El origen de la Universitat de València se remonta al deseo de los Jurados de la ciudad de unificar los distintos centros de estudios superiores de Valencia en un sólo lugar. Para ello se procedió a la compra de unas casas en el lugar donde ahora está enclavada esta sede histórica y se encargó en 1498 al célebre arquitecto Pere Compte, autor de la Lonja y de importantes obras en la Catedral y en la Generalitat, la adaptación de estos edificios para albergar el Estudi General. Sus constituciones fueron elaboradas en 1499. Por la aprobación del papa Alejandro VI y el rey Fernando II el Católico fue elevado al rango de Universidad en 1502.

Durante siglos los estudios se desarrollaron pacíficamente y en algunos momentos con gran esplendor. En sus aulas enseñaron y aprendieron, personajes tan célebres como el filósofo Luis Vives, los humanistas Rojas Clemente y Honorato Juan, el naturalista Cavanilles, el científico Corachán, el matemático Tomás Vicente Tosca, los eruditos Gregorio Mayans y Francisco Pérez Bayer, y los investigadores Ferran y Ramón y Cajal.

El edificio de la Universitat sufrió una importante destrucción en el bombardeo de la ciudad de 1812 por las tropas napoleónicas al mando del mariscal Suchet. En el incendio subsiguiente perdieron su biblioteca, las aulas y los despachos y sólo se salvaron el Paraninfo y la Capilla. La restauración se llevó a cabo lenta y penosamente a lo largo del siglo XIX.

En 1844 la Universitat perdió su autonomía económica e institucional y pasó a depender del estado central transformándose sus profesores en funcionarios. Se creó un interesante Museo de Ciencias Naturales, que fue destruido por un incendio en 1932.

Actualmente, la actividad académica de la Universitat se desarrolla en las facultades y escuelas repartidas en sus tres campus, así como en los diversos institutos de investigación distribuidos por toda la ciudad de Valencia. En el edificio histórico se encuentran la Biblioteca Histórica, dependencias rectorales y diversos servicios de carácter administrativo, burocrático y cultural.