La comparación del DNA genómico de dos cepas sigue siendo la técnica estándar para la delineación de especies procariotas. Tradicionalmente, el valor de similitud entre dos DNAs genómicos se ha obtenido mediante la aplicación de técnicas de laboratorio que son tediosas, de difícil reproducibilidad y que sólo puede llevarse a cabo en unos pocos laboratorios especializados. Además, los resultados así obtenidos no son acumulables y no permiten la construcción de una base de datos.

En los últimos años, con el desarrollo de la secuenciación masiva y la obtención de secuencias genómicas de una forma más accesible, se ha propuesto calcular el valor de similitud entre dos genomas mediante la comparación de las secuencias genómicas. Así, se puede calcular el valor de hibridación DNA-DNA estimada in silico (eDDH) o el valor Average Nucleotide Identity (ANI), a partir de las secuencias genómicas de un par de cepas.

Material necesario

Los ficheros con las secuencias crudas obtenidas en la secuenciación completa del genoma de las cepas que se van a comparar.

Metodología

El valor de hibridación DNA-DNA estimada in silico (eDDH) se obtiene mediante el programa de acceso libre GGDC.

El valor Average Nucleotide Identity (ANI) se obtiene mediante el programa JSpecies.