El tiempo que los microorganismos liofilizados son capaces de mantenerse viables depende en gran medida del propio microorganismo y de las condiciones de almacenamiento. Hay cepas que son muy resistentes y soportan periodos de tiempo largos que pueden llegar a alcanzar varias decenas de años. Sin embargo otras apenas son capaces de resistir viables algunos meses. En cuanto a las condiciones de almacenamiento se aconseja una temperatura estable y protección frente a la luz.