Fitxa persona

JOSE ENRIQUE PEREZ ORTIN
PDI-Catedratic/a d'Universitat
Secretari/a d' Institut Universitari

jose.e.perez@uv.es
http://www.uv.es/perezje

Àrea de coneixement: BIOQUÍMICA I BIOLOGIA MOLECULAR
Departament: Bioquímica i Biologia Molecular

E.R.I. Biotecmed Dr. Moliner 50 E46100 Burjassot Spain
(9635) 43467

Asignatures impartides i modalitats docents

33132 - Estructura de macromolècules i enzimologia - Grau en Bioquímica i Ciències Biomèdiques	Pràctiques, Teoria
33135 - Biosíntesi de macromolècules i la seua regulació - Grau en Bioquímica i Ciències Biomèdiques	Pràctiques, Teoria
33159 - Treball fi de grau en bioquímica i ciències biomèdiques - Grau en Bioquímica i Ciències Biomèdiques	Treball fi d'estudis
42709 - Tècniques òmiques per a l'obtenció massiva de dades - Màster Universitari en Bioinformàtica	Teoria
44695 - Tecnologies òmiques - Màster Universitari en Investigació i Desenvolupament en Biotecnologia i Biomedicina	Teoria

Tutories

Anual

Dilluns de 14:00 a 17:00. 2.11P1.023

Anual

Divendres de 11:00 a 14:00. 2.11.P1.023

Observacions

No participa en el programa de tutories electròniques de la Universitat de València.

Formació acadèmica

Publicacions en revistes

Ramón, D., Ferrer, S. y Pérez-Ortín, J.E. 1987 Presence of nucleosomes in Penicillium chrysogenum Current MicrobiologyVolum 15.
Pérez-Ortín, J.E., Estruch, F., Matallana, E. y Franco, L. 1987 Fine analysis of the chromatin structure of the yeast SUC2 gene and its changes upon derepression. Comparison between the chromosomal and plasmid-inserted copies Nucleic Acids ResearchVolum 15.
Pérez-Ortín, J.E. y Estruch, F. 1988 A rapid method for the screening of plasmids in transformed yeast strains Current MicrobiologyVolum 17.
Martínez-García, J., Estruch, F. y Pérez-Ortín, J.E. 1989 Chromatin structure of of the 5' flank of the yeast LEU2 gene Molecular and General GeneticsVolum 217.
Estruch, F., Pérez-Ortín,J.E., Matallana, E. y Franco, L. 1989 In vivo assembly of chromatin on pBR322 sequences cloned into yeast plasmids PlasmidVolum 21.
Pérez-Ortín,J.E., Matallana, E. y Franco, L. 1989 Chromatin structure of yeast genes YeastVolum 5.
Estruch, F., Pérez-Ortín, J.E., Matallana, E. y Franco, L. 1989 Chromatin structure of transposon Tn903 cloned into a yeast plasmid PlasmidVolum 22.
Igual, J.C.; Matallana, E.; González-Bosch, C.; Franco, L.; Pérez-Ortín, J.E. 1991 A new glucose-repressible gene identified from the analysis of chromatin structure of deletion mutants of the yeast SUC2 locus YeastVolum 7.
Matallana, E.; Franco, L. y Pérez-Ortín, J.E. 1992 Chromatin structure of the yeast SUC2 promoter in regulatory mutants Molecular and General GeneticsVolum 231.
Igual, J.C.; González-Bosch, C; Dopazo, J.; Pérez-Ortín, J.E. 1992 Phylogenetic analysis of the thiolase family. Implications on the evolutionary origin of peroxisomes Journal of Molecular EvolutionVolum 35.
Igual, J.C.; González-Bosch, C.; Franco, L.; Pérez-Ortín, J.E. 1992 The POT1 gene for the yeast peroxisomal thiolase is subjected to three different mechanisms of regulation Molecular MicrobiologyVolum 6.
Del Olmo M. y Pérez-Ortín, J.E. 1993 A natural A/T-rich sequence from the 3' end of yeast FBP1 gene exists as a cruciform in E. coli cells PlasmidVolum 29.
Tordera, V., Sendra, R. y Pérez-Ortín, J.E. 1993 The role of histones and their modifications in informative content of chromatin ExperientiaVolum 49.
Del Olmo, M.; Sogo, J.M.; Franco, L. y Pérez-Ortín, J.E. 1993 Chromatin structure of the yeast FBP1 gene: transcription-dependent changes in the regulatory and coding regions YeastVolum 9.
Bargues, M.; Salom, D.; Gómez, A.; Paricio, N.; Pérez-Alonso, M. y Pérez-Ortín, J.E. 1996 Sequencing analysis of a 4.1 kb subtelomeric region from yeast chromosome IV identifies HXT15, a new member of the hexose transporter family YeastVolum 12.
Puig, S.; Querol, A.; Ramón, D. y Pérez-Ortín, J.E. 1996 Evaluation of the use of late phase gene promoters for the expression of enological enzymes in an industrial wine yeast strain Biotechnology LettersVolum 18.
Jacq, C...Pérez-Ortín, J.E. et al. 1997 The complete nucleotide sequence of yeast chromosome IV NatureVolum 387 (suplement).
Aranda, A.; Pérez-Ortín, J.E.; Benham, C.J. y del Olmo, M. 1997 Analysis of the in vivo structure of a natural alternating d(TA)n sequence in yeast chromatin YeastVolum 13.
Puig, S., Ramón D. y Pérez-Ortín, J. E. 1998 An optimized method to obtain stable food-safe recombinant wine yeast strains Journal of Agricultural and Food ChemistryVolum 46.
Aranda, A.; Pérez-Ortín, J.E.; Moore, C. y del Olmo, M. 1998 Transcription termination downstream of the Saccharomyces cerevisiae FBP1 poly(A) site does not depend on efficient 3' end processing RNA-A Publication of the Rna SocietyVolum 4. Número 3.
Ruiz-García, A.B.; Sendra, R.; Galiana, M.; Pamblanco, M.; Pérez-Ortín, J.E. y Tordera., V. 1998 HAT1 and HAT2 proteins are componets of a yeast nuclear histone acetyltransferase enzyme specific for free histone H4 Journal of Biological ChemistryVolum 273.
Aranda, A.; Pérez-Ortín, J.E.; Moore, C. y del Olmo, M. 1998 The yeast FBP1 poly(A) signal functions in both orientations and overlaps with a gene promoter Nucleic Acids ResearchVolum 26. Número 20.
Gimeno-Alcañiz, J.; Pérez-Ortín, J.E. y Matallana, E. 1999 Differential patterns of threalose accumulation in wine yeast strains during microvinification process Biotechnology LettersVolum 21.
Ivorra, C.; Pérez-Ortín, J.E.y del Olmo, M. 1999 Reverse correlation of stress-resistance ability and stuck fermentations in wine yeasts. A molecular study Biotechnology and BioengineeringVolum 64. Número 6.
Rodriguez-Navarro, S.; Estruch, F. y Pérez-Ortín, J.E. 1999 Functional analysis of twelve ORFs from Saccharomyces cerevisiae YeastVolum 15.
Puig, S.; Matallana, E. y Pérez-Ortín, J.E. 1999 Stochastical nucleosome positioning in a yeast chromatin region is not dependent on Histone H1 Current MicrobiologyVolum 39.
Puig, S.; Pérez-Ortín, J.E y Matallana, E. 1999 Transcriptional and structural study of a region of two convergent overlapping yeast genes Current MicrobiologyVolum 39.
Puig, S.y Pérez-Ortín, J.E. 2000 Stress response and expression patterns in wine fermentation of yeast genes induced at the diauxic shift YeastVolum 16.
van Helden, J.; Olmo Muñoz, Marcel·lí del; Pérez Ortín, José Enrique. 2000 Statistical analysis of yeast genomic downstream sequences reveals putative polyadenylation signals Nucleic Acids ResearchVolum 28. Número 4.
Puig Todolí, Sergi; Querol Simón, Amparo; Barrio Esparducer, Eladio; Pérez Ortín, José Enrique. 2000 Mitotic recombination and genetic changes in Saccharomyces cerevisiae during wine fermentation Applied and Environmental MicrobiologyVolum 66. Número 5.
Puig, S. y Pérez-Ortín, J.E. 2000 Expression levels and pattern of glycolytic yeast genes during wine fermentation Systematic and Applied MicrobiologyVolum 23.
Hauser, N.C.; Fellenberg, K.; Gil, R., Bastuck, S.; Hoheisel, J.D.; Pérez Ortín, José Enrique. 2001 Whole genome analysis of a wine yeast strain Comparative And Functional GenomicsVolum 2. Número 2.
PAMBLANCO, M.; POVEDA, A.; SENDRA, R.; RODRÍGUEZ-NAVARRO, S.; PÉREZ-ORTÍN, J. E.; TORDERA, V. 2001 Bromodomain factor 1 (Bdf1) protein interacts with histones Febs LettersVolum 496.
Rodríguez-Navarro, S.; Igual, J.C.; Pérez-Ortín, J.E. 2002 SRC1: an intron-containing yeast gene involved in sister chromatid segregation YeastVolum 19.
Pérez-Ortín, J.E.; García-Martínez, J. and Alberola T. M. 2002 DNA chips for yeast biotechnology. The case of wine yeasts Journal of BiotechnologyVolum 98.
Pérez-Torrado, R., Carrasco, P., Aranda, A., Gimeno-Alcañiz, J., Pérez-Ortín, J.E., Matallana, E, y Del Olmo, M. 2002 Study of the first hours of vinification by the use of osmotic stress-specific response genes as probes Systematic and Applied MicrobiologyVolum 25. Número 1.
Rodríguez-Navarro, Susana; Llorente, B.; Rodríguez-Manzaneque, M.T.; Ramne, A.; Uber Garcia, Genoveva; Marchesan, D.; Dujon, B.; Herrero,E.; Sunnerhagen, P.; Pérez-Ortín, José Enrique. 2002 Functional analysis of yeast gene families involved in metabolism of vitamins B1 and B6 YeastVolum 19.
Pérez Ortín, José Enrique; Querol Simón, Amparo; Puig Todolí, Sergi; Barrio Esparducer, Eladio. 2002 Molecular characterization of a chromosomal rearrangement involved in the adaptative evolution of yeast strains Genome ResearchVolum 12. Número 10.
Carrasco, P.; Pérez-Ortín, J.E. y del Olmo, M. 2003 Arginase Activity is a Useful Marker of Growth Nitrogen Limitation During Wine Fermentations Systematic and Applied MicrobiologyVolum 26.
Rodríguez-Navarro, Susana; Fischer, Tomás; Luo, Ming Juan; Antúnez, Oreto; Brettschneider, Susanne; Pérez Ortín, José Enrique; Reed, Robin; Hurt, Ed. 2004 SUS1, a functional component of the SAGA transcription complex and the mRNA export machinery CellVolum 116. Número 1.
Bellí, G.; Molina, M.M.; García Martínez, José; Pérez-Ortín, José Enrique; Herrero, Enrique. 2004 Saccharomyces cerevisiae glutaredoxin 5-deficient cells subjected to constitutive oxidizing conditions are affected in the expression of specific sets of genes Journal of Biological ChemistryVolum 279. Número 13.
Alberola, T. M., García-Martínez, J., Antúnez, O., Viladevall, L., Barceló, A., Ariño, J. y Pérez-Ortín, J.E. 2004 A new set of DNA macrochips for the yeast Saccharomyces cerevisiae: features and uses International MicrobiologyVolum 7. Número 3.
PÉREZ-ORTÍN, J.E.; MATALLANA, E.; TORDERA, V. 1988 Analysis of chromatin structure and composition Biochemical EducationVolum 16.
Pérez-Ortín, J.E.; del Olmo, M.; Matallana, E. y Tordera, V. 1997 Make your own gene library Biochemical EducationVolum 25.
Del OLMO, M.; ARANDA, A.; TORDERA, V.; PÉREZ-ORTÍN, J.E. 1998 Detection of non-B-DNA secondary structures by S1 nuclease digestion Journal of Chemical EducationVolum 75.
Pérez-Ortín, J.E. ; Moya, A. y Ramón, D. 1998 Els altres genomes Mètode - Revista de la Universitat de ValènciaVolum 32.
Güldener, U; Münsterkötter, M.; Kastenmüller, G; Strack1, N; van Helden, J.; Lemer, C.; Richelles, J.; Wodak, S.J.; García Martínez, José; Pérez Ortín, José E.; Michael, H.; Kaps, A.; Talla, E.; Dujon, B.; André, B.; Souciet, J.L.; De Montigny, J.; Bon, E.; Gaillardin, C. y Mewes, H.W. 2005 CYGD: The Comprehensive Yeast Genome Database Nucleic Acids ResearchVolum 33. Número suppl 1.
Carro, D.; García-Martínez, J; Pérez-Ortín, J.E. y Piña, B. 2003 Structural characterization of chromosome I size variants from a natural yeast strain YeastVolum 20.
Pérez-Ortín, J.E. y García-Martínez, J. 2004 Evaluation of transcription rates at the genomic level Bioforum EuropeVolum 8. Número 5.
Garcia Martinez, José; Aranda Fernández, Agustín; Pérez Ortín, José Enrique. 2004 Genomic run-on evaluates transcription rates for all yeast genes and identifies gene regulatory mechanisms Molecular CellVolum 15. Número 2.
Rosaleny Peralvo, Lorena Estefania; Antúnez, O.; Ruiz Garcia, Ana Belén; Pérez Ortin, José Enriqu.; Tordera Donderis, Vicente. 2005 Yeast HAT1 and HAT2 deletions have different life-span and transcriptome phenotypes Febs LettersVolum 579. Número 19.
Solieri, L.; Gullo, M.; De Vero, L.; Antúnez, O.; Pérez Ortín, José Enrique; Giudici, P. 2005 Homogeneity of Interspecific Hybrids Between Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces uvarum by Phenotypic and Transcriptional Analysis International Journal of Biotechnology & Biochemistry (IJBB)Volum 1. Número 1.
Pelechano, Vicente José; García Martínez, José; Pérez Ortín, José Enrique. 2006 A genomic study of the Inter-ORF distances in Saccharomyces cerevisiae YeastVolum 23.
Mendes-Ferreira A.; Olmo Muñoz, Marcel·lí del; García Martínez José; Jiménez Martí Elena; Mendes-Faia A.; Pérez Ortín, José Enrique; Leão C. 2007 Transcriptional response of Saccharomyces cerevisiae to different nitrogen concentrations during alcoholic fermentation Applied and Environmental MicrobiologyVolum 73. Número 9.
Pérez Ortín, José Enrique; Alepuz Martínez, Paula; Moreno Mariño, Joaquín. 2007 Genomics and the gene transcription kinetics in yeast Trends in GeneticsVolum 23. Número 5.
Rosaleny Peralvo, Lorena Estefanía; Ruiz García, Ana Belén; García Martínez, José; Pérez Ortín, José Enrique; Tordera Donderis, Vicente. 2007 The Sas3p and Gcn5p histone acetyltransferases are recruited to similar genes Genome biologyVolum 8. Número 6.
Mendes-Ferreira A.; Olmo Muñoz, Marcel·li del; García Martínez José; Jiménez Martí, Elena; Leão, C.; Mendes-Faia A, Pérez Ortín José E. 2007 Saccharomyces cerevisiae signature genes for predicting nitrogen deficiency during alcoholic fermentation Applied and Environmental MicrobiologyVolum 73. Número 16.
Pelechano García, Vicente José; Pérez Ortín, José Enrique. 2007 The transcriptional inhibitor thiolutin blocks mRNA degradation YeastVolum 25. Número 2.
García Martínez, José; González Candelas, Fernando; Pérez Ortín, José Enrique. 2007 Common gene expression strategies revealed by genome-wide analysis in yeast Genome biologyVolum 8.
Pérez Ortín, José Enrique. 2007 Genomics of mRNA turnover Briefings in Functional Genomics & ProteomicsVolum 6. Número 4.
Fernando Cardona, Purificación Carrasco, José Enrique Pérez-Ortín, Marcel.lí del Olmo*, Agustín Aranda (* corresponding author). 2007 A novel approach for the improvement of stress resistance in wine yeasts International Journal of Food MicrobiologyVolum 114. Número 1.
Molina-Navarro, M.M.; Castells-Roca, L.; Bellí, G.; García-Martínez, J.; Marín-Navarro, J.; Moreno, J. Pérez-Ortín, J.E. y Herrero, E. 2008 Comprehensive transcriptional analysis of the oxidative response in yeast Journal of Biological ChemistryVolum 283.
Solieri, L.; Antúnez, O.; Pérez-Ortín, J.E.; Barrio, E. y Giudici, P. 2008 Mitochondria inheritance and fermentative/oxidative balance in hybrids between Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces uvarum YeastVolum 25. Número 7.
Grund, S.E.; Fischer, T.; Cabal, G.G.; Antúnez, O.; Pérez Ortín, José Enrique; Hurt, E. 2008 The inner nuclear membrane protein Src1 associates with subtelomeric genes and alters their regulated gene expression Journal of Cell BiologyVolum 182. Número 5.
Belloch, Carmela; Pérez Torrado, Roberto; González, Sara S.; Pérez Ortín, José Enrique; García Martínez, José; Querol Simón, Amparo; Barrio Esparducer, Eladio. 2009 Chimeric Genomes of Natural Hybrids of Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces kudriavzevii Applied and Environmental MicrobiologyVolum 75. Número 8.
Pelechano García, Vicente José; Jimeno-González, Silvia; Rodríguez-Gil, Alfonso; García Martínez, José; Pérez Ortín, José Enrique; Chávez, Sebastián. 2009 Regulon-specific control of transcription elongation across the yeast genome PLOS geneticsVolum 5. Número 8.
Romero Santacreu, Lorena; Moreno Mariño, Joaquín; Pérez Ortín, José Enrique; Alepuz Martínez, Paula. 2009 Specific and global regulation of mRNA stability during osmotic stress in Saccharomyces cerevisiae RNA-A Publication of the Rna SocietyVolum 15. Número 6.
Pelechano García, Vicente José; Pérez Ortín, José Enrique. 2010 There is a steady-state transcriptome in exponentially growing yeast cells YeastVolum 27. Número 7.
Rodríguez-Gil, Alfonso; García Martínez, José; Pelechano García, Vicente José; Muñoz-Centeno, María de la Cruz; Geli, Vincent; Pérez Ortín, José Enrique; Chávez, Sebastián. 2010 The distribution of active RNA polymerase II along the transcribed region is gene-specific and controlled by elongation factors Nucleic Acids ResearchVolum 38. Número 14.
Bermúdez, Ignacio; García Martínez, José; Pérez Ortín, José Enrique; Roca, Joaquim. 2010 A method for genome-wide analysis of DNA helical tension by means of psoralen-DNA photobinding Nucleic Acids ResearchVolum 38. Número 19.
Pelechano García, Vicente José; Chávez, Sebastián; Pérez Ortín, José Enrique. 2010 A complete set of nascent transcription rates for yeast genes Plos OneVolum 5. Número 11.
Castells-Roca, L.; García-Martínez, J.; Moreno Mariño, Joaquín; Herrero, E.; Bellí, G. y Pérez Ortín, José Enrique. 2011 Heat shock response in yeast involver changes in both transcription rates and mRNA stabilities Plos OneVolum 6. Número 2.
Pérez Ortín, José Enrique; Jordán Pla, Antonio; Pelechano García, Vicente José. 2011 A genomic view of mRNA turnover in yeast Comptes Rendus BiologiesVolum 334. Número 8-9.
Vicente Tordera y José E. Pérez Ortín. 2011 Hipótesis y dogmas Investigación y CienciaVolum 2011. Número Agosto.
Pérez Ortín, José Enrique; Medina, Daniel A; Jordán Plá, Antonio. 2011 Genomic insights into the layers of gene regulation in yeast Genetics Research InternationalVolum 2011. Número 989303.
M. Carmen García-López, Vicent Pelechano, M. Carmen Mirón-García, Ana I. Garrido-Godino,Alicia García, Olga Calvo, Michel Werner, José E. Pérez-Ortín, and Francisco Navarro. 2011 The conserved foot domain of RNA Pol II associates with proteins involved in transcritpion initiation and/or early elongation GeneticsVolum 189.
García Martínez, José; Ayala Gallego, Guillermo; Pelechano García, Vicente José; Chávez, S.; Herrero, E.; Pérez Ortín, José Enrique. 2012 The relative importance of transcription rate, cryptic transcription and mRNA stability on shaping stress responses in yeast TranscriptionVolum 3. Número 1.
Pérez Ortín, José Enrique; De Miguel-Jiménez, Lola; Chávez, Sebastián. 2012 Genome-wide studies of mRNA synthesis and degradation in eukaryotes Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory MechanismsVolum 1819. Número 6.
Alic, Andrei; Pérez Ortín, José Enrique; Moreno Mariño, Joaquín.; Arnau LLombart, Vicente. 2013 mRNAstab. A web application for mRNA stability analysis BioinformaticsVolum 29.
Garre García, Elena; Romero Santacreu Lorena; Barneo-Muñoz, Manuela; Miguel, Ana; Pérez Ortín, José Enrique; Alepuz Martínez, Paula. 2013 Nonsense-mediated mRNA decay controls the changes in yeast ribosomal protein pre-mRNAs levels upon osmotic stress Plos OneVolum 8. Número 4.
José E. Pérez-Ortín, Paula Alepuz, Sebastián Chávez and Mordechai Choder. 2013 Eukaryotic mRNA Decay: Methodologies, Pathways, and Links to Other Stages of Gene Expression Journal of Molecular BiologyVolum S0022-2836. Número 13.
Haimovich, G.; Medina, D.A.; Causse, S.Z.; Garber, M.; Millán-Zambrano, G.; Barkai, O.; Chávez, S.; Pérez Ortín, José Enrique; Darzacq, X.; Choder, M. 2013 Gene expression is circular: factors for mRNA degradation also foster mRNA synthesis CellVolum 153. Número 5.
Nikolaou, C.; Bermúdez, I.; Manichanh, C.; García-Martínez, José; Guigó, R.; Pérez-Ortín, José E.; Roca, J. 2013 Topoisomerase II regulates yeast genes with singular chromatin architectures Nucleic Acids ResearchVolum 41. Número 20.
Miguel, A.; Montón, F.; Li, T.; Gómez-Herreros, G.; Chávez, S.; Alepuz, P. y Pérez-Ortín, J.E. 2013 External conditions inversely change the RNA polymerase II elongation rate and density in yeast Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory MechanismsVolum 1829.
Pérez-Ortín, J.E., Alepuz, P.; Chávez, S. y Choder, M. 2013 Eukaryotic mRNA decay: methodologies, pathways, and links to other stages of gene expression Journal of Molecular BiologyVolum 425. Número 20.
José E. Pérez-Ortín, Daniel A. Medina, Sebastián Chavez y Joaquín Moreno. 2013 What do you mean by transcription rate? BioessaysVolum 35.
Medina, DA; Jordán-Pla, A.; Millán-Zambrano, G.; Chávez, S.; Choder, M.; Pérez Ortín, José Enrique. 2014 Cytoplasmic 5'-3' exonuclease Xrn1p is also a genome-wide transcription factor in yeast Frontiers In GeneticsVolum 5. Número 1.
Jordán-Pla, A.; Gupta, I.; de Miguel-Jiménez, L.; Steinmetz, L.M.; Chávez, S.; Pelechano V. y Pérez-Ortín, J.E. 2015 Chromatin-dependent regulation of RNA polymerases II and III activity throughout the transcription cycle Nucleic Acids ResearchVolum 43. Número 2.
Barbosa C, García-Martínez J, Pérez-Ortín JE, Mendes-Ferreira A. 2015 Comparative Transcriptomic Analysis Reveals Similarities and Dissimilarities in Saccharomyces cerevisiae Wine Strains Response to Nitrogen Availability Plos OneVolum 10. Número 4.
Canadell D, García-Martínez J, Alepuz P, Pérez-Ortín JE, Ariño J. 2015 Impact of high pH stress on yeast gene expression: A comprehensive analysis of mRNA turnover during stress responses Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory MechanismsVolum 1849. Número 6.
Juanes JM, Miguel A, Morales LJ, Pérez-Ortín JE, Arnau V. 2015 A web application for the unspecific detection of differentially expressed DNA regions in strand-specific expression data BioinformaticsVolum 31. Número 19.
Natalia Gómez-Navarro, Antonio Jordán-Pla, Francisco Estruch y José E. Pérez-Ortín. 2016 Defects in the NC2 repressor affect both canonical and non-coding RNA polymerase II transcription initiation in yeast Bmc GenomicsVolum 17.
Tianlu Li; Nikki De Clercq; Daniel A. Medina; Elena Garre; Per Sunnerhagen; José E. Pérez-Ortín; Paula Alepuz. 2016 The mRNA cap-binding protein Cbc1 is required for high and timely expression of genes by promoting the accumulation of gene-specific activators at promoters Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory MechanismsVolum 1859.
García-Martínez, José; Delgado-Ramos, Lidia; Ayala, Guillermo; Pelechano, Vicent; Medina, Daniel A.; Carrasco, Fany; González, Ramón; Andrés-León, Eduardo; Steinmetz, Lars; Warringer, Jonas; Chávez, Sebastián; Pérez-Ortín, José E. 2016 The cellular growth rate controls overall mRNA turnover, and modulates either transcription or degradation rates of particular gene regulons Nucleic Acids ResearchVolum 44.
Garrido-Godino AI; García-López MC; García-Martínez J; Pelechano V; Medina DA; Pérez-Ortín JE; Navarro F. 2016 Rpb1 foot mutations demonstrate a major role of Rpb4 in mRNA stability during stress situations in yeast Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory MechanismsVolum 1859. Número 5.
Sebastián Chávez; José García-Martínez;· Lidia Delgado-Ramos; José E. Pérez-Ortín. 2016 The Importance of controlling mRNA turnover during cell proliferation Current GeneticsVolum 62. Número 4.
José García-Martínez; Kevin Troulé; Sebastián Chávez; José E. Pérez-Ortín. 2016 Growth Rate controls mRNA turnover in steady and non-steady states Rna BiologyVolum 13. Número 12.
Benet M, Miguel A, Carrasco F, Li T, Planells J, Alepuz P, Tordera V, Pérez-Ortín JE. 2017 Modulation of protein synthesis and degradation maintains proteostasis during yeast growth at different temperatures Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory MechanismsVolum 1860.
Adriana Mena, Daniel A. Medina, José García-Martínez, Victoria Begley, Abhyudai Singh, Sebastián Chávez, Mari C. Muñoz-Centeno, José E. Pérez-Ortín. 2017 Asymmetric cell division requires specific mechanisms for adjusting global transcription Nucleic Acids ResearchVolum 45. Número 21.
Gabriel Gutiérrez; Gonzalo Millán-Zambrano; Daniel A. Medina; Antonio Jordán-Pla; José E. Pérez-Ortín; Xenia Peñate; Sebastián Chávez. 2017 Subtracting the sequence bias from partially digested MNase-seq data reveals a general contribution of TFIIS to nucleosome positioning Epigenetics & ChromatinVolum 10. Número 58.

Estades a Centres de Recerca

Projectes

Organización de la cromatina activa. Causas moleculares de la activación. 1986 - 1989. Comisión Asesora de Investigación Científica y Técnica (CAICYT). . IP: Luis Franco Vera.
Estructura de la cromatina y actividad génica. 1989 - 1992. Comisión Asesora de Investigación Científica y Técnica (CAICYT). . IP: Luis Franco Vera.
Mecanismos moleculares de la regulación por glucosa en levadura. 1994 - 1995. Dirección General de Investigación Científica y Técnica. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Yeast Genome Sequencing Network. 1994 - 1995. Dirección General de Ciencia, Investigación y Desarrollo (DGXII). Comunidades Europeas. . IP: José E. Pérez Ortín.
Secuenciación de un fragmento del cromosoma IV de levadura. 1994 - 1995. Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología (CICYT). . IP: José E. Pérez Ortín.
Desarrollo de una metodología para la obtención, por modificación genética, de levaduras recombinantes comercialmente aceptables. 1995 - 1998. Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología (CICYT). . IP: José E. Pérez Ortín.
Yeast Genome Functional Analysis Network (EUROFAN). 1996 - 1998. Dirección General de Ciencia, Investigación y Desarrollo (DGXII). Comunidades Europeas. . IP: José E. Pérez Ortín.
Identificación de promotores de genes de levaduras industriales con expresión diferencial a lo largo de la fermentación vínica. 1996 - 1998. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . IP: José E. Pérez Ortín.
Análisis funcional del genoma de levadura. Proyecto europeo EUROFAN. 1996 - 1997. Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología (CICYT). . IP: José E. Pérez Ortín.
Yeast Genome Functional Analysis Network (EUROFAN II). 1997 - 2000. Dirección General de Ciencia, Investigación y Desarrollo (DGXII). Comunidades Europeas. . IP: José E. Pérez Ortín.
Análisis funcional del genoma de levadura. Proyecto europeo EUROFAN II. 1998 - 1999. Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología (CICYT). . IP: José E. Pérez Ortín.
Mejora genética de las respuestas fisiológicas de las levaduras vínicas a los estreses debidos al proceso de fermentación. 1998 - 1999. Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología (CICYT). . IP: José E. Pérez Ortín.
Funciones biológicas de las histona acetiltransferasas en Saccharomyces cerevisiae. 1999 - 2002. Dirección General de Enseñanza Superior e Investigación Científica. . IP: Vicente Tordera Donderis.
Comprehensive Yeast Genome Database (CYGD). 2000 - 2004. Dirección General de Ciencia, Investigación y Desarrollo (DGXII). Comunidades Europeas. . IP: José E. Pérez Ortín.
Proyecto piloto para la fabricación de chips de DNA para el análisis genómico en levaduras. 2000 - 2001. Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología (CICYT). . IP: José E. Pérez Ortín.
Estudio de las funciones in vivo de las Histonas Acetiltransferasas Taf145p y Esa1p mediante el uso inmunoprecipitación de cromatina. 2000 - 2001. Ministerio de Ciencia y Tecnología.. . IP: Vicente Tordera Donderis.
Desarrollo de DNA-chips para la detección específica y simultánea de agentes fitopatógenos y genes de respuesta a la infección en patata (Solanum tuberosum). (PapaChip). 2001 - 2004. Dirección General de Enseñanza Superior e Investigación Científica. . IP: José E. Pérez Ortín.
Localización e identificación de un nuevo gen supresor de tumores en 8p21-p23 en Linfomas B mediante Chips de ADN. 2001 - 2003. Fondo de Investigaciones Sanitarias. . IP: José E. Pérez Ortín.
Clonaje posicional de un nuevo gen supresor de tumores en la región cromosómica 8p en linfomas B mediante microchips de ADN. 2002 - 2003. Conselleria de Cultura, Educació i Esports. Generalitat Valenciana. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Análisis genómico del estrés por etanol en Saccharomyces cerevisiae. 2002 - 2005. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . IP: José E. Pérez Ortín.
Medida de las tasas de transcripción y de las vidas medias de todos los mRNAs de levadura. 2003 - 2006. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . IP: José E. Pérez Ortín.
Complementos para la instalación de nuevos laboratorios en el IATA. 1996 - 1996. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . IP: José E. Pérez Ortín.
Lector (scanner) de radiactividad y fluorescencia. 1999 - 1999. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . IP: José E. Pérez Ortín.
Equipo para Microchips de DNA. 2000 - 2000. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . IP: José E. Pérez Ortín.
Complemento para la fabricación de Chips de DNA de levadura. 2001 - 2001. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . IP: José E. Pérez Ortín.
Creación y distribución de microchips de DNA de la levadura S. cerevisiae. 2002 - 2002. Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología (CICYT). . IP: Joaquín Ariño Carmona.
Red Valenciana de Genómica y Proteómica. 2002 - 2002. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . IP: José E. Pérez Ortín.
Red Valenciana de Genómica y Proteómica. 2003 - 2003. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . IP: José E. Pérez Ortín.
Contrato para la ejecución del proyecto: Desarrollo de DNA-chips para la detección específica y simultánea de agentes fitopatógenos y genes de respuesta a la infección en patata (Solanum tuberosum). (PapaChip). Empresas: Sistemas Genómicos S.L., MedPlant Genetics, Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias. 2000 - 2004. Ministerio de Ciencia y Tecnología.. . IP: José E. Pérez Ortín/ Mariano Cambra.
Contrato para la ejecución del proyecto: Proyecto piloto para la fabricación de chips de DNA para el análisis genómico en levaduras. Empresas: Sistemas Genómicos S.L., Biotools Biotechnological & Medical laboratories S.A. 2000 - 2002. Ministerio de Ciencia y Tecnología.. . IP: José E. Pérez Ortín.
Contrato de Comercialización del Servicio de Chips de ADN de la Universitat de València Empresa: DURVIZ S.L. 2001 - 2002. Universitat de València. . IP: José E. Pérez Ortín.
Contrato de Formación de Personal Empresa: DURVIZ S.L. 2002 - 2003. Universitat de València. . IP: José E. Pérez Ortín.
Agilent 2100 Bioanalyzer. 2006 - 2006. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Ayuda complementaria al proyecto BMC2003-07072-C03-02. 2006 - 2006. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Aproximaciones Genómicas al estudio de la transcripción en levadura. 2006 - 2007. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Análisis genómico de la transcripción en levadura. 2007 - 2010. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Desarrollo de una base de datos de Genómica Funcional para levadura. 2007 - 2008. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Mecanismos de coordinación entre la transcripción y la estabilidad de mRNAs en levadura. 2011 - 2013. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Patógenos fúngicos humanos bajo estrés oxidativo: mecanismos adaptativos frente a hipoxia y ROS. 2011 - 2013. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . IP: Enrique Herrero Perpiñán.
Estudio global de las estrategias transcripcionales y post-transcripcionales de regulación de la expresión génica en respuesta al estrés osmótico en Saccharomyces cerevisiae: un modelo de sistema eucariótico. 2011 - 2014. Conselleria d'Educació i Ciència.. . IP: José E. Pérez Ortín.
Identification and validation of a gene expression signature for problematic fermentations diagnosis. 2011 - 2013. Fundacâo para a Ciencia e a Tecnología de Portugal. . IP: Alexandra Mendes Ferreira.
Instituto Superior de Investigación Cooperativa de Biotecnología y Biomedicina (ISIC BIOTECMED). 2013 - 2016. Generalitat Valenciana. . IP: Juan Ferré Manzanero.
Red Temática: La vida del mRNA desde la transcripción a la degradación. 2015 - 2017. Ministerio de Economía y Competitividad. . IP: Susana Rodriguez Navarro.
Mecanismos moleculares y rutas participantes en la interconexión entre transcripción y degradación de mRNAs durante las respuestas al estrés en levaduras. 2015 - 2018. Conselleria d'Educació i Ciència.. . IP: José E. Pérez Ortín.
Regulación cruzada entre la transcripción y la estabilidad de los mRNAs. Aproximaciones genómicas y mecanismos implicados en la respuesta al estrés. 2014 - 2017. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Homeostasis molecular en el Dogma Central. Recambio de mRNAs y proteínas y los mecanismos de comunicación cruzada entre ellos. 2017 - 2020. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Red Temática: La vida del RNA desde la transcripción a la degradación (RNAlife-II). 2020 - 2021. MINISTERIO DE CIENCIA, INNOVACIÓN Y UNIVERSIDADES. . IP: José E. Pérez Ortín (coordinador) y 13 grupos más.

Tesis, tesines i treballs

Emilia Matallana Redondo, (1989). Estructura de la cromatina de las regiones reguladoras del gen SUC2 de Saccharomyces cerevisiae. (Tesi Doctoral). .
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Marcel.lí del Olmo Muñoz, (1991). Estructura de la cromatina del gen FBP1 de Saccharomyces cerevisiae. (Tesi Doctoral). .
Agustín Aranda Fernández, (1996). Estudio estructural y funcional de la región 3' del gen FBP1 de Saccharomyces cerevisiae. (Tesi Doctoral). .
Sergi Puig Todolí, (1999). Estudios sobre la manipulación genética de las levaduras vínicas. (Tesi Doctoral). .
Susana Rodríguez Navarro, (2000). Análisis funcional del genoma de levadura: caracterización del gen SRC1. (Tesi Doctoral). .
Purificación Carrasco Valero, (2001). Estudio de la respuesta al estrés en levaduras vínicas. (Tesi Doctoral). .
Jaime Martínez García, (1988). Estructura de la cromatina del gen LEU2 de Saccharomyces cerevisiae. (Tesina de Llicenciatura). .
Carlos García Ferris, (1989). Un método rápido para la detección de plásmidos en microorganismos. (Tesina de Llicenciatura). .
Marcel.lí del Olmo Muñoz, (1989). Aillament de plasmids de rent en forma de cromatina. Caracterització mitjançant tècniques electroforetiques. (Tesina de Llicenciatura). .
Agustín Aranda Fernández, (1993). Estudio preliminar de las secuencias impicladas en la poliadenilación/terminación de la transcripción del gen FBP1 de Saccharomyces cerevisiae. (Tesina de Llicenciatura). .
Carmen Ivorra Ivorra, (1998). Estudi de la resposta a estrés en llevats vínics en relació amb el seu comportament en processos de fermentació. (Tesina de Llicenciatura). .
Oreto Antúnez Temporal, (2004). Estudi transcripcional dels mutants del complex HAT B en Saccharomyces cerevisiae. (Treball d'Investigació 12 crèdits). .
Vicent Pelechano García, (2005). Estudi genómico de la separación de las ORFs entre sí en Saccharomyces cerevisiae. (Treball d'Investigació 12 crèdits). .
Lorena Romero Santacreu, (2006). Control de la expresión génica por la MAP quinasa Hog1p en la respuesta al estrés osmótico en Saccharomyces cerevisiae. (Treball d'Investigació 12 crèdits). .
Helena Orozco Valverde, (2007). Función de las proteínas Pub1p y Ngr1p en el control de la expresión génica en la respuesta a señales ambientales. (Treball d'Investigació 12 crèdits). .
Vicent Pelechano García, (2009). Estudio genómico de la transcripción y de la degradación de mRNAs en Saccharomyces cerevisiae. (Tesi Doctoral). .
Lorena Romero Santacreu, (2009). Respuestas transcripcionales y postranscripcionales al estrés osmótico en Saccharomyces cerevisiae. Función de la MAPK Hog1p. (Tesi Doctoral). .
Antonio Jordan Pla, (2013). BioGRO: un nuevo método de alta resolución para el estudio de la transcripción en levadura. (Tesi Doctoral). .
Catarina de Costa Rodrigues Barbosa, (2014). Towards the understanding of the impact of nitrogen on wine fermentation: from classical to Genomic approaches. (Tesi Doctoral). .
Jaume Forés Martos, (2014). Comparación entre variables de expresión génica a escala ómica en Saccharomyces cerevisiae y Schizosaccharomyces pombe. (Treball de Màster o de Tercer Cicle de 12 o mes crèdits). .
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Fernando Montón Barranco, (2012). Estudio de los cambios de velocidad de la RNA polimerasa II de Saccharomyces cerevisiae en función de la temperatura. (Treball de Màster o de Tercer Cicle de 12 o mes crèdits). .
Daniel A Medina Salas, (2015). Análisis genómico de la interacción entre la transcripción y la degradación durante el recambio del mRNA en S. cerevisiae. (Tesi Doctoral). .
Julen Mendieta Esteban, (2016). Estrategias de expresión génica: una comparación entre levadura y humanos. (Treball de Màster o de Tercer Cicle de 12 o mes crèdits). .
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