La Segunda línea de investigación de la Unidad de Zoología Marina se centra en estudios parasitológicos de vertebrados marinos (mamíferos, tortugas y peces), incluyendo aspectos taxonómicos (tanto convencionales como moleculares), ecológicos y evolutivos. Merecen especial mención nuestros estudios pioneros sobre los determinantes ecológicos y evolutivos de las comunidades parásitas de cetáceos y tortugas marinas.
Algunos de los estudios realizados por nuestro grupo han utilizado datos parasitarios para la obtención de información sobre las migraciones y estructura social de poblaciones de mamíferos marinos. También estamos llevando cabo estudios aplicados en los campos de la pesca y la acuicultura, que incluyen estudios de la distribución de larvas de nematodos anisákidos en peces de consumo humano, parasitología de seriola Seriola dumerili y atún atlántico Thunnus thynnus en cultivos y de otras especies de interés en la acuicultura mediterránea, y la utilización de información parasitaria para la predicción del origen de capturas pesqueras. La Unidad de Zoología Marina participa en un consorcio de seis laboratorios, financiado por el 5º Programa Marco, en el desarrollo y optimización de métodos para la determinación de la localidad de eclosión y de captura de bacalaos (CODTRACE). Nuestra unidad contribuyó en este proyecto desarrollando técnicas basadas en el análisis de comunidades parásitas.