Tener una enfermedad crónica (EC) en la adolescencia puede aumentar los síntomas ansiosos y depresivos. Las habilidades emocionales pueden amortiguar este impacto. El objetivo fue analizar la relación entre las habilidades emocionales y el malestar emocional, y observar las diferencias entre los adolescentes con y sin EC. Participaron 444 adolescentes (50% con enfermedad crónica), el 62,60% fueron mujeres y tenían entre 12 y 16 años. Se evaluaron las competencias emocionales (ESCQ; Shoeps et al., 2019) y el malestar emocional (HADS; Valero-Moreno et al., 2019). Se observaron niveles elevados de ansiedad, depresión y malestar emocional, y moderada percepción y comprensión, expresión y etiquetaje y manejo y regulación de emociones. Las mujeres y quienes tenían una EC mostraron más ansiedad, depresión y malestar emocional. Menos habilidades emocionales se asociaron con más más ansiedad, depresión y malestar emocional. La presencia de una EC es un factor de riesgo, las habilidades emocionales, de protección.