Universitat de València - Máster en Aproximaciones Moleculares en Ciencias de la Salud
Tecnologías de la Medicina Molecular
Modelización y Análisis de Estructuras Macromoleculares
SARS-CoV-2 S-ACE2 complex (7DF4)
En RCSB PDB localiza estructuras de la glicoproteína S (spike) del SARS-Cov-2 unida a ACE2 humana. Para ello utiliza la herramienta de búsqueda avanzada (Advanced Search).
En este caso es una buena idea empezar limitando la búsqueda a partir de una fecha determinada:
Después, completamos la búsqueda con uno o varios términos adicionales:
Con estos términos de búsqueda, el número de estructuras que aparecen es muy elevado, aunque en muchas de ellas la resolución es relativamente baja (> 3 Å). Por ello refinaremos con un nuevo término para encontrar solo estructuras cuya resolución es al menos 2.5 Å.
Conseguimos así un número reducido de casos entre las cuales es fácil elegir uno de interés.
Como puedes observar, cada estructura lleva asociado un código identificador único (pdb-ID). Si accedes al registro de una estructura en concreto puedes encontrar de manera directa múltiple información sobre ella.
Entre las estructuras de Complejos spike-ACE2 que hemos encontrado, algunas, como 7T9K, contienen un trímero de dominios extramembrana de spike con su RBD unido a ACE2, pero la mayoría son hetero-dímeros formados por ACE2 y el RBD de spike. Entre estas últimas, no todas corresponden a ACE2 humana y en varias de ellas el RBD del virus se encuentra mutado.
Vamos caracterizar en primer lugar el complejo de ACE humana con el RBD salvaje, como en 6M0J o en 6LZG y después el complejo con alguno de los mutantes de spike sencillos, como G485R (7LO4) o Y453F (7EKH).
Al seleccionar una estructura de interés, accedes primero al apartado Structure Summay, que contiene sus aspectos mas relevantes:
También podemos acceder a Visualizaciones dinámicas estandarizadas desde el tab→ >3D View, donde podremos construir modelos estructurales sencillos. Observa de manera general la estructura con ayuda de Mol* o con NGL.
En el apartado Display Files se encuentran los ficheros de estructura primaria (FASTA) y de estructura tridimensional (PDB). En el siguiente enlace puedes encontrar un breve resumen sobre las características de estos ficheros.
A continuación vamos a llevar a cabo un análisis sencillo de las estructuras utilizan nuestras propias representaciones. Descarga el fichero PDB.
Continuar... Parte 2. Representación y Análisis de Estructuras
