Fitxa persona

JOSE ENRIQUE PEREZ ORTIN
PDI-Catedratic/a d'Universitat
Secretari/a d' Institut Universitari

jose.e.perez@uv.es
http://www.uv.es/perezje

Knowledge area: BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY
Department: Biochemistry and Molecular Biology

E.R.I. Biotecmed Dr. Moliner 50 E46100 Burjassot Spain
(9635) 43467

Subjects taught and teaching methods

33132 - Macromolecular structure and enzymology - Degree in Biochemistry and Biomedical Sciences	Practices, Theory
33135 - Macromolecular biosynthesis and its regulation - Degree in Biochemistry and Biomedical Sciences	Practices, Theory
33159 - Degree final project in biochemistry and biomedical sciences - Degree in Biochemistry and Biomedical Sciences	Work end of studies
42709 - Omics techniques for massive data collection - Master's Degree in Bioinformatics	Theory
44695 - Omics technologies - Master's Degree in Research and Development in Biotechnology and Biomedicine	Theory
44703 - Master's final project - Master's Degree in Research and Development in Biotechnology and Biomedicine	Work end of studies

Tutorials (course 2021 - 2022)

Anual

Monday de 14:00 a 17:00. 2.11.P1.023 (BIOLÓGICAS EDIFICIO A)

Observations

You participate in the electronic tutoring program of the Universitat de València

Academic training

Journal Publications

Ramón, D., Ferrer, S. y Pérez-Ortín, J.E. 1987 Presence of nucleosomes in Penicillium chrysogenum Current MicrobiologyVolume 15.
Pérez-Ortín, J.E., Estruch, F., Matallana, E. y Franco, L. 1987 Fine analysis of the chromatin structure of the yeast SUC2 gene and its changes upon derepression. Comparison between the chromosomal and plasmid-inserted copies Nucleic Acids ResearchVolume 15.
Pérez-Ortín, J.E. y Estruch, F. 1988 A rapid method for the screening of plasmids in transformed yeast strains Current MicrobiologyVolume 17.
Martínez-García, J., Estruch, F. y Pérez-Ortín, J.E. 1989 Chromatin structure of of the 5' flank of the yeast LEU2 gene Molecular and General GeneticsVolume 217.
Estruch, F., Pérez-Ortín,J.E., Matallana, E. y Franco, L. 1989 In vivo assembly of chromatin on pBR322 sequences cloned into yeast plasmids PlasmidVolume 21.
Pérez-Ortín,J.E., Matallana, E. y Franco, L. 1989 Chromatin structure of yeast genes YeastVolume 5.
Estruch, F., Pérez-Ortín, J.E., Matallana, E. y Franco, L. 1989 Chromatin structure of transposon Tn903 cloned into a yeast plasmid PlasmidVolume 22.
Igual, J.C.; Matallana, E.; González-Bosch, C.; Franco, L.; Pérez-Ortín, J.E. 1991 A new glucose-repressible gene identified from the analysis of chromatin structure of deletion mutants of the yeast SUC2 locus YeastVolume 7.
Matallana, E.; Franco, L. y Pérez-Ortín, J.E. 1992 Chromatin structure of the yeast SUC2 promoter in regulatory mutants Molecular and General GeneticsVolume 231.
Igual, J.C.; González-Bosch, C; Dopazo, J.; Pérez-Ortín, J.E. 1992 Phylogenetic analysis of the thiolase family. Implications on the evolutionary origin of peroxisomes Journal of Molecular EvolutionVolume 35.
Igual, J.C.; González-Bosch, C.; Franco, L.; Pérez-Ortín, J.E. 1992 The POT1 gene for the yeast peroxisomal thiolase is subjected to three different mechanisms of regulation Molecular MicrobiologyVolume 6.
Del Olmo M. y Pérez-Ortín, J.E. 1993 A natural A/T-rich sequence from the 3' end of yeast FBP1 gene exists as a cruciform in E. coli cells PlasmidVolume 29.
Tordera, V., Sendra, R. y Pérez-Ortín, J.E. 1993 The role of histones and their modifications in informative content of chromatin ExperientiaVolume 49.
Del Olmo, M.; Sogo, J.M.; Franco, L. y Pérez-Ortín, J.E. 1993 Chromatin structure of the yeast FBP1 gene: transcription-dependent changes in the regulatory and coding regions YeastVolume 9.
Bargues, M.; Salom, D.; Gómez, A.; Paricio, N.; Pérez-Alonso, M. y Pérez-Ortín, J.E. 1996 Sequencing analysis of a 4.1 kb subtelomeric region from yeast chromosome IV identifies HXT15, a new member of the hexose transporter family YeastVolume 12.
Puig, S.; Querol, A.; Ramón, D. y Pérez-Ortín, J.E. 1996 Evaluation of the use of late phase gene promoters for the expression of enological enzymes in an industrial wine yeast strain Biotechnology LettersVolume 18.
Jacq, C...Pérez-Ortín, J.E. et al. 1997 The complete nucleotide sequence of yeast chromosome IV NatureVolume 387 (suplement).
Aranda, A.; Pérez-Ortín, J.E.; Benham, C.J. y del Olmo, M. 1997 Analysis of the in vivo structure of a natural alternating d(TA)n sequence in yeast chromatin YeastVolume 13.
Puig, S., Ramón D. y Pérez-Ortín, J. E. 1998 An optimized method to obtain stable food-safe recombinant wine yeast strains Journal of Agricultural and Food ChemistryVolume 46.
Aranda, A.; Pérez-Ortín, J.E.; Moore, C. y del Olmo, M. 1998 Transcription termination downstream of the Saccharomyces cerevisiae FBP1 poly(A) site does not depend on efficient 3' end processing RNA-A Publication of the Rna SocietyVolume 4. Number 3.
Ruiz-García, A.B.; Sendra, R.; Galiana, M.; Pamblanco, M.; Pérez-Ortín, J.E. y Tordera., V. 1998 HAT1 and HAT2 proteins are componets of a yeast nuclear histone acetyltransferase enzyme specific for free histone H4 Journal of Biological ChemistryVolume 273.
Aranda, A.; Pérez-Ortín, J.E.; Moore, C. y del Olmo, M. 1998 The yeast FBP1 poly(A) signal functions in both orientations and overlaps with a gene promoter Nucleic Acids ResearchVolume 26. Number 20.
Gimeno-Alcañiz, J.; Pérez-Ortín, J.E. y Matallana, E. 1999 Differential patterns of threalose accumulation in wine yeast strains during microvinification process Biotechnology LettersVolume 21.
Ivorra, C.; Pérez-Ortín, J.E.y del Olmo, M. 1999 Reverse correlation of stress-resistance ability and stuck fermentations in wine yeasts. A molecular study Biotechnology and BioengineeringVolume 64. Number 6.
Rodriguez-Navarro, S.; Estruch, F. y Pérez-Ortín, J.E. 1999 Functional analysis of twelve ORFs from Saccharomyces cerevisiae YeastVolume 15.
Puig, S.; Matallana, E. y Pérez-Ortín, J.E. 1999 Stochastical nucleosome positioning in a yeast chromatin region is not dependent on Histone H1 Current MicrobiologyVolume 39.
Puig, S.; Pérez-Ortín, J.E y Matallana, E. 1999 Transcriptional and structural study of a region of two convergent overlapping yeast genes Current MicrobiologyVolume 39.
Puig, S.y Pérez-Ortín, J.E. 2000 Stress response and expression patterns in wine fermentation of yeast genes induced at the diauxic shift YeastVolume 16.
van Helden, J.; Olmo Muñoz, Marcel·lí del; Pérez Ortín, José Enrique. 2000 Statistical analysis of yeast genomic downstream sequences reveals putative polyadenylation signals Nucleic Acids ResearchVolume 28. Number 4.
Puig Todolí, Sergi; Querol Simón, Amparo; Barrio Esparducer, Eladio; Pérez Ortín, José Enrique. 2000 Mitotic recombination and genetic changes in Saccharomyces cerevisiae during wine fermentation Applied and Environmental MicrobiologyVolume 66. Number 5.
Puig, S. y Pérez-Ortín, J.E. 2000 Expression levels and pattern of glycolytic yeast genes during wine fermentation Systematic and Applied MicrobiologyVolume 23.
Hauser, N.C.; Fellenberg, K.; Gil, R., Bastuck, S.; Hoheisel, J.D.; Pérez Ortín, José Enrique. 2001 Whole genome analysis of a wine yeast strain Comparative And Functional GenomicsVolume 2. Number 2.
PAMBLANCO, M.; POVEDA, A.; SENDRA, R.; RODRÍGUEZ-NAVARRO, S.; PÉREZ-ORTÍN, J. E.; TORDERA, V. 2001 Bromodomain factor 1 (Bdf1) protein interacts with histones Febs LettersVolume 496.
Rodríguez-Navarro, S.; Igual, J.C.; Pérez-Ortín, J.E. 2002 SRC1: an intron-containing yeast gene involved in sister chromatid segregation YeastVolume 19.
Pérez-Ortín, J.E.; García-Martínez, J. and Alberola T. M. 2002 DNA chips for yeast biotechnology. The case of wine yeasts Journal of BiotechnologyVolume 98.
Pérez-Torrado, R., Carrasco, P., Aranda, A., Gimeno-Alcañiz, J., Pérez-Ortín, J.E., Matallana, E, y Del Olmo, M. 2002 Study of the first hours of vinification by the use of osmotic stress-specific response genes as probes Systematic and Applied MicrobiologyVolume 25. Number 1.
Rodríguez-Navarro, Susana; Llorente, B.; Rodríguez-Manzaneque, M.T.; Ramne, A.; Uber Garcia, Genoveva; Marchesan, D.; Dujon, B.; Herrero,E.; Sunnerhagen, P.; Pérez-Ortín, José Enrique. 2002 Functional analysis of yeast gene families involved in metabolism of vitamins B1 and B6 YeastVolume 19.
Pérez Ortín, José Enrique; Querol Simón, Amparo; Puig Todolí, Sergi; Barrio Esparducer, Eladio. 2002 Molecular characterization of a chromosomal rearrangement involved in the adaptative evolution of yeast strains Genome ResearchVolume 12. Number 10.
Carrasco, P.; Pérez-Ortín, J.E. y del Olmo, M. 2003 Arginase Activity is a Useful Marker of Growth Nitrogen Limitation During Wine Fermentations Systematic and Applied MicrobiologyVolume 26.
Rodríguez-Navarro, Susana; Fischer, Tomás; Luo, Ming Juan; Antúnez, Oreto; Brettschneider, Susanne; Pérez Ortín, José Enrique; Reed, Robin; Hurt, Ed. 2004 SUS1, a functional component of the SAGA transcription complex and the mRNA export machinery CellVolume 116. Number 1.
Bellí, G.; Molina, M.M.; García Martínez, José; Pérez-Ortín, José Enrique; Herrero, Enrique. 2004 Saccharomyces cerevisiae glutaredoxin 5-deficient cells subjected to constitutive oxidizing conditions are affected in the expression of specific sets of genes Journal of Biological ChemistryVolume 279. Number 13.
Alberola, T. M., García-Martínez, J., Antúnez, O., Viladevall, L., Barceló, A., Ariño, J. y Pérez-Ortín, J.E. 2004 A new set of DNA macrochips for the yeast Saccharomyces cerevisiae: features and uses International MicrobiologyVolume 7. Number 3.
PÉREZ-ORTÍN, J.E.; MATALLANA, E.; TORDERA, V. 1988 Analysis of chromatin structure and composition Biochemical EducationVolume 16.
Pérez-Ortín, J.E.; del Olmo, M.; Matallana, E. y Tordera, V. 1997 Make your own gene library Biochemical EducationVolume 25.
Del OLMO, M.; ARANDA, A.; TORDERA, V.; PÉREZ-ORTÍN, J.E. 1998 Detection of non-B-DNA secondary structures by S1 nuclease digestion Journal of Chemical EducationVolume 75.
Pérez-Ortín, J.E. ; Moya, A. y Ramón, D. 1998 Els altres genomes Mètode - Revista de la Universitat de ValènciaVolume 32.
Güldener, U; Münsterkötter, M.; Kastenmüller, G; Strack1, N; van Helden, J.; Lemer, C.; Richelles, J.; Wodak, S.J.; García Martínez, José; Pérez Ortín, José E.; Michael, H.; Kaps, A.; Talla, E.; Dujon, B.; André, B.; Souciet, J.L.; De Montigny, J.; Bon, E.; Gaillardin, C. y Mewes, H.W. 2005 CYGD: The Comprehensive Yeast Genome Database Nucleic Acids ResearchVolume 33. Number suppl 1.
Carro, D.; García-Martínez, J; Pérez-Ortín, J.E. y Piña, B. 2003 Structural characterization of chromosome I size variants from a natural yeast strain YeastVolume 20.
Pérez-Ortín, J.E. y García-Martínez, J. 2004 Evaluation of transcription rates at the genomic level Bioforum EuropeVolume 8. Number 5.
Garcia Martinez, José; Aranda Fernández, Agustín; Pérez Ortín, José Enrique. 2004 Genomic run-on evaluates transcription rates for all yeast genes and identifies gene regulatory mechanisms Molecular CellVolume 15. Number 2.
Rosaleny Peralvo, Lorena Estefania; Antúnez, O.; Ruiz Garcia, Ana Belén; Pérez Ortin, José Enriqu.; Tordera Donderis, Vicente. 2005 Yeast HAT1 and HAT2 deletions have different life-span and transcriptome phenotypes Febs LettersVolume 579. Number 19.
Solieri, L.; Gullo, M.; De Vero, L.; Antúnez, O.; Pérez Ortín, José Enrique; Giudici, P. 2005 Homogeneity of Interspecific Hybrids Between Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces uvarum by Phenotypic and Transcriptional Analysis International Journal of Biotechnology & Biochemistry (IJBB)Volume 1. Number 1.
Pelechano, Vicente José; García Martínez, José; Pérez Ortín, José Enrique. 2006 A genomic study of the Inter-ORF distances in Saccharomyces cerevisiae YeastVolume 23.
Mendes-Ferreira A.; Olmo Muñoz, Marcel·lí del; García Martínez José; Jiménez Martí Elena; Mendes-Faia A.; Pérez Ortín, José Enrique; Leão C. 2007 Transcriptional response of Saccharomyces cerevisiae to different nitrogen concentrations during alcoholic fermentation Applied and Environmental MicrobiologyVolume 73. Number 9.
Pérez Ortín, José Enrique; Alepuz Martínez, Paula; Moreno Mariño, Joaquín. 2007 Genomics and the gene transcription kinetics in yeast Trends in GeneticsVolume 23. Number 5.
Rosaleny Peralvo, Lorena Estefanía; Ruiz García, Ana Belén; García Martínez, José; Pérez Ortín, José Enrique; Tordera Donderis, Vicente. 2007 The Sas3p and Gcn5p histone acetyltransferases are recruited to similar genes Genome biologyVolume 8. Number 6.
Mendes-Ferreira A.; Olmo Muñoz, Marcel·li del; García Martínez José; Jiménez Martí, Elena; Leão, C.; Mendes-Faia A, Pérez Ortín José E. 2007 Saccharomyces cerevisiae signature genes for predicting nitrogen deficiency during alcoholic fermentation Applied and Environmental MicrobiologyVolume 73. Number 16.
Pelechano García, Vicente José; Pérez Ortín, José Enrique. 2007 The transcriptional inhibitor thiolutin blocks mRNA degradation YeastVolume 25. Number 2.
García Martínez, José; González Candelas, Fernando; Pérez Ortín, José Enrique. 2007 Common gene expression strategies revealed by genome-wide analysis in yeast Genome biologyVolume 8.
Pérez Ortín, José Enrique. 2007 Genomics of mRNA turnover Briefings in Functional Genomics & ProteomicsVolume 6. Number 4.
Fernando Cardona, Purificación Carrasco, José Enrique Pérez-Ortín, Marcel.lí del Olmo*, Agustín Aranda (* corresponding author). 2007 A novel approach for the improvement of stress resistance in wine yeasts International Journal of Food MicrobiologyVolume 114. Number 1.
Molina-Navarro, M.M.; Castells-Roca, L.; Bellí, G.; García-Martínez, J.; Marín-Navarro, J.; Moreno, J. Pérez-Ortín, J.E. y Herrero, E. 2008 Comprehensive transcriptional analysis of the oxidative response in yeast Journal of Biological ChemistryVolume 283.
Solieri, L.; Antúnez, O.; Pérez-Ortín, J.E.; Barrio, E. y Giudici, P. 2008 Mitochondria inheritance and fermentative/oxidative balance in hybrids between Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces uvarum YeastVolume 25. Number 7.
Grund, S.E.; Fischer, T.; Cabal, G.G.; Antúnez, O.; Pérez Ortín, José Enrique; Hurt, E. 2008 The inner nuclear membrane protein Src1 associates with subtelomeric genes and alters their regulated gene expression Journal of Cell BiologyVolume 182. Number 5.
Belloch, Carmela; Pérez Torrado, Roberto; González, Sara S.; Pérez Ortín, José Enrique; García Martínez, José; Querol Simón, Amparo; Barrio Esparducer, Eladio. 2009 Chimeric Genomes of Natural Hybrids of Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces kudriavzevii Applied and Environmental MicrobiologyVolume 75. Number 8.
Pelechano García, Vicente José; Jimeno-González, Silvia; Rodríguez-Gil, Alfonso; García Martínez, José; Pérez Ortín, José Enrique; Chávez, Sebastián. 2009 Regulon-specific control of transcription elongation across the yeast genome PLOS geneticsVolume 5. Number 8.
Romero Santacreu, Lorena; Moreno Mariño, Joaquín; Pérez Ortín, José Enrique; Alepuz Martínez, Paula. 2009 Specific and global regulation of mRNA stability during osmotic stress in Saccharomyces cerevisiae RNA-A Publication of the Rna SocietyVolume 15. Number 6.
Pelechano García, Vicente José; Pérez Ortín, José Enrique. 2010 There is a steady-state transcriptome in exponentially growing yeast cells YeastVolume 27. Number 7.
Rodríguez-Gil, Alfonso; García Martínez, José; Pelechano García, Vicente José; Muñoz-Centeno, María de la Cruz; Geli, Vincent; Pérez Ortín, José Enrique; Chávez, Sebastián. 2010 The distribution of active RNA polymerase II along the transcribed region is gene-specific and controlled by elongation factors Nucleic Acids ResearchVolume 38. Number 14.
Bermúdez, Ignacio; García Martínez, José; Pérez Ortín, José Enrique; Roca, Joaquim. 2010 A method for genome-wide analysis of DNA helical tension by means of psoralen-DNA photobinding Nucleic Acids ResearchVolume 38. Number 19.
Pelechano García, Vicente José; Chávez, Sebastián; Pérez Ortín, José Enrique. 2010 A complete set of nascent transcription rates for yeast genes Plos OneVolume 5. Number 11.
Castells-Roca, L.; García-Martínez, J.; Moreno Mariño, Joaquín; Herrero, E.; Bellí, G. y Pérez Ortín, José Enrique. 2011 Heat shock response in yeast involver changes in both transcription rates and mRNA stabilities Plos OneVolume 6. Number 2.
Pérez Ortín, José Enrique; Jordán Pla, Antonio; Pelechano García, Vicente José. 2011 A genomic view of mRNA turnover in yeast Comptes Rendus BiologiesVolume 334. Number 8-9.
Vicente Tordera y José E. Pérez Ortín. 2011 Hipótesis y dogmas Investigación y CienciaVolume 2011. Number Agosto.
Pérez Ortín, José Enrique; Medina, Daniel A; Jordán Plá, Antonio. 2011 Genomic insights into the layers of gene regulation in yeast Genetics Research InternationalVolume 2011. Number 989303.
M. Carmen García-López, Vicent Pelechano, M. Carmen Mirón-García, Ana I. Garrido-Godino,Alicia García, Olga Calvo, Michel Werner, José E. Pérez-Ortín, and Francisco Navarro. 2011 The conserved foot domain of RNA Pol II associates with proteins involved in transcritpion initiation and/or early elongation GeneticsVolume 189.
García Martínez, José; Ayala Gallego, Guillermo; Pelechano García, Vicente José; Chávez, S.; Herrero, E.; Pérez Ortín, José Enrique. 2012 The relative importance of transcription rate, cryptic transcription and mRNA stability on shaping stress responses in yeast TranscriptionVolume 3. Number 1.
Pérez Ortín, José Enrique; De Miguel-Jiménez, Lola; Chávez, Sebastián. 2012 Genome-wide studies of mRNA synthesis and degradation in eukaryotes Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory MechanismsVolume 1819. Number 6.
Alic, Andrei; Pérez Ortín, José Enrique; Moreno Mariño, Joaquín.; Arnau LLombart, Vicente. 2013 mRNAstab. A web application for mRNA stability analysis BioinformaticsVolume 29.
Garre García, Elena; Romero Santacreu Lorena; Barneo-Muñoz, Manuela; Miguel, Ana; Pérez Ortín, José Enrique; Alepuz Martínez, Paula. 2013 Nonsense-mediated mRNA decay controls the changes in yeast ribosomal protein pre-mRNAs levels upon osmotic stress Plos OneVolume 8. Number 4.
José E. Pérez-Ortín, Paula Alepuz, Sebastián Chávez and Mordechai Choder. 2013 Eukaryotic mRNA Decay: Methodologies, Pathways, and Links to Other Stages of Gene Expression Journal of Molecular BiologyVolume S0022-2836. Number 13.
Haimovich, G.; Medina, D.A.; Causse, S.Z.; Garber, M.; Millán-Zambrano, G.; Barkai, O.; Chávez, S.; Pérez Ortín, José Enrique; Darzacq, X.; Choder, M. 2013 Gene expression is circular: factors for mRNA degradation also foster mRNA synthesis CellVolume 153. Number 5.
Nikolaou, C.; Bermúdez, I.; Manichanh, C.; García-Martínez, José; Guigó, R.; Pérez-Ortín, José E.; Roca, J. 2013 Topoisomerase II regulates yeast genes with singular chromatin architectures Nucleic Acids ResearchVolume 41. Number 20.
Miguel, A.; Montón, F.; Li, T.; Gómez-Herreros, G.; Chávez, S.; Alepuz, P. y Pérez-Ortín, J.E. 2013 External conditions inversely change the RNA polymerase II elongation rate and density in yeast Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory MechanismsVolume 1829.
Pérez-Ortín, J.E., Alepuz, P.; Chávez, S. y Choder, M. 2013 Eukaryotic mRNA decay: methodologies, pathways, and links to other stages of gene expression Journal of Molecular BiologyVolume 425. Number 20.
José E. Pérez-Ortín, Daniel A. Medina, Sebastián Chavez y Joaquín Moreno. 2013 What do you mean by transcription rate? BioessaysVolume 35.
Medina, DA; Jordán-Pla, A.; Millán-Zambrano, G.; Chávez, S.; Choder, M.; Pérez Ortín, José Enrique. 2014 Cytoplasmic 5'-3' exonuclease Xrn1p is also a genome-wide transcription factor in yeast Frontiers In GeneticsVolume 5. Number 1.
Jordán-Pla, A.; Gupta, I.; de Miguel-Jiménez, L.; Steinmetz, L.M.; Chávez, S.; Pelechano V. y Pérez-Ortín, J.E. 2015 Chromatin-dependent regulation of RNA polymerases II and III activity throughout the transcription cycle Nucleic Acids ResearchVolume 43. Number 2.
Barbosa C, García-Martínez J, Pérez-Ortín JE, Mendes-Ferreira A. 2015 Comparative Transcriptomic Analysis Reveals Similarities and Dissimilarities in Saccharomyces cerevisiae Wine Strains Response to Nitrogen Availability Plos OneVolume 10. Number 4.
Canadell D, García-Martínez J, Alepuz P, Pérez-Ortín JE, Ariño J. 2015 Impact of high pH stress on yeast gene expression: A comprehensive analysis of mRNA turnover during stress responses Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory MechanismsVolume 1849. Number 6.
Juanes JM, Miguel A, Morales LJ, Pérez-Ortín JE, Arnau V. 2015 A web application for the unspecific detection of differentially expressed DNA regions in strand-specific expression data BioinformaticsVolume 31. Number 19.
Natalia Gómez-Navarro, Antonio Jordán-Pla, Francisco Estruch y José E. Pérez-Ortín. 2016 Defects in the NC2 repressor affect both canonical and non-coding RNA polymerase II transcription initiation in yeast Bmc GenomicsVolume 17.
Tianlu Li; Nikki De Clercq; Daniel A. Medina; Elena Garre; Per Sunnerhagen; José E. Pérez-Ortín; Paula Alepuz. 2016 The mRNA cap-binding protein Cbc1 is required for high and timely expression of genes by promoting the accumulation of gene-specific activators at promoters Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory MechanismsVolume 1859.
García-Martínez, José; Delgado-Ramos, Lidia; Ayala, Guillermo; Pelechano, Vicent; Medina, Daniel A.; Carrasco, Fany; González, Ramón; Andrés-León, Eduardo; Steinmetz, Lars; Warringer, Jonas; Chávez, Sebastián; Pérez-Ortín, José E. 2016 The cellular growth rate controls overall mRNA turnover, and modulates either transcription or degradation rates of particular gene regulons Nucleic Acids ResearchVolume 44.
Garrido-Godino AI; García-López MC; García-Martínez J; Pelechano V; Medina DA; Pérez-Ortín JE; Navarro F. 2016 Rpb1 foot mutations demonstrate a major role of Rpb4 in mRNA stability during stress situations in yeast Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory MechanismsVolume 1859. Number 5.
Sebastián Chávez; José García-Martínez;· Lidia Delgado-Ramos; José E. Pérez-Ortín. 2016 The Importance of controlling mRNA turnover during cell proliferation Current GeneticsVolume 62. Number 4.
José García-Martínez; Kevin Troulé; Sebastián Chávez; José E. Pérez-Ortín. 2016 Growth Rate controls mRNA turnover in steady and non-steady states Rna BiologyVolume 13. Number 12.
Benet M, Miguel A, Carrasco F, Li T, Planells J, Alepuz P, Tordera V, Pérez-Ortín JE. 2017 Modulation of protein synthesis and degradation maintains proteostasis during yeast growth at different temperatures Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory MechanismsVolume 1860.
Adriana Mena, Daniel A. Medina, José García-Martínez, Victoria Begley, Abhyudai Singh, Sebastián Chávez, Mari C. Muñoz-Centeno, José E. Pérez-Ortín. 2017 Asymmetric cell division requires specific mechanisms for adjusting global transcription Nucleic Acids ResearchVolume 45. Number 21.
Gabriel Gutiérrez; Gonzalo Millán-Zambrano; Daniel A. Medina; Antonio Jordán-Pla; José E. Pérez-Ortín; Xenia Peñate; Sebastián Chávez. 2017 Subtracting the sequence bias from partially digested MNase-seq data reveals a general contribution of TFIIS to nucleosome positioning Epigenetics & ChromatinVolume 10. Number 58.

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Projects

Organización de la cromatina activa. Causas moleculares de la activación. 1986 - 1989. Comisión Asesora de Investigación Científica y Técnica (CAICYT). . PI: Luis Franco Vera.
Estructura de la cromatina y actividad génica. 1989 - 1992. Comisión Asesora de Investigación Científica y Técnica (CAICYT). . PI: Luis Franco Vera.
Mecanismos moleculares de la regulación por glucosa en levadura. 1994 - 1995. Dirección General de Investigación Científica y Técnica. . PI: Jose Enrique Perez Ortin.
Yeast Genome Sequencing Network. 1994 - 1995. Dirección General de Ciencia, Investigación y Desarrollo (DGXII). Comunidades Europeas. . PI: José E. Pérez Ortín.
Secuenciación de un fragmento del cromosoma IV de levadura. 1994 - 1995. Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología (CICYT). . PI: José E. Pérez Ortín.
Desarrollo de una metodología para la obtención, por modificación genética, de levaduras recombinantes comercialmente aceptables. 1995 - 1998. Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología (CICYT). . PI: José E. Pérez Ortín.
Yeast Genome Functional Analysis Network (EUROFAN). 1996 - 1998. Dirección General de Ciencia, Investigación y Desarrollo (DGXII). Comunidades Europeas. . PI: José E. Pérez Ortín.
Identificación de promotores de genes de levaduras industriales con expresión diferencial a lo largo de la fermentación vínica. 1996 - 1998. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . PI: José E. Pérez Ortín.
Análisis funcional del genoma de levadura. Proyecto europeo EUROFAN. 1996 - 1997. Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología (CICYT). . PI: José E. Pérez Ortín.
Yeast Genome Functional Analysis Network (EUROFAN II). 1997 - 2000. Dirección General de Ciencia, Investigación y Desarrollo (DGXII). Comunidades Europeas. . PI: José E. Pérez Ortín.
Análisis funcional del genoma de levadura. Proyecto europeo EUROFAN II. 1998 - 1999. Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología (CICYT). . PI: José E. Pérez Ortín.
Mejora genética de las respuestas fisiológicas de las levaduras vínicas a los estreses debidos al proceso de fermentación. 1998 - 1999. Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología (CICYT). . PI: José E. Pérez Ortín.
Funciones biológicas de las histona acetiltransferasas en Saccharomyces cerevisiae. 1999 - 2002. Dirección General de Enseñanza Superior e Investigación Científica. . PI: Vicente Tordera Donderis.
Comprehensive Yeast Genome Database (CYGD). 2000 - 2004. Dirección General de Ciencia, Investigación y Desarrollo (DGXII). Comunidades Europeas. . PI: José E. Pérez Ortín.
Proyecto piloto para la fabricación de chips de DNA para el análisis genómico en levaduras. 2000 - 2001. Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología (CICYT). . PI: José E. Pérez Ortín.
Estudio de las funciones in vivo de las Histonas Acetiltransferasas Taf145p y Esa1p mediante el uso inmunoprecipitación de cromatina. 2000 - 2001. Ministerio de Ciencia y Tecnología.. . PI: Vicente Tordera Donderis.
Desarrollo de DNA-chips para la detección específica y simultánea de agentes fitopatógenos y genes de respuesta a la infección en patata (Solanum tuberosum). (PapaChip). 2001 - 2004. Dirección General de Enseñanza Superior e Investigación Científica. . PI: José E. Pérez Ortín.
Localización e identificación de un nuevo gen supresor de tumores en 8p21-p23 en Linfomas B mediante Chips de ADN. 2001 - 2003. Fondo de Investigaciones Sanitarias. . PI: José E. Pérez Ortín.
Clonaje posicional de un nuevo gen supresor de tumores en la región cromosómica 8p en linfomas B mediante microchips de ADN. 2002 - 2003. Conselleria de Cultura, Educació i Esports. Generalitat Valenciana. . PI: Jose Enrique Perez Ortin.
Análisis genómico del estrés por etanol en Saccharomyces cerevisiae. 2002 - 2005. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . PI: José E. Pérez Ortín.
Medida de las tasas de transcripción y de las vidas medias de todos los mRNAs de levadura. 2003 - 2006. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . PI: José E. Pérez Ortín.
Complementos para la instalación de nuevos laboratorios en el IATA. 1996 - 1996. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . PI: José E. Pérez Ortín.
Lector (scanner) de radiactividad y fluorescencia. 1999 - 1999. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . PI: José E. Pérez Ortín.
Equipo para Microchips de DNA. 2000 - 2000. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . PI: José E. Pérez Ortín.
Complemento para la fabricación de Chips de DNA de levadura. 2001 - 2001. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . PI: José E. Pérez Ortín.
Creación y distribución de microchips de DNA de la levadura S. cerevisiae. 2002 - 2002. Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología (CICYT). . PI: Joaquín Ariño Carmona.
Red Valenciana de Genómica y Proteómica. 2002 - 2002. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . PI: José E. Pérez Ortín.
Red Valenciana de Genómica y Proteómica. 2003 - 2003. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . PI: José E. Pérez Ortín.
Contrato para la ejecución del proyecto: Desarrollo de DNA-chips para la detección específica y simultánea de agentes fitopatógenos y genes de respuesta a la infección en patata (Solanum tuberosum). (PapaChip). Empresas: Sistemas Genómicos S.L., MedPlant Genetics, Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias. 2000 - 2004. Ministerio de Ciencia y Tecnología.. . PI: José E. Pérez Ortín/ Mariano Cambra.
Contrato para la ejecución del proyecto: Proyecto piloto para la fabricación de chips de DNA para el análisis genómico en levaduras. Empresas: Sistemas Genómicos S.L., Biotools Biotechnological & Medical laboratories S.A. 2000 - 2002. Ministerio de Ciencia y Tecnología.. . PI: José E. Pérez Ortín.
Contrato de Comercialización del Servicio de Chips de ADN de la Universitat de València Empresa: DURVIZ S.L. 2001 - 2002. Universitat de València. . PI: José E. Pérez Ortín.
Contrato de Formación de Personal Empresa: DURVIZ S.L. 2002 - 2003. Universitat de València. . PI: José E. Pérez Ortín.
Agilent 2100 Bioanalyzer. 2006 - 2006. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . PI: Jose Enrique Perez Ortin.
Ayuda complementaria al proyecto BMC2003-07072-C03-02. 2006 - 2006. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . PI: Jose Enrique Perez Ortin.
Aproximaciones Genómicas al estudio de la transcripción en levadura. 2006 - 2007. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . PI: Jose Enrique Perez Ortin.
Análisis genómico de la transcripción en levadura. 2007 - 2010. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . PI: Jose Enrique Perez Ortin.
Desarrollo de una base de datos de Genómica Funcional para levadura. 2007 - 2008. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . PI: Jose Enrique Perez Ortin.
Mecanismos de coordinación entre la transcripción y la estabilidad de mRNAs en levadura. 2011 - 2013. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . PI: Jose Enrique Perez Ortin.
Patógenos fúngicos humanos bajo estrés oxidativo: mecanismos adaptativos frente a hipoxia y ROS. 2011 - 2013. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . PI: Enrique Herrero Perpiñán.
Estudio global de las estrategias transcripcionales y post-transcripcionales de regulación de la expresión génica en respuesta al estrés osmótico en Saccharomyces cerevisiae: un modelo de sistema eucariótico. 2011 - 2014. Conselleria d'Educació i Ciència.. . PI: José E. Pérez Ortín.
Identification and validation of a gene expression signature for problematic fermentations diagnosis. 2011 - 2013. Fundacâo para a Ciencia e a Tecnología de Portugal. . PI: Alexandra Mendes Ferreira.
Instituto Superior de Investigación Cooperativa de Biotecnología y Biomedicina (ISIC BIOTECMED). 2013 - 2016. Generalitat Valenciana. . PI: Juan Ferré Manzanero.
Red Temática: La vida del mRNA desde la transcripción a la degradación. 2015 - 2017. Ministerio de Economía y Competitividad. . PI: Susana Rodriguez Navarro.
Mecanismos moleculares y rutas participantes en la interconexión entre transcripción y degradación de mRNAs durante las respuestas al estrés en levaduras. 2015 - 2018. Conselleria d'Educació i Ciència.. . PI: José E. Pérez Ortín.
Regulación cruzada entre la transcripción y la estabilidad de los mRNAs. Aproximaciones genómicas y mecanismos implicados en la respuesta al estrés. 2014 - 2017. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . PI: Jose Enrique Perez Ortin.
Homeostasis molecular en el Dogma Central. Recambio de mRNAs y proteínas y los mecanismos de comunicación cruzada entre ellos. 2017 - 2020. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . PI: Jose Enrique Perez Ortin.
Red Temática: La vida del RNA desde la transcripción a la degradación (RNAlife-II). 2020 - 2021. MINISTERIO DE CIENCIA, INNOVACIÓN Y UNIVERSIDADES. . PI: José E. Pérez Ortín (coordinador) y 13 grupos más.

Thesis, minor thesis and research reports

Emilia Matallana Redondo, (1989). Estructura de la cromatina de las regiones reguladoras del gen SUC2 de Saccharomyces cerevisiae. (Doctoral Thesis). .
Juan Carlos Igual García, (1991). Identificación del gen de la 3-oxoacil-CoA tiolasa peroxisomal de Saccharomyces cerevisiae. Estudio de su regulación. (Doctoral Thesis). .
Marcel.lí del Olmo Muñoz, (1991). Estructura de la cromatina del gen FBP1 de Saccharomyces cerevisiae. (Doctoral Thesis). .
Agustín Aranda Fernández, (1996). Estudio estructural y funcional de la región 3' del gen FBP1 de Saccharomyces cerevisiae. (Doctoral Thesis). .
Sergi Puig Todolí, (1999). Estudios sobre la manipulación genética de las levaduras vínicas. (Doctoral Thesis). .
Susana Rodríguez Navarro, (2000). Análisis funcional del genoma de levadura: caracterización del gen SRC1. (Doctoral Thesis). .
Purificación Carrasco Valero, (2001). Estudio de la respuesta al estrés en levaduras vínicas. (Doctoral Thesis). .
Jaime Martínez García, (1988). Estructura de la cromatina del gen LEU2 de Saccharomyces cerevisiae. (Bachelor thesis). .
Carlos García Ferris, (1989). Un método rápido para la detección de plásmidos en microorganismos. (Bachelor thesis). .
Marcel.lí del Olmo Muñoz, (1989). Aillament de plasmids de rent en forma de cromatina. Caracterització mitjançant tècniques electroforetiques. (Bachelor thesis). .
Agustín Aranda Fernández, (1993). Estudio preliminar de las secuencias impicladas en la poliadenilación/terminación de la transcripción del gen FBP1 de Saccharomyces cerevisiae. (Bachelor thesis). .
Carmen Ivorra Ivorra, (1998). Estudi de la resposta a estrés en llevats vínics en relació amb el seu comportament en processos de fermentació. (Bachelor thesis). .
Oreto Antúnez Temporal, (2004). Estudi transcripcional dels mutants del complex HAT B en Saccharomyces cerevisiae. (Research work of 12 credits). .
Vicent Pelechano García, (2005). Estudi genómico de la separación de las ORFs entre sí en Saccharomyces cerevisiae. (Research work of 12 credits). .
Lorena Romero Santacreu, (2006). Control de la expresión génica por la MAP quinasa Hog1p en la respuesta al estrés osmótico en Saccharomyces cerevisiae. (Research work of 12 credits). .
Helena Orozco Valverde, (2007). Función de las proteínas Pub1p y Ngr1p en el control de la expresión génica en la respuesta a señales ambientales. (Research work of 12 credits). .
Vicent Pelechano García, (2009). Estudio genómico de la transcripción y de la degradación de mRNAs en Saccharomyces cerevisiae. (Doctoral Thesis). .
Lorena Romero Santacreu, (2009). Respuestas transcripcionales y postranscripcionales al estrés osmótico en Saccharomyces cerevisiae. Función de la MAPK Hog1p. (Doctoral Thesis). .
Antonio Jordan Pla, (2013). BioGRO: un nuevo método de alta resolución para el estudio de la transcripción en levadura. (Doctoral Thesis). .
Catarina de Costa Rodrigues Barbosa, (2014). Towards the understanding of the impact of nitrogen on wine fermentation: from classical to Genomic approaches. (Doctoral Thesis). .
Jaume Forés Martos, (2014). Comparación entre variables de expresión génica a escala ómica en Saccharomyces cerevisiae y Schizosaccharomyces pombe. (Working Master or third cycle over 12 credits). .
Ana Miguel Blanco, (2012). Genomic run-on experimental set up for Candida albicans. (Working Master or third cycle over 12 credits). .
Fernando Montón Barranco, (2012). Estudio de los cambios de velocidad de la RNA polimerasa II de Saccharomyces cerevisiae en función de la temperatura. (Working Master or third cycle over 12 credits). .
Daniel A Medina Salas, (2015). Análisis genómico de la interacción entre la transcripción y la degradación durante el recambio del mRNA en S. cerevisiae. (Doctoral Thesis). .
Julen Mendieta Esteban, (2016). Estrategias de expresión génica: una comparación entre levadura y humanos. (Working Master or third cycle over 12 credits). .
Jose Miguel Juanes Tebar, (2015). TilingScan, aplicaciones web para la detección de regiones significativamente expresadas en datos de tiling arrays. (Working Master or third cycle over 12 credits). .
KEVIN TROULÉ LOZANO, (2015). Study of the dependence of the transcription rate during stress responses in Saccharomyces cerevisiae. (Working Master or third cycle over 12 credits). .
Jordi Planells Rodrigo, (2017). Study of the RNA steady-state condition along the Saccharomyces cerevisiae growth in batch culture. (Working Master or third cycle over 12 credits). .
Ana Miguel Blanco, (2017). Functional genomic study of the response to hypoxic and oxidative stress in Candida albicans. (Doctoral Thesis). .