ocupara de los asuntos civiles y el otro (por ejemplo, Bonaparte) de los militares. El 8 de noviembre Bonaparte convocó en su residencia a una serie de oficiales de confianza. Éstos pensaron que el general se disponía a marchar a Italia y que tenía intención de darles órdenes al respecto de la campaña. A las cinco de la mañana del 9 de noviembre se convocó a los miembros del Consejo de Ancianos para las siete de la mañana, aunque la convocatoria no llegó a los que no parecían susceptibles de aceptar un golpe de estado. A esa hora los oficiales llegan a la residencia de Bonaparte y éste les explica todos los males que caerán sobre Francia si no se reforma el sistema de gobierno.

A las ocho de la mañana, los diputados del Consejo de Ancianos son "informados" de que un complot anarquista quiere acabar con sus vidas y que, por su seguridad, deben ser alejados de París. Se acuerda el traslado a Saint-Cloud y, hasta que se restablezcan allí las sesiones al día siguiente, se prohibe toda deliberación. Se encarga al general Bonaparte que haga lo necesario para que se cumplan estas disposiciones. Esto le es notificado a las ocho y media y todos los militares que había convocado gritan ¡Viva Bonaparte!, ¡Viva la República! Napoleón se dirige así a los militares:

Soldados: el decreto extraordinario del Consejo de Ancianos es conforme a los artículos 102 y 103 de la Constitución; me ha adjudicado el gobierno de la ciudad y del ejército. Yo lo he aceptado para secundar las medidas que ha tomado y que son todas en favor del pueblo. La República está mal gobernada desde hace dos años. Vosotros habéis esperado que mi regreso pusiera fin a tantos males; apoyaréis a vuestro general con la energía, la firmeza y la confianza que siempre he visto en vosotros. La libertad, la victoria y la paz devolverán la República franceza al rango que ella ocupaba en Europa y que sólo la ineptitud o la traición han podido hacerle perder. ¡Viva la República!

A las nueve, Bonaparte fue recibido por el Consejo de Ancianos junto con su estado mayor, y allí pronunció estas palabras:

La república fallece; vosotros os habéis percatado y vuestro decreto la salvará. ¡Malditos aquellos que querrían el caos y el desorden! Yo los arrestaré. No busquéis en el pasado ejemplos que podrían retrasar vuestra marcha. Vuestra sabiduría ha producido este decreto, nuestros brazos sabrán ejecutarlo. Queremos una república fundada sobre la verdadera libertad, sobre la libertad civil, sobre la representación nacional. La tendremos, lo juro, lo juro en mi nombre y en el de mis compañeros de armas.

Los militares ocuparon rápidamente la capital francesa, los directores Gohier y Moulin se dieron cuenta de que habían sido abandonados por los otros tres y que eran custodiados por un general. Sieyès y Ducos se unieron al Consejo de Ancianos. Barras Gohier y Moulin llamaron a un general y trataron de darle órdenes, pero éste les explicó que, en virtud del decreto del Consejo de Ancianos, no reconocía otra autoridad que la de Bonaparte. Éste, dirigiéndose indirectamente a los Directores y sus ministros, exclamó ante el Consejo de Ancianos:

¿Qué habéis hecho de esta Francia que os dejé tan floreciente? Os dejé la paz y me encuentro con la guerra, Os dejé victorias y me encuentro derrotas, Os dejé los millones de Italia y encuentro por todas partes leyes expoliadoras y miseria. ¿Qué habéis hecho de los cien mil franceses que yo conocía, todos mis compañeros de gloria? Están muertos. Este estado de cosas no puede durar. Antes de tres años nos llevaría al despotismo, pero nosotros queremos la República, la República sostenida sobre las bases de la igualdad, de la moral, de la libertad civil, de la tolerancia política. Ya es hora de que se dé a los defensores de la patria la confianza a la que tanto derecho tienen. Según el parecer de esos facciosos, pronto seríamos todos enemigos de la República, nosotros que la hemos reforzado con nuestro trabajo y nuestro coraje. Nosotros no queremos gente más patriota que los bravos que han sido mutilados al servicio de la patria.

A mediodía dimitieron como Directores Barras, Sieyès y Duclos. Bonaparte aseguró el camino a Saint-Claud, adonde a lo largo del día se trasladaron los diputados. A las ocho de la mañana del 10 de noviembre ya habían llegado todos con sus familias. Por lo demás, la vida en París transcurría con normalidad. A las doce y media Bonaparte llegó a Saint-Claud escoltado por un destacamento de caballería. Allí fue recibido con gritos de ¡Viva Bonaparte! de sus partidarios y otros de ¡Viva la Constitución! de sus detractores. A las dos se abrió la sesión del Consejo de los Quinientos, y los diputados jacobinos pidieron explicaciones. A las tres y media el Consejo de Ancianos fue informado de que tres Directores habían dimitido, y pidió al Consejo de los Quinientos que elaborara una lista de candidatos para sustituirlos. Entonces entró Bonaparte en la sala para negar las acusaciones que lo pintaban como un nuevo César que pretendía instaurar un gobierno militar. Un diputado interrumpió su discurso para preguntarle ¿Y la Constitución? y Bonaparte replicó enfurecido:

¡La Constitución, la Constitución! ¿Os atrevéis a invocarla? La habéis violado el 18 fructidor, el 22 floreal, el 30 pradial... Habéis violado en su nombre todos los derechos del pueblo. Nosotros fundaremos, a vuestro pesar, la libertad y la República. Tan pronto como hayan cesado los peligros que han hecho que se me concedan poderes extraordinarios abdicaré de tales poderes.

Alguien gritó preguntándole qué peligros eran ésos. Bonaparte continuó:

Si he de explicarlo todo, os diré que Barras y Moulin me han propuesto corregir el gobierno. Yo sólo he contado con el Consejo de Ancianos, no he contado en absoluto con el Consejo de los Quinientos, donde se encuentran quienes querrían devolvernos a la Convención y a los Comités revolucionarios. Ahora me marcharé, y si algún orador, pagado por extranjeros, hablara de ponerme fuera de la ley, que se preocupe de llevar ese arresto contra sí mismo. Si hablara de ponerme fuera de la ley, yo apelo a vosotros, mis bravos compañeros de armas, a vosotros, mis bravos soldados que yo he llevado tantas veces a la victoria. Yo me remitiré, mis verdaderos amigos, a vuestro coraje y a mi fortuna.

A las cuatro, el Consejo de los Quinientos discutía sobre la sustitución de Barras, pero a las cuatro y media entró Bonaparte en la sala acompañado de algunos soldados. Le acompañaron gritos de ¡He aquí los sables! ¡He aquí los hombres armados! ¡Abajo el tirano! ¡Abajo el dictador! ¡Fuera de la ley el nuevo Cromwell!  Un diputado le golpeó en la espalda y le dijo: ¡Ya está claro porqué has "aportado tantas victorias"! Otro lo cogió de ambos brazos y le dijo: ¿Qué haces, qué haces, temerario? Estás violando el santuario de las leyes.

Bonaparte, creyendo su vida en peligro, salió de la sala sin poder pronunciar una palabra. Se encontró entonces con el abate Sieyés, al que le dijo: "Me quieren declarar fuera de la ley" (con lo cual, todo ciudadano estaba autorizado a matarlo). Sieyés le responde: Son ellos quienes se han puesto fuera de la ley, es necesario enviar tropas. El Consejo de los Quinientos estaba presidido por Lucien Bonaparte, hermano de Napoleón, que no consiguió poner orden y levantó la sesión, tras lo cual tuvo que salir escoltado por un grupo de soldados.

A las cinco, Bonaparte creyendo que ha sido declarado fuera de la ley, salta por la ventana gritando ¡A las armas! Monta a caballo y se reune con su hermano, que le explica que la mayoría del Consejo de los Quinientos está aterrorizado por algunos diputados armados de puñales. Le dice: "No reconozcas como legisladores de Francia más que a aquellos que se han venido conmigo. En cuanto a los que se han quedado en la sala, que la fuerza los expulse. Esos bribones ya no son representantes del pueblo. Son los representantes del puñal."  Napoleón tomó la palabra y se dirigió a sus soldados: Soldados: yo os he llevado a la victoria. ¿Puedo contar con vosotros? y en respuesta recibió aclamaciones: Sí, sí, ¡Viva el general! Entonces Lucien instó a los soldados a poner orden en los consejos. A las cinco y media los soldados armados con bayonetas hacen salir a todos los diputados que encuentran y los dispersan.

A las siete menos cuarto el Consejo de Ancianos decide nombrar un gobierno provisional de tres miembros. También decide suspender las reuniones del Consejo hasta el 1 nivoso (dentro de algo más de un mes). Sin embargo, Bonaparte no queda satisfecho, porque el Consejo de Ancianos ha aceptado como un hecho la disolución del Consejo de los Quinientos. En su lugar, dio orden de buscar a todos los diputados favorables que pudiera encontrarse para reconstituirlo. A las nueve habían regresado unos cincuenta diputados de los quinientos que formaban el Consejo. Lucien Bonaparte presidió la reunión y la cámara acordó excluir a sesenta y un diputados que se obstinaban en mantener la antigua constitución. Entre las dos cámaras se acordó abolir el Directorio y sustituirlo por tres cónsules, que provisionalmente serían Bonaparte, Sieyès y Ducos, así como el nombramiento de una comisión para revisar la Constitución.

Ese día murió el químico británico Joseph Black.

El 28 y el 29 de noviembre, los británicos hacen llegar a los chouans un suministro de armas. Bonaparte adopta una política conciliadora y suprime las levas forzosas. (No las necesitaba, su popularidad le bastaba para obtener voluntarios).

El 30 de noviembre se inauguró el cónclave en Venecia que debía elegir al nuevo Papa, aunque contó sólo con la presencia de treinta y cuatro cardenales, pocos, pero suficientes para no ponerse de acuerdo. Al parecer, el Espíritu Santo se había quedado en Roma. En gran parte, la culpa fue de un trigésimo quinto cardenal que se unió al cónclave más tarde: era Franziskus Herzan von Harras, representante del emperador Francisco I, que impuso por dos veces un derecho de veto que obligó a descartar a dos candidatos que habían alcanzado el consenso suficiente.

El 9 de diciembre se abrieron negociaciones entre el gobierno francés y los rebeldes chouans. Paulatinamente los jefes chouans van firmando treguas, aunque algunos se muestran partidarios de seguir la lucha.

El 12 de diciembre George Washington cogió una laringitis tras montar a caballo en un día muy frío. Murió el 14 de diciembre, aunque no está muy claro si fue a causa de la laringitis o de las sangrías que le aplicaron los médicos que lo atendieron.

También murió ese año el príncipe elector Carlos Teodoro de Baviera. No dejó descendencia y fue sucedido por un pariente lejano, el duque de Zweibrücken, que ahora se convertía en el príncipe elector Maximiliano I José de Baviera. Tenía entonces cuarenta y tres años. De joven había formado parte del ejército francés, pero luchó del lado austríaco tras la Revolución Francesa. Sin embargo, sentía simpatías por los ideales revolucionarios y tras el ascenso de Bonaparte al Consulado se convirtió en aliado de Francia.

La comisión constitucional francesa trabajaba a marchas forzadas, y Bonaparte intervenía de tanto en tanto para acelerar las cosas. Finalmente, el 26 de diciembre entró en vigor la nueva Constitución, la Constitución del año VIII. A diferencia de las constituciones anteriores, en ella no hay referencias a los derechos del hombre o a la defensa de las libertades. Por el contrario, es mucho más técnica y su propósito es definir claramente un sistema de gobierno republicano con un poder ejecutivo fuerte. Éste estará formado por tres cónsules, de los cuales, sólo el primer cónsul tiene autoridad de hecho, mientras que los otros dos tienen una función meramente consultiva. En la propia Constitución se establece quiénes serán los cónsules: el primer cónsul será —cómo no— Bonaparte, y los otros dos serán Jean-Jacques-Regis de Cambacérès, uno de los diputados del Consejo de los Quinientos partidarios de Bonaparte, y Charles-François Lebrun, que había formado parte del Consejo de Ancianos. El primer cónsul tiene la potestad de nombrar los principales funcionarios públicos e incluso se le otorga cierta iniciativa en materia legislativa. También tiene importantes poderes en cuestiones diplomáticas y militares.

El 28 de diciembre la libertad de culto fue reconocida en Francia.

El poder legislativo es tricameral: La primera cámara es un Tribunado de 100 diputados tiene la misión de debatir los proyectos de ley, la segunda es un Cuerpo legislativo de 300 diputados ha de votarlos sin discutirlos. Un Consejo de Estado formado por cincuenta miembros nombrados por el primer cónsul se encarga de preparar las primeras versiones de los proyectos de ley, para su discusión en el Tribunado. La tercera cámara es un Senado conservador, encargado de asegurar la constitucionalidad de las leyes. Consta de sesenta miembros vitalicios nombrados por Bonaparte, a los que se irán añadiendo dos miembros suplementarios cada año durante diez años, hasta llegar a veinte miembros suplementarios. La Constitución establecía que los cónsules provisionales Sieyès y Roger-Ducos se convertían en senadores. Entre los primeros senadores había antiguos revolucionarios, pero también científicos como Lagrange o Laplace, filósofos, exploradores como Bougainville, pintores, etc.

El sistema electoral, es en teoría, el sufragio universal (entendiendo que las mujeres son parte de otro universo y no votan, claro), pero en la práctica tiene poco de sufragio y poco de universal. Dejando de lado que había una serie de condiciones por las que a un ciudadano se le podía excluir del sistema electoral, además sucedía que los ciudadanos no votaban candidatos, sino que elaboraban listas: los electores de cada cantón elegían a la décima parte de ellos para formar una lista de la que el gobierno extraía las autoridades locales. Los miembros de las listas de los cantones de un mismo departamento se reunían y elegían a la décima parte de ellos para formar una lista de la que el gobierno extraía las autoridades departamentales, y los miembros de las listas departamentales elegían a la décima parte de ellos para formar una lista nacional de la que se extraían los funcionarios nacionales, entre ellos los miembros del Tribunado y del Cuerpo Legislativo. El Senado conservador elegía a sus propios miembros sin ninguna clase de participación ciudadana.

Laplace publicó ese año los dos primeros volúmenes de su Tratado de mecánica celeste. El primero está dividido en dos libros: uno contiene las leyes del movimiento de los sólidos y los fluidos, y el otro trata sobre la ley de gravitación universal y los movimientos de los centros de gravedad de los cuerpos del sistema solar. El segundo volumen aplica la mecánica al estudio de los planetas. Bonaparte nombró a Laplace ministro del Interior, pero lo destituyó al cabo de seis semanas. Más tarde diría que lo destituyó porque llevó al gobierno el espíritu de lo infinitamente pequeño.

En Madrid, el quiímico Joseph Proust demostró que el azúcar de la uva es el mismo que el de la miel. Además, identificó tres azúcares químicamente distintos entre sí.

Beethoven publicó su sonata para piano número 8, compuesta el año anterior y que a la que el editor puso el sobrenombre de Patética. Su combinación de técnica y lirismo la convierten en una pieza fundamental en su género, sin duda la pieza más moderna que había compuesto Beethoven hasta entonces. Sus otras producciones de ese año son más tradicionales, como el septeto Op. 20 y su primera sinfonía, y lo mismo puede decirse de sus primeros cuartetos de cuerda, también del año anterior.

Salieri estrenó su ópera Falstaff.

William Godwin publicó su novela Saint Leon.

El año anterior Schiller había publicado Los Piccolomini, la segunda parte de su trilogía Wallenstein, y ahora publicaba la tercera: La muerte de Wallenstein.

De acuerdo con la nueva Constitución, el 1 de enero de 1800, Bonaparte, Cambacérès y Lebrun son investidos como cónsules de la República Francesa.

El 16 de enero, el ejército de Inglaterra pasó a llamarse el ejército del Oeste, porque Bonaparte tenía pensado emplearlo en sofocar las revueltas de los chouans y los vendeanos. Constaba de 30.000 hombres, que se convirtieron en 30.000 argumentos por los que algunos jefes chouans firmaron la paz definitivamente, pero otros esperaban que el conde de Artois, el hermano del rey nominal de Francia Luis XVIII, volviera a desembarcar en Francia con un ejército de 20.000 realistas emigrados y soldados británicos.

En Egipto, el general Kléber estaba entablando negociaciones con los británicos y los otomanos para pactar una retirada honorable de los franceses. El 24 de enero se llegó a un acuerdo, pero los británicos lo incumplieron y se abrieron nuevamente las hostilidades.

El 25 de enero el general republicano Olivier Harty decidió atacar a los chouans sin esperar la llegada del ejército del Oeste. Contaba con 4.000 soldados, pero los chouans reunieron el doble de hombres y obtuvieron la victoria, aunque ningún bando sufrió excesivas bajas. La batalla es conocida como la batalla del puente de Loc'h.

El 6 de febrero Bonaparte envió una pequeña flota en auxilio de la guarnición en Malta. Estaba formada por Le Généreux, que había sobrevivido a la batalla del Nilo, junto con otros cuatro barcos de apoyo, cargados con provisiones y 1.200 hombres. Al frente de la expedición estaba el contra-almirante Jean-Baptiste Perrée.

Ese mismo día los republicanos derrotaron nuevamente a los chouans. A lo largo del mes, los últimos jefes chouans fueron rindiéndose. El 14 de febrero se rindió uno de los más fanáticos: Georges Cadoudal.

El 18 de febrero la flota francesa que se dirigía a Malta fue divisada y Nelson se lanzó en su persecución. Perrée murió al principio del ataque y Le Généreux fue capturado. El resto de la flota regresó a Francia.

El 25 de febrero Cadoudal marchó a París y se entrevistó con Bonaparte el 4 de marzo.

La Fayette volvió a Francia después de años de exilio, pero se negó a aceptar ningún cargo oficial y vivió retirado de la política.

El 14 de marzo la Iglesia Católica tuvo finalmente un nuevo Papa. Se trataba del cardenal Luigi Barnaba Chiaramonti, que, en homenaje a su predecesor, adoptó el nombre de Pío VII. No era el candidato que deseaba el emperador, y no se le autorizó a ser coronado en la basílica de San Marcos, en Venecia. En correspondencia, el Papa rechazó la invitación del emperador de trasladarse a Viena.

Una sublevación popular expulsó a los franceses de El Cairo, pero el 20 de marzo los franceses derrotaron a los otomanos en Heliópolis, una vez más en un combate muy desigual, en el que los turcos perdieron 3.000 hombres y los franceses unos 300. Poco después Kléber recuperó El Cairo.

El 21 de marzo el Papa Pío VII fue coronado en una pequeña capilla en un monasterio veneciano. Como los tesoros papales estaban en Roma algunas mujeres nobles venecianas le compusieron una tiara de papel maché adornada con sus propias joyas.

Ese mismo día Rusia y el Imperio Otomano firmaron el tratado de Constantinopla, por el que reconocían a las islas jónicas el status de república tributaria del Imperio Otomano, con el nombre de República Septinsular, a la que dotaron de una constitución supuestamente redactada por el propio zar Alejandro I, y que lo convertía en "protector" de la república. En la práctica, la república era completamente autónoma. El poder ejecutivo residía en un senado de doce miembros que elegía un príncipe-presidente. Todos los puestos clave quedaban en manos de la nobleza, y el clero no tenía más que una autoridad moral sobre el Estado. Un hecho notable es que como lengua oficial se estableció el griego, en lugar del italiano vigente hasta entonces.

El jefe chouan Georges Cadoudal se entrevistó nuevamente con Bonaparte, y rechazó su oferta de ingresar en el ejército republicano con grado de general de división, y también se negó a desarmar a sus hombres. Finalmente dejó París y embarcó con rumbo a Londres, decidido a continuar la guerra.

Nelson no tenía muchos deseos de regresar a Gran Bretaña, principalmente porque Emma Hamilton, la esposa de Sir William Hamilton, el embajador británico en Nápoles, se había convertido en su amante. Sin embargo, el embajador fue llamado a Gran Bretaña y eso le hizo cambiar de opinión. En abril acompaño al matrimonio Hamilton en un crucero por la costa napolitana y por Malta, en el transcurso del cual Emma Hamilton concibió una hija a la que le pondría el nombre de Horatia (por su padre). Por deseo de lady Hamilton, el regreso a Gran Bretaña se hizo por tierra.

El 25 de abril un ejército de 100.000 franceses cruzó el Rin conducido por el general Jean Victor Marie Moureau, y el 3 de mayo derrotó a los austríacos en Stockach. Los combates siguieron el 4 y el 5 de mayo en Messkirch, siempre con victorias francesas.

El 10 de mayo, Georges Cadoudal es recibido en Londres por el conde de Artois, que lo nombra general en jefe del Ejército Católico y Real de Bretaña. Unos días después fue recibido por William Pitt, que le promete un desembarco de 30.000 soldados británicos en Calais y Bretaña, que podrían duplicarse si el Ejército Católico y Real de Bretaña es capaz de movilizar a 60.000 hombres.

El 15 de mayo Bonaparte concentró sus fuerzas en Suiza, desde allí cruzó los Alpes antes de que los pasos estuvieran abiertos.

El 21 de mayo Irlanda fue proclamada como parte del Reino Unido de Gran Bretaña e Irlanda y, por primera vez, diputados irlandeses fueron admitidos en el parlamento británico.

El 23 de mayo Bonaparte se presentó por sorpresa en Italia. El 2 de junio entró en Milán. Desde allí envió al general de división Jean Lannes a tomar Pavía, que cayó el 3 de junio, aunque no pudo tomar Piacenza. Génova llevaba un mes asediada por los austríacos, pero cayó el 4 de junio antes de que Bonaparte pudiera acudir en su ayuda. El 6 de junio los ejércitos franceses cruzaron el Po y tomaron posiciones cortando las comunicaciones a los austríacos para forzar un enfrentamiento. Durante esos días, los austríacos se dedicaron a concentrar sus tropas, y el 9 de junio 18.000 austríacos se encontraron junto a Montebello con 8.000 franceses bajo el mando de Lannes. Tras cuatro horas de combate, los franceses recibieron 6.000 hombres de refuerzo, con los que pudieron derrotar a los austríacos.

El 14 de junio, el general Kléber fue asesinado en El Cairo por un fanático sirio. Fue sucedido en el mando por Jacques-François de Menou. Ese mismo día los austríacos volvieron a enfrentarse a los franceses en el norte de Italia, pero esta vez era el propio Bonaparte quien dirigía las operaciones. La batalla tuvo lugar en Marengo. Empezó al amanecer, y a las dos de la tarde parecía que los austríacos habían vencido, pero entonces llegó a Bonaparte el general Louis Charles Antoine Desaix, que le anunciaba la proximidad de 10.000 hombres de refuerzo. Se cuenta que Bonaparte pidió a Desaix opinión sobre la situación, y que éste le contestó: Esta batalla está completamente perdida, pero apenas son las dos y hay tiempo para ganar otra. Así fue: los franceses maniobraron con rapidez y al cabo de unas horas los austríacos tuvieron que retirarse con numerosas bajas. Los franceses también habían sufrido bajas considerables (entre ellas el propio Desaix), pero obtuvieron el control del norte de Italia. El 17 de junio Bonaparte estaba de nuevo en París, tras haber confiado a sus generales la continuación de la campaña de Italia.

Ese mismo día fue enterrado el general Kléber, y el secretario del Instituto de Egipto, Joseph Fourier, pronunció un elogio fúnebre.

La batalla de Marengo disuadió a Pitt de prestar a los chouans el apoyo que le había prometido a Cadoudal. Éste, que llevaba ya un mes en Francia reclutando hombres y preparándose para una nueva insurrección, perdió todo el apoyo popular, y sólo quedaron pequeñas bandas de chouans que no se atrevían a atacar a soldados regulares, sino que únicamente asesinaban "patriotas" por sorpresa.

El 19 de junio el ejército de Moureau derrotó nuevamente al austríaco en Höchstädt, en Baviera, junto al Danubio. Los austríacos tuvieron que replegarse a Ulm.

El 23 de junio se restableció la República cisalpina y el 22 de junio se recuperó Génova.

Bonaparte decidió restaurar los Estados Pontificios dentro de los límites establecidos por el tratado de Tolentino, y el 3 de julio el Papa Pío VII pudo entrar en Roma entre aclamaciones. Allí declaró una amnistía para los republicanos que habían sido perseguidos por los napolitanos. En realidad, el Papa siempre había mostrado simpatías por la revolución francesa. Antes de ser elegido Papa había sido obispo de Imola, y tres años atrás se encontraba en Roma cuando los franceses ocuparon su diócesis, y en su homilía de navidad, dirigiéndose a los republicanos de Imola, había dicho:

La forma de gobierno democrático que habéis adoptado, mis muy amados hermanos, no contradice en nada a las máximas que yo acabo de enunciar, ni repugna al Evangelio. Ella exige, por el contrario, todas las virtudes sublimes que no se aprenden más que en la escuela de Jesucristo. Si las practicáis seriamente, serán la clave de vuestra felicidad, de vuestra gloria y del esplendor de nuestra república. [...] Sí, mis queridos hermanos, sed buenos cristianos y seréis excelentes demócratas.

De hecho, Bonaparte había calificado en su día ese discurso de "jacobino". Ese mismo mes, el nuevo Papa se reunió en Roma con Bonaparte para iniciar negociaciones sobre un nuevo concordato entre Francia y la Santa Sede.

El 16 de agosto murió encarcelado en París el príncipe Carlos Manuel de Carignan, que fue sucedido por su hijo Carlos Alberto, de dos años de edad.

El 30 de agosto el gobernador de Virginia, James Monroe, tuvo que llamar a la milicia popular para abortar una rebelión de esclavos. La había organizado un esclavo llamado Gabriel, pero unas lluvias torrenciales lo obligaron a posponerla y dos esclavos acabaron delatándolo a sus amos. Gabriel logró huir, pero fue delatado por otro esclavo a cambio de una recompensa que no llegó a cobrar en su totalidad.

El 4 de septiembre, después de que la guarnición francesa en La Valetta se hubiera comido todos los caballos, las mulas, los perros, los gatos y las ratas de la ciudad, Bauvois se rindió a los británicos y en pocos días sus hombres fueron transportados a Marsella. Malta se convirtió en un protectorado británico.

El 30 de septiembre Francia firmó el tratado de Mortefontaine por el que se ponía fin a la casi-guerra contra los Estados Unidos. Francia convino en recibir a un embajador estadounidense y tratarlo con dignidad. Además, quedó claro que Estados Unidos no mantenía ninguna alianza que le comprometiera a nada ni con Francia ni con ninguna otra potencia.

El 1 de octubre España y Francia firmaron en secreto el tercer Tratado de San Ildefonso, en virtud del cual se convenía que el infante Luis Francisco de Borbón-Parma, hijo del duque de Parma, Fernando I (que estaba casado con una hija del rey Carlos IV de España), recibiría un territorio sin especificar en Italia con el título de rey, probablemente la Toscana; que un mes después de la toma de posesión de este territorio, España entregaría a Francia 6 buques de guerra con 74 cañones cada uno; y que seis meses después de la toma de posesión España devolvería a Francia la Luisiana, que poseía desde el tratado de París. Por parte española, el tratado fue firmado por Urquijo, y se mantuvo tan en secreto que ni siquiera Godoy lo conoció hasta un mes después. Godoy lo consideró desfavorable, y afirmó que sólo se explicaba por la inexperiencia y la excesiva admiración que Urquijo sentía por Francia.

El 10 de octubre la policía francesa hizo fracasar un intento de apuñalar a Bonaparte a la salida de la Ópera, o al menos ésa es la versión que sostuvo Joseph Fouché, el jefe de la policía, porque los historiadores sospechan que la llamada "conspiración de los puñales" fue un montaje para tener una excusa para detener a unos cuantos jacobinos molestos.

Ese mismo día fue ahorcado en Virginia el esclavo Gabriel junto con sus dos hermanos y otros veintitrés cómplices en su intento de rebelión.

Toussaint Louverture recibió de Francia el nombramiento de gobernador vitalicio de La Española con derecho a elegir sucesor. Deseoso de restablecer la economía de la isla, el 12 de octubre promulgó un reglamento de cultivos que obligaba a los negros a trabajos forzados en las plantaciones. Pero muchos de los negros que habían luchado bajo sus órdenes en contra de la esclavitud, no fueron capaces de entender la diferencia entre ser esclavos y tener que trabajar forzosamente, así que no tardaron en rebelarse y degollaron a algunos blancos. Toussaint dispersó a los rebeldes e hizo fusilar a trece cabecillas, entre los que se encontraba su propio sobrino.

El 15 de octubre los franceses entraron en Florencia, donde el 23 de octubre establecieron un gobierno provisional.

El 9 de noviembre Nelson y los Hamilton estaban de regreso en Londres Habían pasado por Florencia, Trieste, Viena y Praga.

El 17 de noviembre, el Congreso de los Estados Unidos se reunió por primera vez en Washington D.C., que unos meses atrás había sido declarada oficialmente capital de la nación.

El 1 de diciembre el zar Pablo I de Rusia constituyó con Suecia, Dinamarca y Prusia la llamada Liga de los neutrales, con la finalidad de impedir a los británicos la navegación por el Báltico, ya que éstos, con la excusa de controlar el tráfico enemigo, intentaban paralizar su comercio.

El ejército de Moureau se acercaba cada vez más a Viena, y el 3 de diciembre el archiduque Carlos se dispuso a detenerlo en Hohenlinden, cerca de Munich. Sin embargo, los austríacos sufrieron una nueva derrota.

Ese mismo día se celebraron las elecciones presidenciales en los Estados Unidos. El candidato republicano demócrata era Thomas Jefferson, mientras que el federalista era Adams. Como vicepresidentes, los republicanos demócratas presentaban a Aaron Burr, de Nueva York (para compensar que Jefferson era del sur) y los federalistas a Charles C. Pinckney, que se había hecho popular por el asunto XYZ. En realidad Hamilton había tratado de evitar que Adams fuera propuesto como candidato, pero Burr hizo públicos sus manejos y Hamilton, para librarse de las acusaciones, no tuvo más remedio que apoyar al actual presidente.

El abuso partidista de las leyes sobre Extranjeros y Sedición había pasado factura a los federalistas, y así, de los 138 electores, 73 resultaron ser republicanos demócratas. Todos ellos votaron a Jefferson y Burr, con lo que ambos empataron en votos. En realidad, la intención de los electores era votar a Jefferson para presidente y a Burr para vicepresidente, pero el sistema electoral no distinguía entre uno y otro cargo: el más votado sería el presidente y el segundo más votado vicepresidente. El empate debía resolverlo el Senado, donde cada Estado tenía un voto. Si se hubiera tratado del nuevo Senado, surgido de las últimas elecciones, no habría habido problema, porque, por primera vez, los republicanos demócratas habían logrado la mayoría en ambas cámaras, pero la decisión quedaba en manos del Senado vigente en aquel momento, en el que los federalistas tenían la mayoría, y parecía que éstos estaban dispuestos a elegir a Burr como presidente simplemente por fastidiar a los republicanos demócratas.

El 13 de diciembre Mariano Luis de Urquijo fue cesado como primer ministro español, y en su lugar fue nombrado Pedro Cevallos Guerra, que era un pariente político de Manuel Godoy, y esto le permitió convertirse de nuevo en el hombre más influyente de la política española, aunque fuera en la sombra.

Tras haber constatado que la chuanería no contaba ya con suficiente apoyo popular, pues en general la gente estaba contenta con las medidas tomadas por el gobierno, Georges Cadoudal decidió que el apoyo popular no era relevante a la hora de sostener una causa, y buscó el medio de combatir a la República sin un ejército. Para ello preparó un atentado contra Bonaparte. Envió a París a cuatro hombres: Joseph Picot de Limoëlan, Pierre Robinault de Saint-Régeant, Edouard de La Haye-Saint-Hilaire y André Joyaux d'Assas. A su vez, éstos reclutaron a otro chouan llamado François-Joseph Carbon. El 17 de diciembre compraron un carro y un caballo, luego fijaron al carro un gran tonel de vino mediante aros de hierro. El 24 de diciembre Carbon y Limoëlan situaron el carro en la calle Saint-Nicasie. Poco antes, en un solar abandonado, habían llenado el tonel de pólvora y dispuesto una mecha, convirtiéndo el carro así en la que después sería conocida como "máquina infernal". Limoëlan se sitúa en el lugar convenido para observar la llegada de Bonaparte y dar la señal para encender la mecha.

A las siete aparece el carruaje de Bonaparte, que se ha dejado convencer de mala gana por su esposa para asistir a la representación de La Creación, de Haydn, en la Ópera de París. Su carruaje va precedido de la escolta consular, y le acompañan el ministro de la Guerra y el general Lannes. Detras le sigue otro carruaje con su esposa y otros familiares. Parece que Bonaparte iba durmiendo. Cuando Limoëlan lo vio, tuvo miedo y no hizo la señal convenida para que Carbon encendiera la mecha con tiempo suficiente. Éste tuvo que encenderla cuando vio él mismo que el primer cónsul aparecía por la calle Saint-Nicasie, pero ya era tarde: cuando la "máquina infernal" estalló, Bonaparte ya había pasado. La explosión mató a 22 personas y dejó un centenar de heridos. Entre los muertos estaba una niña de catorce años a la que Saint-Régeant había pagado un dinero por vigilarle el caballo.

Estoy impresionado por las pruebas de afecto que el pueblo de Paris me ha manifestado en esta circunstancia. Yo las merezco, porque el único fin de mis pensamientos y de mis actos es acrecentar la prosperidad y la gloria de Francia. Si ese grupo de bribones me hubiera atacado directamente a mí, habría podido confiar a las leyes el cuidado de castigarlos, pero como, por un crimen sin igual en la historia, acaban de poner en peligro a una parte de la población y de la capital, el castigo será por ello rápido y terrible. Asegurad en mi nombre al pueblo de París que ese puñado de criminales, cuyos crímenes los han deshonrado, cuyos crímenes no han logrado deshonrar la libertad, no podrá nunca más hacer daño alguno.

Los amoríos entre Nelson y lady Hamilton eran el centro de los cotilleos londinenses. Al parecer, Sir William Hamilton no tenía nada que objetar a las relaciones entre su esposa y su amante, aunque no ocurría lo mismo con la esposa de Nelson, que finalmente le lanzó el ultimatum de elegir entre una de las dos. La respuesta de Nelson fue muy educada:

Yo te amo sinceramente, pero no puedo olvidar mis obligaciones con lady Hamilton o hablar de ella sino con afecto y admiración.

A raíz de esta respuesta el matrimonio se separó.