L’origen de la Universitat de València es remunta al desig dels jurats de la ciutat d’unificar els diferents centres d’estudis superiors de València en un sol lloc. Per a això es van comprar unes cases que hi havia al lloc on ara hi ha la seu històrica de la Universitat i es va encarregar el 1498 al cèlebre arquitecte Pere Compte, autor de la Llotja i d’importants obres a la Seu i a la Generalitat, l’adaptació d’aquests edificis per albergar-hi l’Estudi General. Les constitucions de l’Estudi General van ser elaborades el 1499. Per l’aprovació del papa Alexandre VI i el rei Ferran II el Catòlic va ser elevat al rang d’Universitat el 1502.
Durant segles els estudis s’hi van fer pacíficament i en alguns moments amb gran esplendor. A les seues aules van ensenyar i van aprendre personatges tan cèlebres com el filòsof Lluís Vives, els humanistes Rojas Clemente i Honorat Joan, el naturalista Cavanilles, el científic Corachán, el matemàtic Tomàs Vicent Tosca, els erudits Gregori Maians i Francesc Pérez i Baier, i els investigadors Ferrán i Ramón y Cajal.
L’edifici de la Universitat va sofrir una important destrucció en el bombardeig de la ciutat de 1812 per les tropes napoleòniques al comandament del mariscal Suchet. En l’incendi subsegüent van perir la biblioteca, les aules i els despatxos i només se’n van salvar el paranimf i la capella. La restauració es va fer lentament i penosa al llarg del segle XIX.
El 1844 la Universitat va perdre l’autonomia econòmica i institucional i passà a dependre de l’estat central, de manera que els professors es transformaren en funcionaris. D’altra banda, es va crear un interessant Museu de Ciències Naturals que va ser destruït per un incendi el 1932.
Actualment, l’activitat acadèmica de la Universitat es desenvolupa a les facultats i les escoles que hi ha repartides en tres campus, així com als diversos instituts de recerca que hi ha distribuïts per tota la ciutat. A l’edifici històric hi ha la biblioteca històrica, les dependències rectorals i diversos serveis de caràcter administratiu, burocràtic i cultural.
