- Epidemiologia molecular. Utilización de la información genética y genómica de microorganismos patógenos (bacterias y virus) para estudiar su diseminación en poblaciones humanas y en sus reservorios naturales, complementando las tareas de vigilancia y control epidemiológico.
- Biología de sistemas evolutiva. Estudio de la evolución de genomas completos y de los genes presentes en los mismos, con énfasis especial en bacterias y virus.
- Mutación y evolución viral. Mediante el uso de diversas aproximaciones experimentales, pretendemos identificar y caracterizar mecanismos en la generación de la diversidad de los virus de RNA así como obtener estimas cuantitativas de las tasas de mutación en los mismos.
- Evolución experimental de virus. Utilizamos los virus como organismos modelo en el laboratorio para estudiar procesos evolutivos de forma experimental.