Está claro que (1) especies similares tienden a producir excrementos similares y (2) la misma especie puede producir excrementos muy diferentes dependiendo de la dieta. Ambos factores complican mucho la identificación fidedigna de excrementos a nivel de especie. De hecho, la evidencia indica que, sin el uso de herramientas moleculares, la discriminación entre excrementos de especies estrechamente emparentadas puede ser imposible (p.e., entre especies de erizos, musarañas o murciélagos). Es más, se ha comprobado que incluso rastreadores expertos pueden errar en la identificación de especies no estrechamente relacionadas (véase el Ejemplo 4 abajo). Por tanto, uno deberá contentarse generalmente con identificaciones tentativas, que deberán siempre estar argumentadas; otra veces, la identificación deberá limitarse a un nivel taxonómico superior al de especie.