Aplicación de métodos de inferencia filogenética molecular a datos de secuencias desde la ultrasecuenciación hasta la determinación de nuevos genomas.
Espectroscopia de absorbancia UV-visible, dicroísmo circular y fluorescencia.
Separador Celular equipado con 6 láseres, cabina de Bioseguridad y extracción de aerosoles. Permite, en primer lugar, la medición rápida de parámetros morfológicos y funcionales de un gran número de células individuales suspendidas en medio líquido. Para ello, las células se marcan inicialmente con anticuerpos conjugados con fluorocromos, o sondas fluorescentes que se unen a proteínas ubicadas en la superficie o dentro de la célula. La luz dispersada y la fluorescencia emitida por los marcadores al pasar las células, una a una por los diferentes láseres, permite medir simultáneamente características estructurales y varios parámetros en cada una de estas células.
Además, tras el análisis, es posible separar y recoger subpoblaciones de interés de la muestra para posteriores estudios.
Equipo que determina y cuantifica la fluorescencia de sondas fluorescentes unidas a diferentes partes tanto de células eucariotas como procariotas, orgánulos, proteínas. La fluorescencia emitida es recogida en distintos filtros acotados a una longitud de onda determinada. La cuantificación de la fluorescencia está asociada con el parámetro celular que se está midiendo, generando resultados cuantitativos como la intensidad de fluorescencia, porcentaje de poblaciones celulares, contaje del número de células/ML.
Equipo que determina y cuantifica la fluorescencia de sondas fluorescentes unidas a diferentes partes tanto de células eucariotas como procariotas, orgánulos, proteínas. La fluorescencia emitida es recogida en distintos filtros acotados a una longitud de onda determinada. La cuantificación de la fluorescencia está asociada con el parámetro celular que se está midiendo, generando resultados cuantitativos como la intensidad de fluorescencia, porcentaje de poblaciones celulares, contaje del número de células/ML.
Citómetro analizador con 5 láseres que permite la medición rápida de parámetros morfológicos y funcionales de un gran número de células individuales suspendidas en medio líquido. Para ello, las células se marcan inicialmente con anticuerpos conjugados con fluorocromos o sondas fluorescentes que se unen a proteínas ubicadas en la superficie o dentro de la célula. La luz dispersada y la fluorescencia emitida por los marcadores al pasar las células, una a una por los diferentes láseres, permite medir simultáneamente características estructurales y varios parámetros en cada una de estas células.
Citómetro analizador con 3 láseres que permite la medición rápida de parámetros morfológicos y funcionales de un gran número de células individuales suspendidas en medio líquido. Para ello, las células se marcan inicialmente con anticuerpos conjugados con fluorocromos o sondas fluorescentes que se unen a proteínas ubicadas en la superficie o dentro de la célula. La luz dispersada y la fluorescencia emitida por los marcadores al pasar las células, una a una por los diferentes láseres, permite medir simultáneamente características estructurales y varios parámetros en cada una de estas células.
Equipo que determina y cuantifica la fluorescencia de sondas fluorescentes unidas a diferentes partes tanto de células eucariotas como procariotas, orgánulos, proteínas. La fluorescencia emitida es recogida en distintos filtros acotados a una longitud de onda determinada. La cuantificación de la fluorescencia está asociada con el parámetro celular que se está midiendo, generando resultados cuantitativos como la intensidad de fluorescencia, porcentaje de poblaciones celulares, contaje del número de células/ML.
El equipo posee un sistema de separación celular permitiendo la separación física de una determinada población con diferentes niveles de pureza. Permite la separación en condiciones de esterilidad.
Clúster de ordenadores para cálculo científico y almacenamiento de datos.
Se trata de un analizador de gases O2-CO2 con Flujo de aire y conmutador para dos animales. Contiene: una plataforma software para metabolismo, extensión “metabolismo respiratorio” del software Metabolism, Treadmill de una sola línea para ratón con shock, Corredor para Calorimetría para el treadmill, Cubeta para rata/ratón, Dos tapas Calorimetría para rata de comida y bebida, Comedero/Bebedero para Calorimetría, Botella de 100mL para sistema de Oxylet, Suelo de rejilla para ratas, Suelo de rejilla para ratones. Este equipo se haya supervisado por el técnico especialista Javier Cuenca.
Equipo que determina cuantitativamente las concentraciones de una, varias o muchas sustancias en una muestra biológica (suero, plasma, tejido u orina), alimentaria o ambiental. Esto se consigue gracias a una separación cromatográfica de los compuestos presentes en la matriz a estudiar, bien por cromatografía de líquidos o cromatografía de gases y su posterior nebulización con fragmentación para detectar los componentes según su peso molecular.
Centrifugas refrigeradas, micropipetes, lupas, PCR Lifecycler, Bombas de vacío, orbitales, campanas de extracción y flujo laminar, cubetos electroforesis, vórtice, MiniSpin, estufa, cubetos electroforesis, Qubit 2.0, NanoDrop 1000, mechero de gas, cámaras de cría de insectos con fotoperíodo, balanza, equipo de fotodocumentación, termocicladores, congeladores, neveras.
- Elucidación estructural de moléculas pequeñas: elucidación de la conectividad, configuración estereoquímica y conformación.
- Caracterización estructural de nanopartículas, y sus interacciones con sustratos.
- Estudios de movilidad y dinámica molecular.
- Seguimiento de procesos químicos: cinéticas.
- Determinación de procesos de asociación e interacción molecular.
- Estudios a temperatura variable.
- Observación de una amplia variedad de núcleos magnéticos: 19F, 195Pt, 133Cs, 11B, 31P, 6Li, 29Si, etc.
Caracterización estructural de materiales en estado sólido, y de sustancias inmovilizadas sobre sólidos.
Permite analizar materiales muy diversos:
- Suelos, maderas, celulosas
- Materiales cerámicos
- Polímeros
- Polimorfos, vidrios, metales y aleaciones
- Materiales porosos, como zeolitas, aluminosilicatos
- Nanopartículas
- Estudio de complejos organometálicos en estado sólido.
Elucidación estructural de moléculas pequeñas: elucidación de la conectividad, configuración estereoquímica y conformación.
Caracterización estructural de nanopartículas, y sus interacciones con sustratos.
Estudios de movilidad y dinámica molecular.
Seguimiento de procesos químicos: cinéticas.
Determinación de procesos de asociación e interacción molecular.
Estudios a temperatura variable.
Análisis de mezclas, cuantificación e identificación de componentes.
Estudios de difusión, tamaño y movilidad molecular.
Estudio de mecanismos de reacciones químicas, caracterización de intermedios de reacción, obtención de parámetros cinéticos y termodinámicos de las reacciones.
Estudio de interacciones moleculares, determinación de procesos de asociación e interacción molecular afinidad host-guest, reconocimiento molecular enzima-sustrato.
3 laboratorios, 9 despachos, 12 puestos de trabajo para investigadores predoctorales, sala de servidores (6 puestos de trabajo para investigadores y 4 despachos).
Equipo de análisis de alto contenido a través de la captura automática de imágenes para el estudio de cultivos celulares vivos o fijados, en placas o portas. Dispone de cuatro objetivos de larga distancia: 4x, 10x, 20x y 40x. Además, dispone de incubador con control de temperatura y dispensador automático de reactivos.
Equipamiento de biología molecular: 2 termocicladores. 1 termociclador con gradiente. Analizador de imagen para geles de agarosa. Sistema QIAxcel para análisis de ácidos nucleicos. Cabina de flujo laminar para cultivos bacterianos y trabajo con fagos. 2 contadores de colonias.
Equipamiento: 3 cabinas de flujo laminar para cultivos celulares. 3 incubadores con conexión de CO2. 1 incubador de hipoxia. Microscopio invertido. Micromanipulador. Arcón de -80ºC. Autoclave. Congelador.
Laboratorio con equipamiento completo para la preparación, adquisición, separación y análisis de muestras por citometría de flujo.
Laboratorio de Cultivos Celulares de Nivel de Contención Biológica 2 (NCB2). Dispone de varias salas: Sala de Líneas Celulares, Sala de Cultivos Primarios, sala de Hipoxia y Sala de Vectores Virales (NCB2+), con 10 cabinas de bioseguridad, 6 incubadores y todo el equipamiento necesario para poder trabajar con cultivos de células eucariotas.
Preparado y controlado por los técnicos para que el usuario sólo piense en su experimento.
Microscopio confocal multifotón montado sobre un microscopio vertical BX61WI motorizado y equipado con un objetivo de inmersión en agua XPLN25xWMP exclusivo para microscopía multifotónica, con una apertura numérica de 1.05 y una distancia de trabajo de 2mm. Dispone del láser Mai-Tai HP DeepSee (Spectra Physics) pulsado sintonizable en el rango de 690 a 1040nm con una potencia media de 2,0 W. Este tipo de láser, al ser infrarrojo, permite una mayor penetración en la muestra y produce menor daño celular. La señal se recoge mediante cuatro detectores que cubren todo el rango del visible (420-500/515-580/590-650/660-740).
Microscopio confocal Super-resolución LCS 980 dispone de los siguientes objetivos: 10x, 20x, 25x (aceite), 40x (agua) y 63x (aceite), 60x. Las líneas de excitación presentes en este equipo son: 405nm, 488nm, 561nm y 639nm. Este equipo dispone además de un sistema de incubación lo que hace que sea un equipo adecuado para trabajar con célula viva. Este equipo incorpora los sistemas de super-resolución Airyscan 2 y Elyra 7.
El microscopio confocal nos permite visualizar muestras con distintos marcajes fluorescentes obteniendo imágenes de gran nitidez y calidad debido a que la imagen obtenida no está contaminada por la luz emitida fuera del plano focal. Gracias a esta característica de confocalidad, nos permite realizar reconstrucciones tridimensionales a partir de secciones ópticas.
El microscopio de campo claro nos permite visualizar muestras teñidas o con pigmentos naturales que resultan altamente contrastadas. La fuente de iluminación es la luz blanca. Los componentes de la muestra se visualizan gracias a las diferencias de contraste que existen entre ellos y el medio que los rodea.
Microscopio Electrónico de Barrido de emisión de campo con haz de iones enfocado (FIB). Dispone de microanálisis EDX, opción crio para la observación de muestras congeladas y presión variable.
La variedad de proteínas fluorescentes y sondas multicolor que se han desarrollado, permiten marcar prácticamente cualquier molécula. La capacidad de visualizar dinámicas proteicas en vesículas, orgánulos, células y tejidos ha proporcionado nueva información sobre el funcionamiento de las células tanto en situaciones de salud como de enfermedad. Esta información incluye la dinámica espacio-temporal de procesos, como la mitosis; estudios en la dinámica de iones, como el Ca+₂ y los cambios en el citoesqueleto.
La fluorescencia es uno de los fenómenos físicos más utilizados en microscopía biológica y analítica, sobre todo por su alto grado de sensibilidad y especificidad. La microscopía de fluorescencia permite a los usuarios determinar la distribución de una sola molécula, su cantidad y su ubicación dentro de una célula.
Los microscopios de fluorescencia que se emplean en aplicaciones de investigación se basan en una serie de filtros ópticos. Los filtros suelen estar insertados en un bloque de filtros. Mientras que el filtro de excitación selecciona las longitudes de onda que excitan un fluoróforo concreto dentro de la muestra, el filtro de emisión actúa como una especie de control de calidad, ya que solo permite pasar las longitudes de onda de interés emitidas por el fluoróforo.
Microscopio confocal montado sobre un IX81 invertido motorizado que dispone de los siguientes objetivos: 10x, 20x, 40x (aceite), 60x (aceite), 60x (agua). Las líneas de excitación presentes en este equipo son: 405nm, 488nm, 515nm, 559nm, 594nm y 635nm. Este equipo dispone además de un sistema de incubación lo que hace que sea un equipo adecuado para trabajar con célula viva.
Equipo confocal invertido de rutina totalmente motorizado que permite la realización de adquisiciones programadas sobre varias áreas predefinidas. Dispone de un objetivo 10x (NA 0,4) seco y un 60x (NA 1,2) de inmersión en agua. Las líneas de excitación son: 405nm, 473nm, 559nm y 635nm. Este equipo es adecuado para experimentos en el tiempo de célula viva ya que dispone de incubador con control de temperatura.
Ultracentrífuga de pie para volúmenes pequeños con 3 rotores: S55A2, S50A y rotor oscilante S52ST.
La plataforma Massarray se encarga del estudio, con fines de investigación, de muestras de tipo biológico a través del mapeado fino de secuencias de ADN, así como del análisis de fenómenos de metilación. Con este equipo se pueden analizar decenas de variantes del ADN como SNPs, inserciones o delecciones en cientos de muestras en poco tiempo con un gran grado de precisión y sensibilidad. También es posible analizar mutaciones somáticas como las presentes en muestra de origen cancerígeno. Por último, se pueden cuantificar el grado de metilación de CpG individuales en secuencias cortas de ADN de forma cuantitativa.
Galaxy Badger, UGene, Artemis: Genome Browser, ACT, ClustalX, MrBayes, Mafft, RAxML, GS De Novo Assembler, GPRo, MIRA, Velvet, AphidBase, Staden, Unix Desktop Environment Project (UDE).
Sala ubicada dentro del laboratorio de Cultivos Celulares (NCB2), con equipamiento propio y protocolos de trabajo de nivel superior. Diseñada para trabajar con vectores virales, OMGs o agentes biológicos de nivel 2 que requieran de una mayor seguridad.
Capacidad para abordar la secuenciación de material genético de cualquier organismo empleando tanto técnicas tradicionales de secuenciación (método Sanger) como secuenciación de nueva generación.
Equipo para la realización de ensayos de PCR digital.
Equipo para la realización de ensayos de PCR cuantitativa.
La PCR en tiempo real es una técnica que combina la amplificación y la detección en un mismo paso, al correlacionar el producto de la PCR de cada uno de los ciclos con una señal de intensidad de fluorescencia. Están compuestos por un termociclador acoplado a un sistema óptico, que monitoriza la señal de los fluoróforos usados para detectar el producto amplificado. Debido a que la fluorescencia de éstos aumenta conforme el producto se amplifica, se combinan los procesos de amplificación y detección en una sola etapa.
Plataforma para llevar a cabo estudios transcriptómicos en el campo de single cell (célula única) que permite estudiar la variabilidad transcriptómica y fenotípica entre miles de células partiendo de ARN de célula única.
Equipo de secuenciación masiva de DNA basado en secuenciación por síntesis, utiliza nucleótidos marcados con fluoróforos de distintos colores, y captación de imágenes de la fluorescencia emitida.
Equipo de secuenciación de alto rendimiento que permite la obtención de secuencias cortas de hasta 300 pb.
Equipo de secuenciación de alto rendimiento que permite la obtención de secuencias con una longitud promedio superior a 30 kb.
El equipo permite la obtención de secuencias de ADN por el método de Sanger y la determinación del tamaño de fragmentos.
Sistemas de transcripción/traducción in vitro.
Microscopio electrónico de transmisión de 120 Kv de alto contraste con cámara digital CMOS EMSIS XAROSA de 20 Mpx.
Microscopio electrónico de transmisión de 100 Kv de alto contraste con cámara digital AMT de 8 Mpx.
Análisis de datos de secuenciación genómica y proteómica, elaboración de árboles filogenéticos, programación informática, BLASTO, estudio de redes bioquímicas.
Electroforesis, PCR in situ, RT PCR, PCR cuantitativa, métodos de tinción y detección, Análisis de transferencia (western, Southern...), tecnología DNA recombinante (extracción DNA, tratamiento enzimático, transferencia DNA, ...), citometria de flujo y y "FACS" (Fluorescence-Activated Cell Sorter), amplificación genómica (WGA, whole genome amplification), Tratamiento de la muestra para microscopia óptica y electrónica, inclusión, Inmunohistoquímica, FISH.
Mantenimiento y cría de insectos, disección del sistema nervioso central de insectos.
Citometría de flujo, qRT-PCR, Western Blot, Big-Data y técnicas de cultivos celulares primarios.
