Presentación del curso

Objetivos

Este curso está orientado a estudiantes de 4º de Biología sin experiencia previa en Linux ni en programación.

Los objetivos del curso son:

  • Aprender a manejarse en un entorno Linux y ejecutar programas por línea de comandos
  • Detectar errores de ejecución de programas en línea de comandos
  • Leer, modificar y filtrar archivos de datos biológicos masivos mediante línea de comandos
  • Elaborar pequeños scripts (en Python)para la extracción y el filtrado de datos de interés de bases de datos biológicas
  • Elaborar bases de datos georreferenciadas como instrumentos de registro de la información medioambiental.
  • Diseñar proyectos SIG siguiendo los estándares del Open Geospatial Consortium (OGC) que permitan la interoperación de los sistemas de geoprocesamiento.

Al finalizar el curso deberías ser capaz de entender y escribir algo como

sed 's/^Chr1/chr1/' variantes.vcf | grep '^chr1' | wc -l

o

for line in open("datos.txt"):
    if "Quercus" in line:
        print(line)

Equipo mínimo

  • Un equipo con Linux y Python 3 instalado.
  • Un editor de texto: gedit u otro similar.
Nota

Windows dispone de un terminal de comandos que permite ejecutar programas y scripts de forma similar a Linux. Solo es necesario instalar WSL y un editor de texto como gedit o notepad++.

En MacOS, el terminal de comandos está disponible por defecto y permite ejecutar programas y scripts de forma similar a Linux. Solo es necesario instalar un editor de texto como gedit o TextMate.

Temas

  1. Introducción a la computación en biología — 1 h
  2. Navegación y manejo de directorios en la terminal — 2 h
  3. Manejo de archivos de texto mediante línea de comandos — 4 h
  4. Expresiones regulares — 2 h
  5. Pipelines y programación en shell — 2 h
  6. Resolución de casos en Bioquímica — 4 h
  7. Introducción a la programación y Python — 2 h
  8. Tipos y operadores — 2 h
  9. Bucles y condicionales — 4 h
  10. Lectura, modificación y escritura de archivos — 4 h
  11. Acceso a datos en línea vía APIs — 2 h
  12. Resolución de casos en Genética — 4 h
  13. Resolución de casos en Biodiversidad I — 4 h
  14. Introducción a los sistemas de información geográfica — 1 h
  15. Fundamentos epistemológicos del análisis espacial — 2 h
  16. Estructura del dato espacial — 2 h
  17. Dimensiones cartografiables del territorio — 2 h
  18. Agregación de información cartográfica mediante aplicaciones SIG — 2 h
  19. Cartografía de la biodiversidad — 2 h
  20. Resolución de casos en Biodiversidad II — 4 h

Evaluación

La evaluación de la asignatura consistirá:

  • 50% examen teórico-práctico
  • 50% evaluación de los casos prácticos resueltos durante el curso, mediante la entrega de informes o memorias de los mismos.

Los casos prácticos del último apartado tienen la consideración de actividades no recuperables.

La nota de la asignatura será global, calculada mediante la suma de las calificaciones, siempre que en el examen de teoría se alcance un mínimo de 5 sobre 10. Para superar la asignatura se requiere un 5 sobre 10.

En caso de no superarse la asignatura en primera convocatoria del curso académico, las calificaciones delas diferentes actividades no recuperables se guardarán para la segunda convocatoria dentro del mismo curso académico.

Bibliografía

Haddock, S. H. D., y Dunn, C. W. (2011). Practical Computing for Biologists. Sinauer Associates, Inc.

Downey, A. B. (2024) Thinking Python. O’Reilly Media

Marzal Varó, A., Gracia Luengo, I. y García-Sevilla, P. (2014). Introducción a la programación con Python 3. Ed. Universitat Jaume I.

The Carpentries. (2023). La terminal de Unix.

Sweigart, A. (2025). Automate the Boring Stuff with Python: Practical programming for total beginners. No Starch Press.

Bosque Sendra, J. (2001). Sistemas de información geográfica. Rialp.

González Pavón, C., Tarrazó Serrano, D., & Castiñeira Ibáñez, S. (2024). Introducción a QGIS . Tirant lo Blanch.

Pérez Navarro, A., Botella Plana, A., Muñoz Bollas, A., Olivella González, R., Olmedilla Hernández, J.C. y

Rodríguez Lloret, J. (2011). Introducción a los sistemas de información geográfica y geotelemática. Editorial UOC.

Otros recursos

Hay infinidad de recursos en línea para aprender a programar en Python y manejarse en Linux. Algunos de ellos son: