 |
|
|
Red | Grid| IBM Sp2| Bohr|Nuevo Cluster|PC Remoto| |
|
|
|
|
Phone:
+34.96.354.44.29 | Fax:+34.96.354.32.74 | Edificios Institutos de
Paterna, C/ Catedrático José Beltrán Nº2 46980 Paterna Valencia.
|
|
Altix 350 del Instituto
de Ciencia Molecular
Fecha de actualización: 28 de Marzo del 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Atención:Instalados desde el día 22/2/2007 nuevos ordenadores. Llamados erwin, mulliken, koopmans,hund, herzberg. En breve se publicará la web, sobre la utilización de los mismos.
|
DescripciónPara el soporte al cálculo científico del ICMOL, se adquirió a principios del año 2004 un nuevo sistema de altas prestaciones. Actualmente se encuentra en período de producción. Se trata de dos sistema SGI Altix 350, uno de los ordenadores tiene 12 procesadores a 1400 Mhz Itanium 2 y 18 GB de memoría RAM y 2,3 Teras de área de Scratch llamada /scr, el ordenador tiene el nombre de bohr. El otro ordenador llamado born es un SGI Altix 350 con 4 procesadores a 1500 Mhz Itanium 2 y 8 GB de RAM con 1 Tera de área de Scratch llamada /scr. Ampliación del Altix 350 ordenador born.
HardwareLas características más relevantes del nuevo equipo son:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Nombre de la cola: |
petita |
mitjana |
gran |
gran_p |
gran_rap |
gran_rap2p |
|
Priority (system): |
100 |
50 |
0 |
0 |
0 |
0 |
|
Max_processors: |
1 |
1 |
7 |
5 |
3 |
1 |
|
Maxjobs: |
12 |
10 |
9 |
9 |
9 |
1 |
|
Wall_clock_limit(*): |
15:00 |
40:00 |
850:00 |
850:00 |
850:00 |
850:00 |
|
Cpu_limit(*): |
12:00 |
30:00 |
744:00 |
744:00 |
744:00 |
744:00 |
|
Core_limit(*): |
10 MB |
10 MB |
10 MB (10 MB) |
10 MB |
10 MB |
10 MB |
|
Nª Procesadores |
1 |
1 |
1 |
4 |
1 |
2 |
|
Ordenador que calcula |
bohr |
bohr |
bohr |
bohr |
born |
born |
Los límites de las Colas son los siguientes: No pueden
estar calculando más de 15 Trabajos a la vez y cada Usuario podrá tener
trabajando un máximo de 3 trabajos por cola, naturalmente los trabajos que
No entren en el sistema de Colas quedaran a la espera y cuando el sistema
de Colas LSF tenga espacio, entrarán los trabajos encolados. Primero
entrarán los de más prioridad los de las colas petita y mitjana dejando a
los trabajos de menos prioridad los de la cola gran, gran_rap y gran_p a
la espera.
Recordar las colas gran_p y gran_rap2p admiten
trabajos en paralelo.
Las nuevas colas de los atlones se
debería de mandar los jobs de los trabajos con la opción -m para asi
mandarlo al ordenador que este libre en ese momento.
Los trabajos se envían al sistema de colas mediante el comando
bsub < fichero
donde fichero es un script
de shell con la secuencia de comandos a ejecutar precedido por un
preámbulo de LSF que define la naturaleza y
características del trabajo.
Envío de trabajos al sistema de colas LSF.
Los trabajos se
envían al sistema de colas mediante el comando:
bsub <
fichero
Para comprobar los jobs que estan en la Cola.
bqueues
(Comprueba los trabajos que estan procesandose en este momento en el
sistema de colas).
qstat -a (Muestra todos los trabajos que están en
funcionamiento, con el estado de los trabajos y los usuario que están
calculando en ese momento)
Para eliminar un job del sistema de
colas.
bkill Número del job (que previamente sabemos con el comando
qstat -a)
Para comprobar las características de todas las
colas.
bqueues -l
Si se quiere saber solo las característica de una
cola en particular se especifica, ejemplo saber las características de la
cola gran
bqueues -l gran
La forma de envíar un trabajo es la siguiente. Por ejemplo, el siguiente fichero lleva a cabo un cálculo de Gaussian03
Primero estará el ejemplo para lanzar un job al
ordenador bohr y luego otro ejemplo para lanzar un job al ordenador born
#! /bin/sh ###################### ## Lanzar un trabajo por LSF en Gaussian ## #################### #!/bin/bash # Fichero de salida #BSUB -o salida.%P #Fichero de error #BSUB -e error.%P #Cola donde se va a lanzar el job #BSUB -q gran_p #Por si la cola que se utiliza es paralela, casi se indica cuantos procesadores utiliza, si la cola no es paralela #no tiene sentido indicar esta opción ya que solo utiliza un procesador #BSUB -n 1 # Número de horas que esta el job en la CPU #BSUB -c 74:00 # Stack limit #BSUB -S 700000 #Ahora incluimos algunas definiciones de Gaussian03 |
#! /bin/sh ###################### ## Lanzar un trabajo por LSF en Gaussian Para el ordenador born ## #################### #!/bin/bash # Fichero de salida #BSUB -o salida.%P #Fichero de error #BSUB -e error.%P #Cola donde se va a lanzar el job #BSUB -q gran_rap #BSUB -m born #Por si la cola que se utiliza es paralela, casi se indica cuantos procesadores utiliza, si la cola no es paralela #no tiene sentido indicar esta opción ya que solo utiliza un procesador #BSUB -n 1 # Número de horas que esta el job en la CPU #BSUB -c 74:00 # Stack limit #BSUB -S 700000 #Ahora incluimos algunas definiciones de Gaussian03 |
