HMW-nudibranch

El nostre objectiu és seqüenciar el genoma complet del nudibranqui seleccionat. Començarem per seleccionar un mètode òptim per a extraure ADN d'alt pes molecular. Això és crucial per a la seqüenciació del genoma complet, especialment en plataformes com PacBio. Com no existeixen mètodes específics per a l'extracció d'ADN de nudibranquis, tenim previst provar diversos mètodes de conservació i extracció per a obtindre una mostra d'ADN concentrada amb fragments grans adequats per a la seqüenciació PacBio.

Acrònim

HMW-nudibranch

Descripció

Títol: Extracció d'ADN d'alt pes molecular de nudibranquis

Grup d'investigació: Genòmica de les Cél·lules Individuals Microbianes

En el nostre estudi anterior, descobrim que els simbionts bacterians del nudibranqui Doriopsilla fulva contenen vies biosintètiques que potencialment proporcionen defensa química als seus hostes. Atés que aquests simbionts eren incubables, ens vam proposar produir la molècula bioactiva mitjançant un sistema d'expressió gènica heteròleg. No obstant això, és molt comú que a pesar que el BGC siga expressat pel cultiu heteròleg, no s'aconseguisca la síntesi completa de la molècula final.

Creiem que els nudibranquis hostes podrien estar proporcionant alguns precursors als seus bacteris simbiòtics que al final resulten en la síntesi de la molècula bioactiva. Per tant, el nostre objectiu és seqüenciar el genoma complet de l'hoste nudibranqui. El primer pas consisteix a seleccionar el mètode més òptim per a extraure ADN d'alt pes molecular de l'espècie de nudibranqui seleccionada. Actualment, no existeixen mètodes específics per a l'extracció d'ADN d'alt pes molecular de nudibranquis. Existeixen pocs estudis previs que s'hagen centrat en optimitzar l'extracció d'ADN de caragols conservats en etanol, no obstant això, l'ADN extret en aquests estudis previs s'ha utilitzat més comunament per a amplificar un únic gen, per al qual l'ADN d'alt pes molecular no és tan important com en el cas de la seqüenciació del genoma complet en seqüenciadors de tercera generació, com PacBio. Els reactius d'extracció poden ser inhibits pel llim que cobreix els nudibranquis, i també pot haver-hi alguna inferència amb un alt contingut de sal. En aquest projecte provarem combinacions de diferents mètodes de conservació i diferents mètodes d'extracció d'ADN per a obtindre una mostra d'ADN amb alta concentració que continga grans fragments d'ADN adequats per a la seqüenciació en la plataforma PacBio.