Colaboramos con los investigadores indicados a continuación:
- Dr. Joaquín Moreno, Dpto. Bioquímica y Biología Molecular, Universitat de València. Colaboración iniciada en el 2006. Colaboramos en los estudios teóricos de regulación de la expresión génica y en los análisis de datos genómicos. El Dr. Moreno es un especialista en el desarrollo de algoritmos matemáticos para el cálculo, a partir de datos genómicos cinéticos de expresión, de variables en estado no estacionario.
- Dr. Per Sunnerhagen y Dr. Jonas Warringer. Dpt. of Cell and Molecular Biology. Lundberg Laboratory, Göteborg University, Suecia. Colaboración iniciada en el 2008 para estudios genómicos de tasas de traducción y estudio de la función de varias proteínas de unión a RNA en la regulación de las tasas de traducción en respuesta a estrés osmótico. Esta colaboración se ha intensificado a partir de una estancia de seis meses como Investigadora visitante de la Dra. Alepuz en el laboratorio de los Drs. Sunnerhagen y Warringer durante el año 2011. En la actualidad estamos pendientes de la resolución de un proyecto conjunto solicitado a la Swedish Foundation for Internacional Cooperation in Research and High Education (STINT). Adicionalmente, el Dr. Warringer tiene concedida una estancia corta de 3 meses en nuestro laboratorio para el periodo 2012-13 subvencionada por el programa “Atracció de Talent” de la Universitat de València. En los laboratorios de los Drs. Sunnerhagen y Warringer en Suecia se dispone de sistemas para análisis fenotípico cuantitativo Bioscreen, y sistemas robotizados para lecturas de señal fluorescente en placas de 96-pocillos. Estos sistemas se utilizarán para screenings cuantitativos de mutantes a gran escala.
- Dr. Alejandro Ferrando. IBM-CP (CSIC), Valencia. Colaboración iniciada en el año 2011 para el estudio del control de la traducción de mRNAs implicados en floración por el factor de traducción Tif51 (eIF5A). Para ello el Dr. Ferrando realiza en nuestro laboratorio los análisis de traducción de plantas mutantes en Tif51 mediante el fraccionador de polisomas.
- Dr. Gustav Ammerer y Dra. Aurora Zuzuarregui, Dept. of Biochemistry and Molecular Cell Biology, Max F. Perutz Laboratories, University of Vienna, Vienna, Austria. El grupo del Dr. Ammerer ha puesto a punto la técnica M-Track para capturar interacciones proteicas transitorias. En colaboración, estamos actualmente analizando interacciones entre componentes de la ruta de señalización HOG a nivel de recepción de la señal en la membrana plasmática, y también interacciones entre componentes de la ruta y la maquinaria de traducción. Para realizar M-Track disponemos de los anticuerpos específicamente diseñados para este método por el grupo de Viena.
-Dra. Olga Calvo (USAL) en el estudio de las funciones a escala genómica del gen SUB1 de S. cerevisiae mediante el estudio del transcritpoma del mutante sub1 con ”tiling arrays”.
-Dr. Sebastián Chávez (US). Con el grupo del Prof. Chávez venimos colaborando desde el año 2005. Hemos tenido 4 proyectos coordinados todos ellos en el ámbito del estudio de la elongación transcripcional utilizando técnicas de genética molecular y genómicas. Hemos publicado en colaboración 6 artículos originales o de revisión y se han relaizado múltiples estancias de doctorandos o investigadores senior de uno de los laboratorios en el del otro grupo.
-Dr. Francisco Navarro (Universidad de Jaén). Al igual que con el grupo del Dr. Chávez hemos tenido 4 proyectos coordinados. Este grupo es experto en la genética molecular y estructura de la RNA polimerasa II. Hasta el momento se ha publicado un artículo en colaboración en la revista Genetics.
- Dr. Enrique Herrero (UdL), el Dr. Jesús Pla (UCM) y Dr. Joachim Ernst (Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf) en el estudio genómico de las respuestas transcripcionales y postranscripcionales al estrés oxidativo en C. albicans, dentro de un proyecto Pathogenomics (ERA-Net).
-Dr. Joaquín Ariño (UAB) en el estudio genómico de las respuestas transcripcionales y postranscripcionales al estrés por pH alcalino en S. cerevisiae.
- Dr. Jesús de la Cruz (US) en el estudio a escala genómica de los fenotipos causados por una mutación puntal en el gen RPL3 de S. cerevisiae.
-Dr. Mordechai Choder (Technion, Israel) en el estudio a escala genómica de las respectivas influencias de las maquinarias de transcripción y de degradación de mRNAs en. Esta colaboración que ha permitido confirmar la hipótesis de partida: la existencia de una homeostasis en la cantidad de mRNA en la célula. Nuestros resultados sugieren que existen mecanismos globales de compensación y un cross-talk entre las maquinarias de síntesis y degradación de mRNAs.
