El primer objectiu general del Programa és la formació de llicenciats i graduats, enginyers superiors i professionals en actiu perquè siguin capaços d'abordar de manera integrada l'estudi dels problemes ecològics, ecotoxicológicos i sanitaris produïts per l'ésser humà en l'entorn natural.
També és objectiu general d'aquest Programa oferir coneixements especialitzats dels processos contaminants tant en el medi ambient com en els éssers vius que ho habiten para, d'aquesta forma, poder donar respostes a les demandes que la societat planteja enfront de la conservació mediambiental.
Un tercer objectiu és canalitzar la formació continuada dels professionals procedents de diferents Graus relacionats amb les Ciències Experimentals (Ciències del Mar, Ciències Ambientals, Biologia, Bioquímica i CC. Biomèdiques, Física, Farmàcia, Química, Geologia, Veterinària...) i amb les Enginyeries, establint una base de comunicació fluïda entre titulats amb diferents perfils.
A continuació s'enumeren els objectius específics del Programa:
I. Dotar a l'estudiant d'un conjunt d'eines teòric/pràctiques que li permetin conèixer com els processos ecològics són afectats per la contaminació.
II. Proporcionar una visió integral dels diferents tipus de contaminació ambiental i els seus efectes sobre la salut humana.
III. Incidir sobre els mecanismes de toxicitat dels contaminants en els éssers vius.
IV. Ressaltar els mecanismes de resistència dels éssers vius a la contaminació.
Es persegueix, a més, que els titulats/as adquireixin autonomia per a l'aprenentatge i perfeccionament posteriors i destreses en l'avaluació i l'anàlisi crítica de les matèries i assignatures contemplades en el Màster i de les seves implicacions socials, i siguin capaces d'exercir activitats en aquest àmbit mostrant iniciativa i capacitat de treball en equip, capacitat de comunicació així com assimilació de les normes de l'ètica professional i sempre des del més escrupolós respecte als drets fonamentals.