El cierre de centros deportivos y suspensión de entrenamientos y competiciones provocadas por la COVID-19 conllevó una merma importante en la actividad física de los deportistas de alto rendimiento. El objetivo de este estudio fue conocer si un programa de entrenamiento supervisado online, orientado a la fuerza, fue capaz de mejorar la altura y potencia en el salto, y mitigar los efectos de la cuarentena en la agilidad. 51 jugadores de baloncesto de élite en formación (72.74 ± 13.30 kg; 1.85 ± .10 m), fueron divididos según categoría de edad (Infantil (U-14): 20 jugadores, 13.45 ± .51 años; Cadete (U-16): 22 jugadores, 15.59 ± .50 años; y Junior (U-18): 9 jugadores, 17.00 ± .50 años) y evaluados de composición corporal, fuerza explosiva (test de salto Abalakov, bilateral y unilateral) y agilidad (test V-Cut). Peso y BMI se vieron negativamente afectados. La fuerza explosiva mejoró tras la intervención (p < .001) en todas las variables y categorías, mientras la agilidad empeoró significativamente (p < .001), confirmando que la falta de espacio para realizar desplazamientos y la ausencia de orientación perceptiva-cognitiva en el entrenamiento son limitaciones determinantes, con peores consecuencias cuando aumenta la edad. La cuarentena obligatoria puede (y debe) verse como una oportunidad para el desarrollo de habilidades físicas básicas como la fuerza (prestando especial atención a las cargas de entrenamiento), siempre que se realice después un trabajo planificado y específico de reinserción al juego. Los preparadores físicos deben prestar especial atención a las cargas en un confinamiento, pues pueden ser insuficientes para deportistas más capaces y formados.