Extracción del DNA, secuenciación del genoma (WGS), ensamblado, determinación de parámetros de calidad, análisis genómico...
La secuenciación completa del genoma es una técnica cada vez más utilizada en taxonomía microbiana. La secuencia genómica de una cepa (completa o borrador) hace posible el estudio y caracterización del microorganismo mediante el análisis genómico (anotación de genes, detección de islas genómicas, etc.). Pero además permite hacer estudios de inferencia fenotípica para establecer correspondencias entre las secuencias genómicas observadas y los caracteres fenotípicos de la cepa.
Además, con la secuenciación genómica se pueden obtener las características del genoma, como su tamaño en pares de base, el contenido en G+C, cantidad de proteínas totales, RNAs, presencia de CRISPR…etc, así como datos genómicos útiles en taxonomía, como el Average Nucleotide Identity (ANI), Average Amino acid Identity (AAI) o la Hibridación DNA-DNA estimada in silico (eDDH).
- Identificación y estudios taxonómicos.
- Caracterización microbiana (bioprospección, evaluación de seguridad alimentaria, etc.).
ISO 9001:2015
El usuario debe enviar un cultivo activo de la cepa (placa Petri sembrada por triple estría en el caso de procariotas y levaduras; también se acepta tubo de agar inclinado en el caso de hongos filamentosos).
Contacto: tlucena@cect.org, bacterias@cect.org y hongos@cect.org
