El modelo del Análisis de Varianza es

donde

El modelo indica que podemos expresar el valor observado del individuo "i" en el grupo "j" como la adición de la magnitud general de la variable más la magnitud específica del grupo "j" más un componente específico del individuo "i".

El término del modelo que interesa es a (la magnitud de la variable o posición específica del grupo). El estimador de a es la esperanza de la Media Cuadrática "entre" MCE. La prueba F somete a contraste la hipótesis que un grupo (al menos) ocupa una posición diferente (la variable tiene una magnitud específica en ese grupo) a la de los otros grupos.