Antonio Ferrer se incorpora a la Universitat de València en 1992 con una beca de investigación en el Departamento de Psicología Evolutiva y de la Educación, donde ha desarrollado su trayectoria. Su labor investigadora se centra en dos temas: la intersección entre tecnología, educación y discapacidad junto con la creación de instrumentos de evaluación psicolingüística.

Entre 1995 y 2003 dentro de la Unidad de Investigación Acceso participó en proyectos financiados por el Fondo Social Europeo que impulsaron el servicio de atención a estudiantes con discapacidad en la UV y la elaboración de materiales de adaptación para la evaluación psicoeducativa y la mejora de la comprensión lectora en personas con sordera profunda prelocutiva. En 2009 se incorporó al grupo de investigación Psicotext, especializado en estudios sobre lectura, colaborando en proyectos que dieron lugar a dos tutores inteligentes para el entrenamiento en comprensión lectora. Posteriormente, con la creación de la ERI Lectura, se sumó al grupo Atypical centrado en el desarrollo del lenguaje y la lectura en poblaciones clínicas (fundamentalmente discapacidad intelectual, sordera y TEA).

Su docencia se ha vinculado principalmente a trastornos del neurodesarrollo, necesidades educativas especiales y logopedia, con experiencia en la formación de magisterio, psicología y logopedia. Participa en el ámbito de postgrado en los másteres universitarios en educación especial y especialización en intervención logopédica. Inició su carrera docente en 1995 como profesor ayudante de escuela universitaria y en 2000 obtuvo la plaza de profesor titular de universidad.

En el ámbito de gestión, ha sido director de la sección departamental de psicología evolutiva y de la educación en la Escuela Universitaria de Magisterio Ausiàs March, secretario del Departamento de Psicología Evolutiva y de la Educación, vicedecano de estudios de la Facultat de Psicologia i Logopèdia de la Universitat de València y decano de esta desde marzo de 2021. Desde mayo de 2023 presidente de la Conferencia de Decanas y Decanos de Psicología de las Universidades Españolas.