- Epidemiologia molecular. Utilització de la informació genètica i genòmica de microorganismes patògens (bacteris i virus) per a estudiar la seua disseminació en poblacions humanes i en els seus reservoris naturals, complementant les tasques de vigilància i control epidemiològic.
- Biologia de sistemes evolutiva. Estudi de l'evolució de genomes complets i dels gens presents en aquests, amb èmfasi especial en bacteris i virus.
- Mutació i evolució viral. Mitjançant l'ús de diverses aproximacions experimentals, pretenem identificar i caracteritzar mecanismes en la generació de la diversitat dels virus d'RNA així com obtindre estimes quantitatives de les taxes de mutació en aquests.
- Evolució experimental de virus. Utilitzem els virus com a organismes model en el laboratori per a estudiar processos evolutius de manera experimental.