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JOSE ENRIQUE PEREZ ORTIN
PDI-Catedratic/a d'Universitat
Coordinador/a de Programa de Doctorat
Secretari/a d' Institut Universitari

jose.e.perez@uv.es
http://www.uv.es/perezje

Área de conocimiento: BIOQUIMICA Y BIOLOGIA MOLECULAR
Departamento: Bioquímica y Biología Molecular

E.R.I. Biotecmed Dr. Moliner 50 E46100 Burjassot Spain
(9635) 43467

Tutorías

16/09/2024 - 16/05/2025

LUNES de 14:00 a 17:00 DESPATX

16/09/2024 - 16/05/2025

VIERNES de 11:00 a 13:00 DESPATX

Formación académica

Publicaciones en revistas

Martínez-García, J., Estruch, F. y Pérez-Ortín, J.E. (1989) Chromatin structure of of the 5' flank of the yeast LEU2 gene. Molecular and General Genetics, 217, pp. 464 - 470 . ISSN: 0026-8925
Estruch, F., Pérez-Ortín,J.E., Matallana, E. y Franco, L. (1989) In vivo assembly of chromatin on pBR322 sequences cloned into yeast plasmids. Plasmid, 21, pp. 113 - 119 . ISSN: 0147-619X
Pérez-Ortín,J.E., Matallana, E. y Franco, L. (1989) Chromatin structure of yeast genes. Yeast, 5, pp. 219 - 238 . ISSN: 1097-0061
Estruch, F., Pérez-Ortín, J.E., Matallana, E. y Franco, L. (1989) Chromatin structure of transposon Tn903 cloned into a yeast plasmid. Plasmid, 22, pp. 143 - 150 . ISSN: 0147-619X
Igual, J.C.; Matallana, E.; González-Bosch, C.; Franco, L.; Pérez-Ortín, J.E. (1991) A new glucose-repressible gene identified from the analysis of chromatin structure of deletion mutants of the yeast SUC2 locus. Yeast, 7, pp. 379 - 389 . ISSN: 1097-0061
Matallana, E.; Franco, L. y Pérez-Ortín, J.E. (1992) Chromatin structure of the yeast SUC2 promoter in regulatory mutants. Molecular and General Genetics, 231, pp. 395 - 400 . ISSN: 0026-8925
Igual, J.C.; González-Bosch, C; Dopazo, J.; Pérez-Ortín, J.E. (1992) Phylogenetic analysis of the thiolase family. Implications on the evolutionary origin of peroxisomes. Journal of Molecular Evolution, 35, pp. 147 - 155 . ISSN: 0022-2844
Igual, J.C.; González-Bosch, C.; Franco, L.; Pérez-Ortín, J.E. (1992) The POT1 gene for the yeast peroxisomal thiolase is subjected to three different mechanisms of regulation. Molecular Microbiology, 6, pp. 1867 - 1875 . ISSN: 0950-382X
Del Olmo M. y Pérez-Ortín, J.E. (1993) A natural A/T-rich sequence from the 3' end of yeast FBP1 gene exists as a cruciform in E. coli cells. Plasmid, 29, pp. 222 - 232 . ISSN: 0147-619X
Tordera, V., Sendra, R. y Pérez-Ortín, J.E. (1993) The role of histones and their modifications in informative content of chromatin. Experientia, 49, pp. 780 - 788 . ISSN: 0014-4754
Del Olmo, M.; Sogo, J.M.; Franco, L. y Pérez-Ortín, J.E. (1993) Chromatin structure of the yeast FBP1 gene: transcription-dependent changes in the regulatory and coding regions. Yeast, 9, pp. 1229 - 1240 . ISSN: 1097-0061
Bargues, M.; Salom, D.; Gómez, A.; Paricio, N.; Pérez-Alonso, M. y Pérez-Ortín, J.E. (1996) Sequencing analysis of a 4.1 kb subtelomeric region from yeast chromosome IV identifies HXT15, a new member of the hexose transporter family. Yeast, 12, pp. 1005 - 1011 . ISSN: 1097-0061
Puig, S.; Querol, A.; Ramón, D. y Pérez-Ortín, J.E. (1996) Evaluation of the use of late phase gene promoters for the expression of enological enzymes in an industrial wine yeast strain. Biotechnology Letters, 18, pp. 887 - 892 . ISSN: 0141-5492
Jacq, C...Pérez-Ortín, J.E. et al. (1997) The complete nucleotide sequence of yeast chromosome IV. Nature, 387 (suplement), pp. 75 - 78 . ISSN: 0028-0836
Aranda, A.; Pérez-Ortín, J.E.; Benham, C.J. y del Olmo, M. (1997) Analysis of the in vivo structure of a natural alternating d(TA)n sequence in yeast chromatin. Yeast, 13, pp. 313 - 326 . ISSN: 1097-0061
Puig, S., Ramón D. y Pérez-Ortín, J. E. (1998) An optimized method to obtain stable food-safe recombinant wine yeast strains. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 46, pp. 1689 - 1693 . ISSN: 0021-8561
Aranda, A.; Pérez-Ortín, J.E.; Moore, C. y del Olmo, M. (1998) Transcription termination downstream of the Saccharomyces cerevisiae FBP1 poly(A) site does not depend on efficient 3' end processing. RNA-A Publication of the Rna Society, 4(3), pp. 303 - 318 . ISSN: 1355-8382
Ruiz-García, A.B.; Sendra, R.; Galiana, M.; Pamblanco, M.; Pérez-Ortín, J.E. y Tordera., V. (1998) HAT1 and HAT2 proteins are componets of a yeast nuclear histone acetyltransferase enzyme specific for free histone H4. Journal of Biological Chemistry, 273, pp. 12599 - 12605 . ISSN: 0021-9258
Aranda, A.; Pérez-Ortín, J.E.; Moore, C. y del Olmo, M. (1998) The yeast FBP1 poly(A) signal functions in both orientations and overlaps with a gene promoter. Nucleic Acids Research, 26(20), pp. 4588 - 4596 . ISSN: 0305-1048
Gimeno-Alcañiz, J.; Pérez-Ortín, J.E. y Matallana, E. (1999) Differential patterns of threalose accumulation in wine yeast strains during microvinification process. Biotechnology Letters, 21, pp. 271 - 274 . ISSN: 0141-5492
Ivorra, C.; Pérez-Ortín, J.E.y del Olmo, M. (1999) Reverse correlation of stress-resistance ability and stuck fermentations in wine yeasts. A molecular study. Biotechnology and Bioengineering, 64(6), pp. 698 - 708 . ISSN: 0006-3592
Rodriguez-Navarro, S.; Estruch, F. y Pérez-Ortín, J.E. (1999) Functional analysis of twelve ORFs from Saccharomyces cerevisiae. Yeast, 15, pp. 913 - 919 . ISSN: 1097-0061
Puig, S.; Matallana, E. y Pérez-Ortín, J.E (1999) Stochastical nucleosome positioning in a yeast chromatin region is not dependent on Histone H1. Current Microbiology, 39, pp. 168 - 172 . ISSN: 0343-8651
Puig, S.; Pérez-Ortín, J.E y Matallana, E. (1999) Transcriptional and structural study of a region of two convergent overlapping yeast genes. Current Microbiology, 39, pp. 369 - 373 . ISSN: 0343-8651
Puig, S.y Pérez-Ortín, J.E. (2000) Stress response and expression patterns in wine fermentation of yeast genes induced at the diauxic shift. Yeast, 16, pp. 139 - 148 . ISSN: 1097-0061
van Helden, J.; Olmo Muñoz, Marcel·lí del; Pérez Ortín, José Enrique (2000) Statistical analysis of yeast genomic downstream sequences reveals putative polyadenylation signals. Nucleic Acids Research, 28(4), pp. 1000 - 1010 . ISSN: 0305-1048
Puig Todolí, Sergi; Querol Simón, Amparo; Barrio Esparducer, Eladio; Pérez Ortín, José Enrique (2000) Mitotic recombination and genetic changes in Saccharomyces cerevisiae during wine fermentation. Applied and Environmental Microbiology, 66(5), pp. 2057 - 2061 . ISSN: 0099-2240
Puig, S. y Pérez-Ortín, J.E. (2000) Expression levels and pattern of glycolytic yeast genes during wine fermentation. Systematic and Applied Microbiology, 23, pp. 300 - 303 . ISSN: 0723-2020
Hauser, N.C.; Fellenberg, K.; Gil, R., Bastuck, S.; Hoheisel, J.D.; Pérez Ortín, José Enrique (2001) Whole genome analysis of a wine yeast strain. Comparative And Functional Genomics, 2(2), pp. 69 - 79 . ISSN: 1531-6912
PAMBLANCO, M.; POVEDA, A.; SENDRA, R.; RODRÍGUEZ-NAVARRO, S.; PÉREZ-ORTÍN, J. E.; TORDERA, V. (2001) Bromodomain factor 1 (Bdf1) protein interacts with histones. Febs Letters, 496, pp. 31 - 35 . ISSN: 0014-5793
Rodríguez-Navarro, S.; Igual, J.C.; Pérez-Ortín, J.E. (2002) SRC1: an intron-containing yeast gene involved in sister chromatid segregation. Yeast, 19, pp. 43 - 54 . ISSN: 1097-0061
Pérez-Ortín, J.E.; García-Martínez, J. and Alberola T. M. (2002) DNA chips for yeast biotechnology. The case of wine yeasts. Journal of Biotechnology, 98, pp. 227 - 241 . ISSN: 0168-1656
Pérez-Torrado, R., Carrasco, P., Aranda, A., Gimeno-Alcañiz, J., Pérez-Ortín, J.E., Matallana, E, y Del Olmo, M. (2002) Study of the first hours of vinification by the use of osmotic stress-specific response genes as probes. Systematic and Applied Microbiology, 25(1), pp. 153 - 161 . ISSN: 0723-2020
Rodríguez-Navarro, Susana; Llorente, B.; Rodríguez-Manzaneque, M.T.; Ramne, A.; Uber Garcia, Genoveva; Marchesan, D.; Dujon, B.; Herrero,E.; Sunnerhagen, P.; Pérez-Ortín, José Enrique (2002) Functional analysis of yeast gene families involved in metabolism of vitamins B1 and B6. Yeast, 19, pp. 1261 - 1276 . ISSN: 1097-0061
Pérez Ortín, José Enrique; Querol Simón, Amparo; Puig Todolí, Sergi; Barrio Esparducer, Eladio (2002) Molecular characterization of a chromosomal rearrangement involved in the adaptative evolution of yeast strains. Genome Research, 12(10), pp. 1533 - 1539 . ISSN: 1088-9051
Carrasco, P.; Pérez-Ortín, J.E. y del Olmo, M. (2003) Arginase Activity is a Useful Marker of Growth Nitrogen Limitation During Wine Fermentations. Systematic and Applied Microbiology, 26, pp. 471 - 479 . ISSN: 0723-2020
Rodríguez-Navarro, Susana; Fischer, Tomás; Luo, Ming Juan; Antúnez, Oreto; Brettschneider, Susanne; Pérez Ortín, José Enrique; Reed, Robin; Hurt, Ed (2004) SUS1, a functional component of the SAGA transcription complex and the mRNA export machinery. Cell, 116(1), pp. 75 - 86 . ISSN: 0092-8674
Bellí, G.; Molina, M.M.; García Martínez, José; Pérez-Ortín, José Enrique; Herrero, Enrique (2004) Saccharomyces cerevisiae glutaredoxin 5-deficient cells subjected to constitutive oxidizing conditions are affected in the expression of specific sets of genes. Journal of Biological Chemistry, 279(13), pp. 12386 - 12395 . ISSN: 0021-9258
Alberola, T. M., García-Martínez, J., Antúnez, O., Viladevall, L., Barceló, A., Ariño, J. y Pérez-Ortín, J.E. (2004) A new set of DNA macrochips for the yeast Saccharomyces cerevisiae: features and uses. International Microbiology, 7(3), pp. 199 - 206 . ISSN: 1139-6709
Pérez-Ortín, J.E.; del Olmo, M.; Matallana, E. y Tordera, V. (1997) Make your own gene library. Biochemical Education, 25, pp. 237 - 242 . ISSN: 0307-4412
Del OLMO, M.; ARANDA, A.; TORDERA, V.; PÉREZ-ORTÍN, J.E. (1998) Detection of non-B-DNA secondary structures by S1 nuclease digestion. Journal of Chemical Education, 75, pp. 762 - 765 . ISSN: 0021-9584
Pérez-Ortín, J.E. ; Moya, A. y Ramón, D. (1998) Els altres genomes. Mètode - Revista de la Universitat de València, 32, pp. 57 - 60 . ISSN: 1133-3987
Carro, D.; García-Martínez, J; Pérez-Ortín, J.E. y Piña, B. (2003) Structural characterization of chromosome I size variants from a natural yeast strain. Yeast, 20, pp. 171 - 180 . ISSN: 1097-0061
Güldener, U; Münsterkötter, M.; Kastenmüller, G; Strack1, N; van Helden, J.; Lemer, C.; Richelles, J.; Wodak, S.J.; García Martínez, José; Pérez Ortín, José E.; Michael, H.; Kaps, A.; Talla, E.; Dujon, B.; André, B.; Souciet, J.L.; De Montigny, J.; Bon, E.; Gaillardin, C. y Mewes, H.W (2005) CYGD: The Comprehensive Yeast Genome Database. Nucleic Acids Research, 33(suppl 1), pp. D364 - D368 . ISSN: 0305-1048
Pérez-Ortín, J.E. y García-Martínez, J. (2004) Evaluation of transcription rates at the genomic level. Bioforum Europe, 8(5), pp. 46 - 48 . ISSN: 1611-597X
Garcia Martinez, José; Aranda Fernández, Agustín; Pérez Ortín, José Enrique (2004) Genomic run-on evaluates transcription rates for all yeast genes and identifies gene regulatory mechanisms. Molecular Cell, 15(2), pp. 303 - 313 . ISSN: 1097-2765
Rosaleny Peralvo, Lorena Estefania; Antúnez, O.; Ruiz Garcia, Ana Belén; Pérez Ortin, José Enriqu.; Tordera Donderis, Vicente (2005) Yeast HAT1 and HAT2 deletions have different life-span and transcriptome phenotypes. Febs Letters, 579(19), pp. 4063 - 4068 . ISSN: 0014-5793
Solieri, L.; Gullo, M.; De Vero, L.; Antúnez, O.; Pérez Ortín, José Enrique; Giudici, P. (2005) Homogeneity of Interspecific Hybrids Between Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces uvarum by Phenotypic and Transcriptional Analysis. International Journal of Biotechnology & Biochemistry (IJBB), 1(1), pp. 11 - 21 . ISSN: 0973-2691
Pelechano, Vicente José; García Martínez, José; Pérez Ortín, José Enrique (2006) A genomic study of the Inter-ORF distances in Saccharomyces cerevisiae. Yeast, 23, pp. 689 - 699 . ISSN: 1097-0061
Mendes-Ferreira A.; Olmo Muñoz, Marcel·lí del; García Martínez José; Jiménez Martí Elena; Mendes-Faia A.; Pérez Ortín, José Enrique; Leão C. (2007) Transcriptional response of Saccharomyces cerevisiae to different nitrogen concentrations during alcoholic fermentation. Applied and Environmental Microbiology, 73(9), pp. 3049 - 3060 . ISSN: 0099-2240
Pérez Ortín, José Enrique; Alepuz Martínez, Paula; Moreno Mariño, Joaquín (2007) Genomics and the gene transcription kinetics in yeast. Trends in Genetics, 23(5), pp. 250 - 257 . ISSN: 0168-9525
Rosaleny Peralvo, Lorena Estefanía; Ruiz García, Ana Belén; García Martínez, José; Pérez Ortín, José Enrique; Tordera Donderis, Vicente (2007) The Sas3p and Gcn5p histone acetyltransferases are recruited to similar genes. Genome biology, 8(6), p. R119 . ISSN: 1474-7596
Mendes-Ferreira A.; Olmo Muñoz, Marcel·li del; García Martínez José; Jiménez Martí, Elena; Leão, C.; Mendes-Faia A, Pérez Ortín José E. (2007) Saccharomyces cerevisiae signature genes for predicting nitrogen deficiency during alcoholic fermentation. Applied and Environmental Microbiology, 73(16), pp. 5363 - 5369 . ISSN: 0099-2240
Pelechano García, Vicente José; Pérez Ortín, José Enrique (2007) The transcriptional inhibitor thiolutin blocks mRNA degradation. Yeast, 25(2), pp. 85 - 92 . ISSN: 1097-0061
García Martínez, José; González Candelas, Fernando; Pérez Ortín, José Enrique (2007) Common gene expression strategies revealed by genome-wide analysis in yeast. Genome biology, 8, p. R222 . ISSN: 1474-7596
Pérez Ortín, José Enrique (2007) Genomics of mRNA turnover. Briefings in Functional Genomics & Proteomics, 6(4), pp. 282 - 291 . ISSN: 1473-9550
Fernando Cardona, Purificación Carrasco, José Enrique Pérez-Ortín, Marcel.lí del Olmo*, Agustín Aranda (* corresponding author) (2007) A novel approach for the improvement of stress resistance in wine yeasts. International Journal of Food Microbiology, 114(1), pp. 83 - 91 . ISSN: 0168-1605
Molina-Navarro, M.M.; Castells-Roca, L.; Bellí, G.; García-Martínez, J.; Marín-Navarro, J.; Moreno, J. Pérez-Ortín, J.E. y Herrero, E. (2008) Comprehensive transcriptional analysis of the oxidative response in yeast. Journal of Biological Chemistry, 283, pp. 17908 - 17918 . ISSN: 0021-9258
Solieri, L.; Antúnez, O.; Pérez-Ortín, J.E.; Barrio, E. y Giudici, P (2008) Mitochondria inheritance and fermentative/oxidative balance in hybrids between Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces uvarum. Yeast, 25(7), pp. 485 - 500 . ISSN: 1097-0061
Grund, S.E.; Fischer, T.; Cabal, G.G.; Antúnez, O.; Pérez Ortín, José Enrique; Hurt, E. (2008) The inner nuclear membrane protein Src1 associates with subtelomeric genes and alters their regulated gene expression. Journal of Cell Biology, 182(5), pp. 897 - 910 . ISSN: 0021-9525
Belloch, Carmela; Pérez Torrado, Roberto; González, Sara S.; Pérez Ortín, José Enrique; García Martínez, José; Querol Simón, Amparo; Barrio Esparducer, Eladio (2009) Chimeric Genomes of Natural Hybrids of Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces kudriavzevii. Applied and Environmental Microbiology, 75(8), pp. 2534 - 2544 . ISSN: 0099-2240
Pelechano García, Vicente José; Jimeno-González, Silvia; Rodríguez-Gil, Alfonso; García Martínez, José; Pérez Ortín, José Enrique; Chávez, Sebastián (2009) Regulon-specific control of transcription elongation across the yeast genome. PLOS genetics, 5(8), p. e1000614 . ISSN: 1553-7390
Romero Santacreu, Lorena; Moreno Mariño, Joaquín; Pérez Ortín, José Enrique; Alepuz Martínez, Paula (2009) Specific and global regulation of mRNA stability during osmotic stress in Saccharomyces cerevisiae. RNA-A Publication of the Rna Society, 15(6), pp. 1110 - 1120 . ISSN: 1355-8382
Pelechano García, Vicente José; Pérez Ortín, José Enrique (2010) There is a steady-state transcriptome in exponentially growing yeast cells. Yeast, 27(7), pp. 413 - 422 . ISSN: 1097-0061
Rodríguez-Gil, Alfonso; García Martínez, José; Pelechano García, Vicente José; Muñoz-Centeno, María de la Cruz; Geli, Vincent; Pérez Ortín, José Enrique; Chávez, Sebastián (2010) The distribution of active RNA polymerase II along the transcribed region is gene-specific and controlled by elongation factors. Nucleic Acids Research, 38(14), pp. 4651 - 4664 . ISSN: 0305-1048
Bermúdez, Ignacio; García Martínez, José; Pérez Ortín, José Enrique; Roca, Joaquim (2010) A method for genome-wide analysis of DNA helical tension by means of psoralen-DNA photobinding. Nucleic Acids Research, 38(19), p. e182 . ISSN: 0305-1048
Pelechano García, Vicente José; Chávez, Sebastián; Pérez Ortín, José Enrique (2010) A complete set of nascent transcription rates for yeast genes. Plos One, 5(11), p. e15442 . ISSN: 1932-6203
Castells-Roca, L.; García-Martínez, J.; Moreno Mariño, Joaquín; Herrero, E.; Bellí, G. y Pérez Ortín, José Enrique (2011) Heat shock response in yeast involver changes in both transcription rates and mRNA stabilities. Plos One, 6(2), p. e17272 . ISSN: 1932-6203
Pérez Ortín, José Enrique; Jordán Pla, Antonio; Pelechano García, Vicente José (2011) A genomic view of mRNA turnover in yeast. Comptes Rendus Biologies, 334(8-9), pp. 647 - 654 . ISSN: 1631-0691
Vicente Tordera y José E. Pérez Ortín (2011) Hipótesis y dogmas. Investigación y Ciencia, 2011(Agosto), pp. 3 - 3 . ISSN: 0210-136X
Pérez Ortín, José Enrique; Medina, Daniel A; Jordán Plá, Antonio (2011) Genomic insights into the layers of gene regulation in yeast. Genetics Research International, 2011(989303) . ISSN: 2090-3154
M. Carmen García-López, Vicent Pelechano, M. Carmen Mirón-García, Ana I. Garrido-Godino,Alicia García, Olga Calvo, Michel Werner, José E. Pérez-Ortín, and Francisco Navarro (2011) The conserved foot domain of RNA Pol II associates with proteins involved in transcritpion initiation and/or early elongation. Genetics, 189, pp. 1235 - 1248 . ISSN: 0016-6731
García Martínez, José; Ayala Gallego, Guillermo; Pelechano García, Vicente José; Chávez, S.; Herrero, E.; Pérez Ortín, José Enrique (2012) The relative importance of transcription rate, cryptic transcription and mRNA stability on shaping stress responses in yeast. Transcription, 3(1), pp. 39 - 44 . ISSN: 2154-1264
Pérez Ortín, José Enrique; De Miguel-Jiménez, Lola; Chávez, Sebastián (2012) Genome-wide studies of mRNA synthesis and degradation in eukaryotes. Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory Mechanisms, 1819(6), pp. 604 - 615 . ISSN: 1874-9399
Alic, Andrei; Pérez Ortín, José Enrique; Moreno Mariño, Joaquín.; Arnau LLombart, Vicente (2013) mRNAstab. A web application for mRNA stability analysis. Bioinformatics, 29, pp. 813 - 814 . ISSN: 1367-4803
Garre García, Elena; Romero Santacreu Lorena; Barneo-Muñoz, Manuela; Miguel, Ana; Pérez Ortín, José Enrique; Alepuz Martínez, Paula (2013) Nonsense-mediated mRNA decay controls the changes in yeast ribosomal protein pre-mRNAs levels upon osmotic stress. Plos One, 8(4), p. e61240 . ISSN: 1932-6203
José E. Pérez-Ortín, Paula Alepuz, Sebastián Chávez and Mordechai Choder (2013) Eukaryotic mRNA Decay: Methodologies, Pathways, and Links to Other Stages of Gene Expression. Journal of Molecular Biology, S0022-2836(13), pp. 00131 - 00139 . ISSN: 0022-2836
Haimovich, G.; Medina, D.A.; Causse, S.Z.; Garber, M.; Millán-Zambrano, G.; Barkai, O.; Chávez, S.; Pérez Ortín, José Enrique; Darzacq, X.; Choder, M. (2013) Gene expression is circular: factors for mRNA degradation also foster mRNA synthesis. Cell, 153(5), pp. 1000 - 1011 . ISSN: 0092-8674
Nikolaou, C.; Bermúdez, I.; Manichanh, C.; García-Martínez, José; Guigó, R.; Pérez-Ortín, José E.; Roca, J. (2013) Topoisomerase II regulates yeast genes with singular chromatin architectures. Nucleic Acids Research, 41(20), pp. 9243 - 9256 . ISSN: 0305-1048
Miguel, A.; Montón, F.; Li, T.; Gómez-Herreros, G.; Chávez, S.; Alepuz, P. y Pérez-Ortín, J.E. (2013) External conditions inversely change the RNA polymerase II elongation rate and density in yeast. Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory Mechanisms, 1829, pp. 1248 - 1255 . ISSN: 1874-9399
Pérez-Ortín, J.E., Alepuz, P.; Chávez, S. y Choder, M. (2013) Eukaryotic mRNA decay: methodologies, pathways, and links to other stages of gene expression. Journal of Molecular Biology, 425(20), pp. 3750 - 3775 . ISSN: 0022-2836
José E. Pérez-Ortín, Daniel A. Medina, Sebastián Chavez y Joaquín Moreno (2013) What do you mean by transcription rate?. Bioessays, 35, pp. 1056 - 1062 . ISSN: 0265-9247
Medina, DA; Jordán-Pla, A.; Millán-Zambrano, G.; Chávez, S.; Choder, M.; Pérez Ortín, José Enrique (2014) Cytoplasmic 5'-3' exonuclease Xrn1p is also a genome-wide transcription factor in yeast. Frontiers In Genetics, 5(1) . ISSN: 1664-8021
Jordán-Pla, A.; Gupta, I.; de Miguel-Jiménez, L.; Steinmetz, L.M.; Chávez, S.; Pelechano V. y Pérez-Ortín, J.E. (2015) Chromatin-dependent regulation of RNA polymerases II and III activity throughout the transcription cycle. Nucleic Acids Research, 43(2), pp. 787 - 802 . ISSN: 0305-1048
Barbosa C, García-Martínez J, Pérez-Ortín JE, Mendes-Ferreira A. (2015) Comparative Transcriptomic Analysis Reveals Similarities and Dissimilarities in Saccharomyces cerevisiae Wine Strains Response to Nitrogen Availability. Plos One, 10(4), p. e0122709 . ISSN: 1932-6203
Canadell D, García-Martínez J, Alepuz P, Pérez-Ortín JE, Ariño J. (2015) Impact of high pH stress on yeast gene expression: A comprehensive analysis of mRNA turnover during stress responses. Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory Mechanisms, 1849(6), pp. 653 - 664 . ISSN: 1874-9399
Juanes JM, Miguel A, Morales LJ, Pérez-Ortín JE, Arnau V (2015) A web application for the unspecific detection of differentially expressed DNA regions in strand-specific expression data. Bioinformatics, 31(19), pp. 3228 - 3230 . ISSN: 1367-4803
Natalia Gómez-Navarro, Antonio Jordán-Pla, Francisco Estruch y José E. Pérez-Ortín (2016) Defects in the NC2 repressor affect both canonical and non-coding RNA polymerase II transcription initiation in yeast. Bmc Genomics, 17, pp. 183-1 - 183-9 . ISSN: 1471-2164
Tianlu Li; Nikki De Clercq; Daniel A. Medina; Elena Garre; Per Sunnerhagen; José E. Pérez-Ortín; Paula Alepuz (2016) The mRNA cap-binding protein Cbc1 is required for high and timely expression of genes by promoting the accumulation of gene-specific activators at promoters. Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory Mechanisms, 1859, pp. 405 - 4119 . ISSN: 1874-9399
García-Martínez, José; Delgado-Ramos, Lidia; Ayala, Guillermo; Pelechano, Vicent; Medina, Daniel A.; Carrasco, Fany; González, Ramón; Andrés-León, Eduardo; Steinmetz, Lars; Warringer, Jonas; Chávez, Sebastián; Pérez-Ortín, José E (2016) The cellular growth rate controls overall mRNA turnover, and modulates either transcription or degradation rates of particular gene regulons. Nucleic Acids Research, 44, pp. 3643 - 3658 . ISSN: 0305-1048
Garrido-Godino AI; García-López MC; García-Martínez J; Pelechano V; Medina DA; Pérez-Ortín JE; Navarro F. (2016) Rpb1 foot mutations demonstrate a major role of Rpb4 in mRNA stability during stress situations in yeast. Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory Mechanisms, 1859(5), pp. 731 - 743 . ISSN: 1874-9399
Sebastián Chávez; José García-Martínez;· Lidia Delgado-Ramos; José E. Pérez-Ortín (2016) The Importance of controlling mRNA turnover during cell proliferation. Current Genetics, 62(4), pp. 701 - 710 . ISSN: 0172-8083
José García-Martínez; Kevin Troulé; Sebastián Chávez; José E. Pérez-Ortín (2016) Growth Rate controls mRNA turnover in steady and non-steady states. Rna Biology, 13(12), pp. 1175 - 1181 . ISSN: 1547-6286
Benet M, Miguel A, Carrasco F, Li T, Planells J, Alepuz P, Tordera V, Pérez-Ortín JE. (2017) Modulation of protein synthesis and degradation maintains proteostasis during yeast growth at different temperatures. Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory Mechanisms, 1860, pp. 794 - 802 . ISSN: 1874-9399
Adriana Mena, Daniel A. Medina, José García-Martínez, Victoria Begley, Abhyudai Singh, Sebastián Chávez, Mari C. Muñoz-Centeno, José E. Pérez-Ortín (2017) Asymmetric cell division requires specific mechanisms for adjusting global transcription. Nucleic Acids Research, 45(21), pp. 12401 - 12412 . ISSN: 0305-1048
Gabriel Gutiérrez; Gonzalo Millán-Zambrano; Daniel A. Medina; Antonio Jordán-Pla; José E. Pérez-Ortín; Xenia Peñate; Sebastián Chávez (2017) Subtracting the sequence bias from partially digested MNase-seq data reveals a general contribution of TFIIS to nucleosome positioning. Epigenetics & Chromatin, 10(58), pp. 1 - 22 . ISSN: 1756-8935
Varinia García‑Molinero, José García‑Martínez, Rohit Reja, Pedro Furió‑Tarí, Oreto Antúnez, Vinesh Vinayachandran, Ana Conesa, B. Franklin Pugh, José E. Pérez‑Ortín, Susana Rodríguez‑Navarro (2018) The SAGA/TREX‑2 subunit Sus1 binds widely to transcribed genes and affects mRNA turnover globally. Epigenetics & Chromatin, 11(13), pp. 1 - 12 . ISSN: 1756-8935
Fernando Gómez-Herreros, Thanasis Margaritis, Olga Rodríguez-Galán, Vicent Pelechano, Victoria Begley, Gonzalo Millán-Zambrano, Macarena Morillo-Huesca, Mari Cruz Muñoz-Centeno, José E. Pérez-Ortín, Jesús de la Cruz, Frank C. P. Holstege y Sebastián Chávez. (2017) The ribosome assembly gene network is controlled by the feedback regulation of transcription elongation. Nucleic Acids Research, 45(16), pp. 9302 - 9318 . ISSN: 0305-1048
Blasco-Moreno B; de Campos-Mata L; Böttcher R; García-Martínez J; Jungfleisch J; Nedialkova DD; Chattopadhyay S; Gas ME; Oliva B; Pérez-Ortín JE; Leidel SA; Choder M; Díez J (2019) The exonuclease Xrn1 activates transcription and translation of mRNAs encoding membrane proteins. Nature Communications, 10, p. 1298 . ISSN: 2041-1723
Paula Oliete-Calvo; Joan Serrano-Quílez; Carme Nuño-Cabanes; María E Pérez-Martínez; Luis M Soares; Bernhard Dichtl; Stephen Buratowski; José E Pérez-Ortín; Susana Rodríguez-Navarro (2018) A role for Mog1 in H2Bub1 and H3K4me3 regulation affecting RNAPII transcription and mRNA export. Embo Reports, 19, p. e 45992 . ISSN: 1469-221X
Antonio Jordán-Pla; Maria E. Pérez-Martínez; José E. Pérez-Ortín (2019) Measuring RNA polymerase activity genome-wide with high-resolution run-on- based methods. Methods-A Companion to Methods in Enzymology, 159-160, pp. 177 - 182 . ISSN: 1046-2023
Olga Calvo; Nathalie Grandin; Antonio Jordán-Pla; Esperanza Miñambres; Noelia González-Polo; José E. Pérez-Ortín; Michel Charbonneau (2019) The telomeric Cdc13-Stn1-Ten1 complex regulates RNA polymerase II transcription. Nucleic Acids Research, 47(12), pp. 6250 - 6268 . ISSN: 0305-1048
Victoria Begley; Daniel Corzo; Antonio Jordán-Pla; Abel Cuevas-Bermúdez; Lola de Miguel-Jiménez; David Pérez-Aguado; Mercedes Machuca-Ostos; Francisco Navarro; María José Chávez; José E. Pérez-Ortín; Sebastián Chávez (2019) The mRNA degradation factor Xrn1 regulates transcription elongation in parallel to Ccr4. Nucleic Acids Research, 47(18), pp. 9524 - 9541 . ISSN: 0305-1048
José E. Pérez-Ortín; Vicente Tordera; Sebastián Chávez (2019) Homeostasis in the Central Dogma of molecular biology: the importance of mRNA instability. Rna Biology, 16, pp. 1659 - 1666 . ISSN: 1547-6286
Romero AM; Ramos-Alonso L; Montellá-Manuel S; García-Martínez J; de la Torre-Ruiz MÁ; Pérez-Ortín JE; Martínez-Pastor MT; Puig S (2019) A genome-wide transcriptional study reveals that iron deficiency inhibits the yeast TORC1 pathway. Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory Mechanisms, 1862(9), p. 194414 . ISSN: 1874-9399
A.I. Garrido-Godino; I. Gupta; F Gutiérrez-Santiago; A.B. Martínez-Padilla; A. Alekseenko; L.M. Steinmetz; J.E. Pérez-Ortín; V. Pelechano; F. Navarro (2021) Rpb4 and Puf3 imprint and post-transcriptionally control the stability of a common set of mRNAs in yeast. Rna Biology, 18(8), pp. 1206 - 1220 . ISSN: 1547-6286
Forés‐Martos, J.; Forte, A.; García‐Martínez, J; Pérez‐Ortín, J.E. (2021) A trans‐omics comparison reveals common gene expression strategies in four model organisms and exposes similarities and differences between them. Cells, 10(2), p. 334 . ISSN: 2073-4409
Begley V; Jordán-Pla A; Peñate X; Garrido-Godino AI; Challal D; Cuevas-Bermúdez A; Mitjavila A; Barucco M; Gutiérrez G; Singh A; Alepuz P; Navarro F; Libri D; Pérez-Ortín JE; Chávez S. (2021) Xrn1 influence on gene transcription results from the combination of general effects on elongating RNA pol II and gene-specific chromatin configuration. Rna Biology, 18(9), pp. 1310 - 1323 . ISSN: 1547-6286
José García-Martínez; María E Pérez-Martínez; José E Pérez-Ortín; Paula Alepuz (2021) Recruitment of Xrn1 to stress-induced genes allows efficient transcription by controlling RNA polymerase II backtracking. Rna Biology, 18(10), pp. 1458 - 1474 . ISSN: 1547-6286
Pérez-Ortín JE; Mena A; Barba-Aliaga M; Singh A; Chávez S; García-Martínez J. (2021) Cell volume homeostatically controls the rDNA repeat copy number and rRNA synthesis rate in yeast. Plos Genetics, 17(4), p. e1009520 . ISSN: 1553-7390
Barba-Aliaga M.; Alepuz P.; Pérez-Ortín J.E. (2021) Eukaryotic RNA Polymerases: the many ways to transcribe a gene. Frontiers In Molecular Biosciences, 8(663209) . ISSN: 2296-889X
García-Martínez J; Medina DA; Bellvis P; Sun M; Cramer P; Chávez S; Pérez-Ortín JE (2021) The total mRNA concentration buffering system in yeast is global rather than gene-specific. RNA-A Publication of the Rna Society, 27, pp. 1281 - 1290 . ISSN: 1355-8382
Romero, A.M.; García-Martínez, J.; Pérez-Ortín, J.E.; Martínez-Pastor, M.T.; Puig, S. (2022) Changes in mRNA stability play an important role in the adaptation of yeast cells to iron deprivation. Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory Mechanisms, 1865, p. 194800 . ISSN: 1874-9399
Antonio Jordán-Pla; José E Pérez-Ortín (2022) High-Resolution Deep Sequencing of Nascent Transcription in Yeast with BioGRO-seq. Methods in Molecular Biology, 2477, pp. 57 - 70 . ISSN: 1064-3745
José E Pérez-Ortín; Sebastián Chávez (2022) Nucleo-cytoplasmic shuttling of RNA-binding factors: mRNA buffering and beyond. Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory Mechanisms, 1865, p. 194849 . ISSN: 1874-9399
Vicente Arnau; Marina Barba-Aliaga; Gaurav Singh; Javier Ferri; José García-Martínez; José E. Pérez-Ortín (2022) A feedback mechanism controls rDNA copy number evolution in yeast independently of natural selection. Plos One, 17(9), p. e0272878 . ISSN: 1932-6203
Shiladitya Chattopadhyay; Jose Garcia-Martinez; Gal Haimovich; Jonathan Fischer; Aya Khwaja; Oren Barkai; Silvia Gabriela Chuartzman; Maya Schuldiner; Ron Elran; Miriam I. Rosenberg; Shira Urim; Shubham Deshmukh; Katherine E. Bohnsack; Markus T. Bohnsack; Jose E. Perez-Ortin; Mordechai Choder (2022) RNA-controlled nucleocytoplasmic shuttling of mRNA decay factors regulates mRNA synthesis and a novel mRNA decay pathway. Nature Communications, 13(7184), pp. 1 - 17 . ISSN: 2041-1723
José García-Martínez; Abhyudai Singh; Daniel Medina; Sebastián Chávez; José E. Pérez-Ortín (2023) Enhanced gene regulation by cooperation between mRNA decay and gene transcription. Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory Mechanisms, 1866, p. 194910 . ISSN: 1874-9399
M. Kelbert; A. Jordan-Pla; L. de-Miguel-Jiménez; J García-Martínez; M. Selitrennik; A. Gutman; N Henig; S Granneman; J.E. Pérez-Ortín; S. Chávez; M. Choder (2023) The transcription factor Sfp1 imprints specific classes of mRNAs and links their synthesis and cytoplasmic decay. Elife, 12(RP90766) . ISSN: 2050-084X
José E. Pérez-Ortín; María J. García-Marcelo; Irene Delgado-Roman; María C. Muñoz- Centeno; Sebastián Chávez (2024) Influence of cell volume on the gene transcription rate. Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory Mechanisms, 1867(195008) . ISSN: 1874-9399
José E. Pérez‐Ortín; Antonio Jordán‐Pla; Yujie Zhang; Jorge Moreno‐García; Claudio Bassot; Marina Barba‐Aliaga; Leire de Campos‐Mata; Mordechai Choder; Juana Díez; Ilaria Piazza; Vicent Pelechano; José García‐Martínez (2024) Comparison of Xrn1 and Rat1 5′→3′ exoribonucleases in budding yeast supports the specific role of Xrn1 in cotranslational mRNA decay. Yeast, 41, pp. 458 - 472 . ISSN: 1097-0061
Medina, DA; Jordán-Pla, A.; Millán-Zambrano, G.; Chávez, S.; Choder, M.; Pérez Ortín, José Enrique. 2014 Cytoplasmic 5'-3' exonuclease Xrn1p is also a genome-wide transcription factor in yeast Frontiers In GeneticsVolumen 5. Número 1.
Jordán-Pla, A.; Gupta, I.; de Miguel-Jiménez, L.; Steinmetz, L.M.; Chávez, S.; Pelechano V. y Pérez-Ortín, J.E. 2015 Chromatin-dependent regulation of RNA polymerases II and III activity throughout the transcription cycle Nucleic Acids ResearchVolumen 43. Número 2.
Barbosa C, García-Martínez J, Pérez-Ortín JE, Mendes-Ferreira A. 2015 Comparative Transcriptomic Analysis Reveals Similarities and Dissimilarities in Saccharomyces cerevisiae Wine Strains Response to Nitrogen Availability Plos OneVolumen 10. Número 4.
Canadell D, García-Martínez J, Alepuz P, Pérez-Ortín JE, Ariño J. 2015 Impact of high pH stress on yeast gene expression: A comprehensive analysis of mRNA turnover during stress responses Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory MechanismsVolumen 1849. Número 6.
Juanes JM, Miguel A, Morales LJ, Pérez-Ortín JE, Arnau V. 2015 A web application for the unspecific detection of differentially expressed DNA regions in strand-specific expression data BioinformaticsVolumen 31. Número 19.
Natalia Gómez-Navarro, Antonio Jordán-Pla, Francisco Estruch y José E. Pérez-Ortín. 2016 Defects in the NC2 repressor affect both canonical and non-coding RNA polymerase II transcription initiation in yeast Bmc GenomicsVolumen 17.
Tianlu Li; Nikki De Clercq; Daniel A. Medina; Elena Garre; Per Sunnerhagen; José E. Pérez-Ortín; Paula Alepuz. 2016 The mRNA cap-binding protein Cbc1 is required for high and timely expression of genes by promoting the accumulation of gene-specific activators at promoters Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory MechanismsVolumen 1859.
García-Martínez, José; Delgado-Ramos, Lidia; Ayala, Guillermo; Pelechano, Vicent; Medina, Daniel A.; Carrasco, Fany; González, Ramón; Andrés-León, Eduardo; Steinmetz, Lars; Warringer, Jonas; Chávez, Sebastián; Pérez-Ortín, José E. 2016 The cellular growth rate controls overall mRNA turnover, and modulates either transcription or degradation rates of particular gene regulons Nucleic Acids ResearchVolumen 44.
Garrido-Godino AI; García-López MC; García-Martínez J; Pelechano V; Medina DA; Pérez-Ortín JE; Navarro F. 2016 Rpb1 foot mutations demonstrate a major role of Rpb4 in mRNA stability during stress situations in yeast Biochimica Et Biophysica Acta-Gene Regulatory MechanismsVolumen 1859. Número 5.
Sebastián Chávez; José García-Martínez;· Lidia Delgado-Ramos; José E. Pérez-Ortín. 2016 The Importance of controlling mRNA turnover during cell proliferation Current GeneticsVolumen 62. Número 4.

Otras Publicaciones

Pérez-Ortín, J.E. (1997). Organización molecular del genoma de Saccharomyces cerevisiae Organización y evolución del genoma eucariota. Marcadores moleculares. Colección Cursos, Congresos e Simposios. . Volumen. 30 . (pp. 99 - 114) .
Pérez-Ortín, J.E. y García Martínez, J (2005). Genómica y proteómica de levaduras vínicas Microbiología del vino. A.V. Carrascosa, R. González y R. Muñoz (eds). . (pp. 185 - 209) .
Tordera, V.; Del Olmo, M. Pérez-Ortín, J.E. y Matallana, E. (2007). Qüestions en Biologia Molecular Colección 'Educació. Laboratori de Materials' . Volumen. 10 . (pp. 1 - 259) .
Ji., S.; Chaovalitwongsea, W.A.; Fefferman, N.; Yoo, W. y Pérez-Ortín, J.E. (2009). Mechanism-Based Clustering of Genome-Wide mRNA Levels: Roles of Transcription and Transcript-Degradation Rates Clustering Challenges in Biological Networks . (pp. 237 - 255) .
Pérez-Ortín, J.E., del Olmo, M., García-Martínez, J. (2009). DNA arrays Biology of microorganisms on grapes, in must and in wine . (pp. 469 - 488) .
García Martínez, J, Pelechano, V. y Pérez-Ortín, J.E. (2011). Genomic methods for evaluating transcription rates in yeast Yeast Genetic Networks . Volumen. 734 . Número. part 1 . (pp. 25 - 44) .
Marín-Navarro, J., Jauhiainen, A., Moreno, J., Alepuz, P.M., Pérez-Ortín, P.M. y Sunnerhagen, P. (2011). Global estimation of mRNA stability in yeast Yeast Genetic Networks . Volumen. 734 . Número. part 1 . (pp. 3 - 23) .
Pérez-Ortín, J.E.; Alepuz, P.; García-Martínez, J.; Tordera, V. y Arnay, V. (2014). Grupo Genómica Funcional de Levaduras . Número. 58 . (pp. 113 - 115) .
Jordán-Pla, A., Miguel, A.; Serna, E. Pelechano. V. y Pérez-Ortín, J.E. (2016). Biotin-Genomic Run-On (Bio-GRO): A High-Resolution Method for the Analysis of Nascent Transcription in Yeast Yeast Functional Genomics . Volumen. 1361 . (pp. 125 - 139) .
Ana Mendes-Ferreira, Marcel.lí del Olmo, José García-Martínez, José E. Pérez-Ortín (2017). Functional Genomics in Wine Yeast: DNA Arrays and Next Generation Sequencing Biology of Microorganisms on Grapes, in Must and in Wine. 2ª edición. Helmut König ¿ Gottfried Unden ¿ Jürgen Fröhlich, Editores . (pp. 573 - 604) .

Estancias en Centros de Investigación

Proyectos

Organización de la cromatina activa. Causas moleculares de la activación. 1986 - 1989. Comisión Asesora de Investigación Científica y Técnica (CAICYT). . IP: Luis Franco Vera.
Estructura de la cromatina y actividad génica. 1989 - 1992. Comisión Asesora de Investigación Científica y Técnica (CAICYT). . IP: Luis Franco Vera.
Mecanismos moleculares de la regulación por glucosa en levadura. 1994 - 1995. Dirección General de Investigación Científica y Técnica. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Yeast Genome Sequencing Network. 1994 - 1995. Dirección General de Ciencia, Investigación y Desarrollo (DGXII). Comunidades Europeas. . IP: José E. Pérez Ortín.
Secuenciación de un fragmento del cromosoma IV de levadura. 1994 - 1995. Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología (CICYT). . IP: José E. Pérez Ortín.
Desarrollo de una metodología para la obtención, por modificación genética, de levaduras recombinantes comercialmente aceptables. 1995 - 1998. Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología (CICYT). . IP: José E. Pérez Ortín.
Yeast Genome Functional Analysis Network (EUROFAN). 1996 - 1998. Dirección General de Ciencia, Investigación y Desarrollo (DGXII). Comunidades Europeas. . IP: José E. Pérez Ortín.
Identificación de promotores de genes de levaduras industriales con expresión diferencial a lo largo de la fermentación vínica. 1996 - 1998. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . IP: José E. Pérez Ortín.
Análisis funcional del genoma de levadura. Proyecto europeo EUROFAN. 1996 - 1997. Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología (CICYT). . IP: José E. Pérez Ortín.
Yeast Genome Functional Analysis Network (EUROFAN II). 1997 - 2000. Dirección General de Ciencia, Investigación y Desarrollo (DGXII). Comunidades Europeas. . IP: José E. Pérez Ortín.
Análisis funcional del genoma de levadura. Proyecto europeo EUROFAN II. 1998 - 1999. Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología (CICYT). . IP: José E. Pérez Ortín.
Mejora genética de las respuestas fisiológicas de las levaduras vínicas a los estreses debidos al proceso de fermentación. 1998 - 1999. Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología (CICYT). . IP: José E. Pérez Ortín.
Funciones biológicas de las histona acetiltransferasas en Saccharomyces cerevisiae. 1999 - 2002. Dirección General de Enseñanza Superior e Investigación Científica. . IP: Vicente Tordera Donderis.
Comprehensive Yeast Genome Database (CYGD). 2000 - 2004. Dirección General de Ciencia, Investigación y Desarrollo (DGXII). Comunidades Europeas. . IP: José E. Pérez Ortín.
Proyecto piloto para la fabricación de chips de DNA para el análisis genómico en levaduras. 2000 - 2001. Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología (CICYT). . IP: José E. Pérez Ortín.
Estudio de las funciones in vivo de las Histonas Acetiltransferasas Taf145p y Esa1p mediante el uso inmunoprecipitación de cromatina. 2000 - 2001. Ministerio de Ciencia y Tecnología.. . IP: Vicente Tordera Donderis.
Desarrollo de DNA-chips para la detección específica y simultánea de agentes fitopatógenos y genes de respuesta a la infección en patata (Solanum tuberosum). (PapaChip). 2001 - 2004. Dirección General de Enseñanza Superior e Investigación Científica. . IP: José E. Pérez Ortín.
Localización e identificación de un nuevo gen supresor de tumores en 8p21-p23 en Linfomas B mediante Chips de ADN. 2001 - 2003. Fondo de Investigaciones Sanitarias. . IP: José E. Pérez Ortín.
Clonaje posicional de un nuevo gen supresor de tumores en la región cromosómica 8p en linfomas B mediante microchips de ADN. 2002 - 2003. Conselleria de Cultura, Educació i Esports. Generalitat Valenciana. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Análisis genómico del estrés por etanol en Saccharomyces cerevisiae. 2002 - 2005. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . IP: José E. Pérez Ortín.
Medida de las tasas de transcripción y de las vidas medias de todos los mRNAs de levadura. 2003 - 2006. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . IP: José E. Pérez Ortín.
Complementos para la instalación de nuevos laboratorios en el IATA. 1996 - 1996. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . IP: José E. Pérez Ortín.
Lector (scanner) de radiactividad y fluorescencia. 1999 - 1999. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . IP: José E. Pérez Ortín.
Equipo para Microchips de DNA. 2000 - 2000. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . IP: José E. Pérez Ortín.
Complemento para la fabricación de Chips de DNA de levadura. 2001 - 2001. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . IP: José E. Pérez Ortín.
Creación y distribución de microchips de DNA de la levadura S. cerevisiae. 2002 - 2002. Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología (CICYT). . IP: Joaquín Ariño Carmona.
Red Valenciana de Genómica y Proteómica. 2002 - 2002. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . IP: José E. Pérez Ortín.
Red Valenciana de Genómica y Proteómica. 2003 - 2003. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . IP: José E. Pérez Ortín.
Contrato para la ejecución del proyecto: Desarrollo de DNA-chips para la detección específica y simultánea de agentes fitopatógenos y genes de respuesta a la infección en patata (Solanum tuberosum). (PapaChip). Empresas: Sistemas Genómicos S.L., MedPlant Genetics, Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias. 2000 - 2004. Ministerio de Ciencia y Tecnología.. . IP: José E. Pérez Ortín/ Mariano Cambra.
Contrato para la ejecución del proyecto: Proyecto piloto para la fabricación de chips de DNA para el análisis genómico en levaduras. Empresas: Sistemas Genómicos S.L., Biotools Biotechnological & Medical laboratories S.A. 2000 - 2002. Ministerio de Ciencia y Tecnología.. . IP: José E. Pérez Ortín.
Contrato de Comercialización del Servicio de Chips de ADN de la Universitat de València Empresa: DURVIZ S.L. 2001 - 2002. Universitat de València. . IP: José E. Pérez Ortín.
Contrato de Formación de Personal Empresa: DURVIZ S.L. 2002 - 2003. Universitat de València. . IP: José E. Pérez Ortín.
Agilent 2100 Bioanalyzer. 2006 - 2006. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Ayuda complementaria al proyecto BMC2003-07072-C03-02. 2006 - 2006. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Aproximaciones Genómicas al estudio de la transcripción en levadura. 2006 - 2007. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Análisis genómico de la transcripción en levadura. 2007 - 2010. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Desarrollo de una base de datos de Genómica Funcional para levadura. 2007 - 2008. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Mecanismos de coordinación entre la transcripción y la estabilidad de mRNAs en levadura. 2011 - 2013. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Patógenos fúngicos humanos bajo estrés oxidativo: mecanismos adaptativos frente a hipoxia y ROS. 2011 - 2013. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . IP: Enrique Herrero Perpiñán.
Estudio global de las estrategias transcripcionales y post-transcripcionales de regulación de la expresión génica en respuesta al estrés osmótico en Saccharomyces cerevisiae: un modelo de sistema eucariótico. 2011 - 2014. Conselleria d'Educació i Ciència.. . IP: José E. Pérez Ortín.
Identification and validation of a gene expression signature for problematic fermentations diagnosis. 2011 - 2013. Fundacâo para a Ciencia e a Tecnología de Portugal. . IP: Alexandra Mendes Ferreira.
Instituto Superior de Investigación Cooperativa de Biotecnología y Biomedicina (ISIC BIOTECMED). 2013 - 2016. Generalitat Valenciana. . IP: Juan Ferré Manzanero.
Red Temática: La vida del mRNA desde la transcripción a la degradación. 2015 - 2017. Ministerio de Economía y Competitividad. . IP: Susana Rodriguez Navarro.
Mecanismos moleculares y rutas participantes en la interconexión entre transcripción y degradación de mRNAs durante las respuestas al estrés en levaduras. 2015 - 2018. Conselleria d'Educació i Ciència.. . IP: José E. Pérez Ortín.
Regulación cruzada entre la transcripción y la estabilidad de los mRNAs. Aproximaciones genómicas y mecanismos implicados en la respuesta al estrés. 2014 - 2017. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Homeostasis molecular en el Dogma Central. Recambio de mRNAs y proteínas y los mecanismos de comunicación cruzada entre ellos. 2017 - 2020. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Red Temática: La vida del RNA desde la transcripción a la degradación (RNAlife-II). 2020 - 2021. MINISTERIO DE CIENCIA, INNOVACIÓN Y UNIVERSIDADES. . IP: José E. Pérez Ortín (coordinador con 13 grupos más).
Homeostasis del RNA en células eucariotas: control de la transcripción global por el volumen celular y el envejecimiento. 2021 - 2024. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Estudio de las rutas de comunicación cruzada (cross-talk) entre las etapas del flujo de información genética en células eucariotas. 2019 - 2020. Conselleria d'Educació i Ciència.. . IP: José E. Pérez Ortín.
Ribostasis celular y proteostasis mitocondrial mediada por eIF5A durante el envejecimiento. 2023 - 2025. Generalitat Valenciana. . IP: Paula Alepuz Martínez (IP) y José Erique Pérez Ortín (co-IP).
Estudio global de las estrategias transcripcionales y post-transcripcionales de regulación de la expresión génica en respuesta al estrés osmótico en Saccharomyces cerevisiae: un modelo de sistema eucariótico. 2011 - 2014. Conselleria d'Educació i Ciència.. . IP: José E. Pérez Ortín.
Instituto Superior de Investigación Cooperativa de Biotecnología y Biomedicina (ISIC BIOTECMED). 2013 - 2016. Generalitat Valenciana. . IP: Juan Ferré Manzanero.
Red Temática: La vida del mRNA desde la transcripción a la degradación. 2015 - 2017. Ministerio de Economía y Competitividad. . IP: Susana Rodriguez Navarro.
Mecanismos moleculares y rutas participantes en la interconexión entre transcripción y degradación de mRNAs durante las respuestas al estrés en levaduras. 2015 - 2018. Conselleria d'Educació i Ciència.. . IP: José E. Pérez Ortín.
Regulación cruzada entre la transcripción y la estabilidad de los mRNAs. Aproximaciones genómicas y mecanismos implicados en la respuesta al estrés. 2014 - 2017. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Homeostasis molecular en el Dogma Central. Recambio de mRNAs y proteínas y los mecanismos de comunicación cruzada entre ellos. 2017 - 2020. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Red Temática: La vida del RNA desde la transcripción a la degradación (RNAlife-II). 2020 - 2021. MINISTERIO DE CIENCIA, INNOVACIÓN Y UNIVERSIDADES. . IP: José E. Pérez Ortín (coordinador con 13 grupos más).
Homeostasis del RNA en células eucariotas: control de la transcripción global por el volumen celular y el envejecimiento. 2021 - 2024. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . IP: Jose Enrique Perez Ortin.
Estudio de las rutas de comunicación cruzada (cross-talk) entre las etapas del flujo de información genética en células eucariotas. 2019 - 2020. Conselleria d'Educació i Ciència.. . IP: José E. Pérez Ortín.
Ribostasis celular y proteostasis mitocondrial mediada por eIF5A durante el envejecimiento. 2023 - 2025. Generalitat Valenciana. . IP: Paula Alepuz Martínez (IP) y José Erique Pérez Ortín (co-IP).

Tesis, tesinas y trabajos

Emilia Matallana Redondo, (1989). Estructura de la cromatina de las regiones reguladoras del gen SUC2 de Saccharomyces cerevisiae. (Tesis Doctoral). .
Juan Carlos Igual García, (1991). Identificación del gen de la 3-oxoacil-CoA tiolasa peroxisomal de Saccharomyces cerevisiae. Estudio de su regulación. (Tesis Doctoral). .
Marcel.lí del Olmo Muñoz, (1991). Estructura de la cromatina del gen FBP1 de Saccharomyces cerevisiae. (Tesis Doctoral). .
Agustín Aranda Fernández, (1996). Estudio estructural y funcional de la región 3' del gen FBP1 de Saccharomyces cerevisiae. (Tesis Doctoral). .
Sergi Puig Todolí, (1999). Estudios sobre la manipulación genética de las levaduras vínicas. (Tesis Doctoral). .
Susana Rodríguez Navarro, (2000). Análisis funcional del genoma de levadura: caracterización del gen SRC1. (Tesis Doctoral). .
Purificación Carrasco Valero, (2001). Estudio de la respuesta al estrés en levaduras vínicas. (Tesis Doctoral). .
Carlos García Ferris, (1989). Un método rápido para la detección de plásmidos en microorganismos. (Tesina de Licenciatura). .
Marcel.lí del Olmo Muñoz, (1989). Aillament de plasmids de rent en forma de cromatina. Caracterització mitjançant tècniques electroforetiques. (Tesina de Licenciatura). .
Agustín Aranda Fernández, (1993). Estudio preliminar de las secuencias impicladas en la poliadenilación/terminación de la transcripción del gen FBP1 de Saccharomyces cerevisiae. (Tesina de Licenciatura). .
Carmen Ivorra Ivorra, (1998). Estudi de la resposta a estrés en llevats vínics en relació amb el seu comportament en processos de fermentació. (Tesina de Licenciatura). .
Oreto Antúnez Temporal, (2004). Estudi transcripcional dels mutants del complex HAT B en Saccharomyces cerevisiae. (Trabajo de Investigación 12 créditos). .
Vicent Pelechano García, (2005). Estudi genómico de la separación de las ORFs entre sí en Saccharomyces cerevisiae. (Trabajo de Investigación 12 créditos). .
Lorena Romero Santacreu, (2006). Control de la expresión génica por la MAP quinasa Hog1p en la respuesta al estrés osmótico en Saccharomyces cerevisiae. (Trabajo de Investigación 12 créditos). .
Helena Orozco Valverde, (2007). Función de las proteínas Pub1p y Ngr1p en el control de la expresión génica en la respuesta a señales ambientales. (Trabajo de Investigación 12 créditos). .
Vicent Pelechano García, (2009). Estudio genómico de la transcripción y de la degradación de mRNAs en Saccharomyces cerevisiae. (Tesis Doctoral). .
Lorena Romero Santacreu, (2009). Respuestas transcripcionales y postranscripcionales al estrés osmótico en Saccharomyces cerevisiae. Función de la MAPK Hog1p. (Tesis Doctoral). .
Antonio Jordan Pla, (2013). BioGRO: un nuevo método de alta resolución para el estudio de la transcripción en levadura. (Tesis Doctoral). .
Catarina de Costa Rodrigues Barbosa, (2014). Towards the understanding of the impact of nitrogen on wine fermentation: from classical to Genomic approaches. (Tesis Doctoral). .
Jaume Forés Martos, (2014). Comparación entre variables de expresión génica a escala ómica en Saccharomyces cerevisiae y Schizosaccharomyces pombe. (Trabajo de Master o de Tercer ciclo de 12 o más créditos). .
Ana Miguel Blanco, (2012). Genomic run-on experimental set up for Candida albicans. (Trabajo de Master o de Tercer ciclo de 12 o más créditos). .
Fernando Montón Barranco, (2012). Estudio de los cambios de velocidad de la RNA polimerasa II de Saccharomyces cerevisiae en función de la temperatura. (Trabajo de Master o de Tercer ciclo de 12 o más créditos). .
Daniel A Medina Salas, (2015). Análisis genómico de la interacción entre la transcripción y la degradación durante el recambio del mRNA en S. cerevisiae. (Tesis Doctoral). .
Julen Mendieta Esteban, (2016). Estrategias de expresión génica: una comparación entre levadura y humanos. (Trabajo de Master o de Tercer ciclo de 12 o más créditos). .
Jose Miguel Juanes Tebar, (2015). TilingScan, aplicaciones web para la detección de regiones significativamente expresadas en datos de tiling arrays. (Trabajo de Master o de Tercer ciclo de 12 o más créditos). .
KEVIN TROULÉ LOZANO, (2015). Study of the dependence of the transcription rate during stress responses in Saccharomyces cerevisiae. (Trabajo de Master o de Tercer ciclo de 12 o más créditos). .
Jordi Planells Rodrigo, (2017). Study of the RNA steady-state condition along the Saccharomyces cerevisiae growth in batch culture. (Trabajo de Master o de Tercer ciclo de 12 o más créditos). .
Ana Miguel Blanco, (2017). Functional genomic study of the response to hypoxic and oxidative stress in Candida albicans. (Tesis Doctoral). .
Gaurav Singh, (2020). Homeostatic balance study for rRNA concentration as a function of cell volume in yeast. (Trabajo de Master o de Tercer ciclo de 12 o más créditos). .
Marina Barba Aliaga, (2023). Functions of the translation factor eIF5A in cellular metabolism and transcriptional control. (Tesis Doctoral). .
Catarina de Costa Rodrigues Barbosa, (2014). Towards the understanding of the impact of nitrogen on wine fermentation: from classical to Genomic approaches. (Tesis Doctoral). .
Jaume Forés Martos, (2014). Comparación entre variables de expresión génica a escala ómica en Saccharomyces cerevisiae y Schizosaccharomyces pombe. (Trabajo de Master o de Tercer ciclo de 12 o más créditos). .
Daniel A Medina Salas, (2015). Análisis genómico de la interacción entre la transcripción y la degradación durante el recambio del mRNA en S. cerevisiae. (Tesis Doctoral). .
Julen Mendieta Esteban, (2016). Estrategias de expresión génica: una comparación entre levadura y humanos. (Trabajo de Master o de Tercer ciclo de 12 o más créditos). .
Jose Miguel Juanes Tebar, (2015). TilingScan, aplicaciones web para la detección de regiones significativamente expresadas en datos de tiling arrays. (Trabajo de Master o de Tercer ciclo de 12 o más créditos). .
KEVIN TROULÉ LOZANO, (2015). Study of the dependence of the transcription rate during stress responses in Saccharomyces cerevisiae. (Trabajo de Master o de Tercer ciclo de 12 o más créditos). .
Jordi Planells Rodrigo, (2017). Study of the RNA steady-state condition along the Saccharomyces cerevisiae growth in batch culture. (Trabajo de Master o de Tercer ciclo de 12 o más créditos). .
Ana Miguel Blanco, (2017). Functional genomic study of the response to hypoxic and oxidative stress in Candida albicans. (Tesis Doctoral). .
Gaurav Singh, (2020). Homeostatic balance study for rRNA concentration as a function of cell volume in yeast. (Trabajo de Master o de Tercer ciclo de 12 o más créditos). .
Marina Barba Aliaga, (2023). Functions of the translation factor eIF5A in cellular metabolism and transcriptional control. (Tesis Doctoral). .