Proceso para convertir los .Rmd a otro(s) formatos [OPCIONAL]

Como trabajamos con RStudio, en la práctica, procesar los ficheros .Rmd consistirá solamente en pinchar en el icono Knit. Muy fácil!!

No es necesario, pero quizá os interese saber cómo se procesan realmente los ficheros .Rmd para acabar convirtiéndose en html, pdf, etc.

La respuesta es que se ocupan de ello un paquete de R, knitr, y un programa llamado pandoc.

En palabras: knitr se ocupa de ejecutar todos los trozos con código R que haya en el fichero .Rmd, después de ejecutar el código, pegará los resultados de la evaluación del código (gráficos, tablas etc…) junto con el texto en un documento intermedio (con extensión .md), para después transferir este documento .md a pandoc que se encarga de traducirlo al formato elegido (html, pdf, …). Knitr sabe diferenciar el texto del código R porque éste se señaliza con unas marcas.

Visualmente:

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Encabezamiento (yaml header)

Abajo tenéis un ejemplo sencillo de un yaml header:

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title: "El título de mi informe"
author: "Yo mismo"
date: "Marzo de 2017"
output: html_document
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Como podéis imaginar, el encabezamiento se coloca al principio del documento y comienza y acaba con una marca de 3 guiones: ---

En el encabezamiento se introducen elementos básicos del documento como el título, el autor, fecha, y el formato de salida del documento. En el ejemplo hemos elegido como formato de salida html; si preferimos pdf, habría que sustituir output: html_document por output: pdf_document

El yaml header puede incluir otros elementos para personalizar un poco más el documento final o output. Abajo tenéis un ejemplo más complejo de un yaml header. Es el que utilizamos para hacer los tutoriales del curso de introducción a R.

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title: "Documentos Rmarkdown (.Rmd)"
author: "Vicente Coll & Pedro J. Pérez"
date: "`r Sys.Date()`"  
output:
  html_document:
    code_folding: show
    theme: journal
    toc: yes
    toc_float: yes
---

En la práctica, RStudio se ocupará por nosotros de escribir el encabezamiento de los documentos Rmarkdown.

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Chunks (o código R)

Los trozos de código R o chunks permiten hacer análisis estadísticos y mostrar los resultados en el documento final.

Para que knitr distinga las instrucciones de R del texto normal tenemos que poner las instrucciones de R dentro de unas marcas o identificadores: ```{r} al principio y ``` al final.

Por ejemplo:

```{r}
summary(iris)
```

Knitr interpreta ese trozo de texto como instrucciones de R porque van dentro de las marcas, y hará que R las ejecute y muestre los resultados en el documento final.

Los chunks pueden tienen diversas opciones que permiten una mayor flexibilidad en como se muestra el código y los resultados en el documento final. Las opciones más usadas son:

• echo
• eval

Por ejemplo, si introducimos este texto en nuestro fichero .Rmd:

```{r, echo = TRUE, eval = TRUE}
summary(iris)
```

En este caso, se mostrará el chunk(echo = TRUE) y también se evaluará (eval = TRUE) y, por tanto, se mostrarán los resultados en el documento final. Se verá algo como:

summary(iris)

##   Sepal.Length    Sepal.Width     Petal.Length    Petal.Width   
##  Min.   :4.300   Min.   :2.000   Min.   :1.000   Min.   :0.100  
##  1st Qu.:5.100   1st Qu.:2.800   1st Qu.:1.600   1st Qu.:0.300  
##  Median :5.800   Median :3.000   Median :4.350   Median :1.300  
##  Mean   :5.843   Mean   :3.057   Mean   :3.758   Mean   :1.199  
##  3rd Qu.:6.400   3rd Qu.:3.300   3rd Qu.:5.100   3rd Qu.:1.800  
##  Max.   :7.900   Max.   :4.400   Max.   :6.900   Max.   :2.500  
##        Species  
##  setosa    :50  
##  versicolor:50  
##  virginica :50  
##                 
##                 
## 

Mientras que si en el .Rmd escribimos lo siguiente:

```{r, echo = TRUE, eval = FALSE}
summary(iris)
```

Se mostrará el código (echo = TRUE), pero no se evaluará (eval = FALSE) y ,por lo tanto, no se mostrarán los resultados en el documento final.

Si en el .Rmd escribimos lo siguiente:

```{r, echo = FALSE, eval = TRUE}
summary(iris)
```

NO se mostrará el código (echo = FALSE), pero SI se evaluará (eval = FALSE) y ,por lo tanto, SI se mostrarán los resultados en el documento final.

Si en el .Rmd escribimos lo siguiente:

```{r, echo = FALSE, eval = TRUE, results = "hide"}
summary(iris)
```

NO se mostrará el código (echo = FALSE), SI se evaluará (eval = FALSE), PERO como results = "hide" NO se mostrarán los resultados en documento final.

Hay más opciones sobre los chunks que nos permiten una mayor flexibilidad sobre como mostrar los resultados y el código; pero si quieres ver todas las opciones tendrás que ir a la página web de knitr o al cheat sheet sobre Rmarkdown

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El texto (en Rmarkdown)

La parte principal de un informe suele ser texto (narratives). En un fichero .Rmd, todo lo que no sea encabezamiento o chunks será interpretado por knit como texto y lo mostrará tal cual; es decir, como texto.

Aquí podríamos acabar nuestro tutorial sobre como escribir texto en un fichero .Rmd; pero generalmente en un texto queremos resaltar ciertas palabras con negrita, o ponerlas en cursiva, o poner un titulo de sección y de sub-secciones. Todo esto lo tendremos que hacer utilizando Markdown. Markdown es un lenguaje de marcas ligero y muy sencillo de aprender (lo básico se aprende en unos 10 minutos) pero muy utilizado. Es posible que alguno de vosotros haya utilizado una variante de Markdown al escribir en negrita en Whatsapp.

El texto de un documento .Rmd es “simplemente” texto PERO está escrito en Markdown. Ahora lo veremos, pero antes vamos a ver un poco más sobre qué es Markdown.