Logo de la Universitat de València Logo Departament d'Informàtica Logo del portal

Grup de Xarxes i Entorns Virtuals (GREV): Computació d'altes prestacions en bioinformàtica, principals treballs

  • 21 de maig de 2021
Grup de Xarxes i Entorns Virtuals (GREV): Computació d'altes prestacions en bioinformàtica, principals treballs

El Grup de Xarxes i Entorns Virtuals (GREV), és un grup d'investigació de la Universitat de València, la seua línia d'investigació principal és entorn a la computació d'altes prestacions en bioinformàtica.

En aquesta línia d'investigació se centren en el desenvolupament de computació d'altes prestacions, mitjançant l'ús d'arquitectures avançades de computadors, per al processament i anàlisi de metilació en dades genòmiques produïdes pels seqüenciadors d'última generació (Next-Generation Sequencing o NGS).

Han desenvolupat el HPG-Msuite, un conjunt d'eines per ajudar als investigadors biològics en l'anàlisi de metilació. El seu esforç s'ha vist reconegut, ja que els articles on s'han publicat aquestes eines han aparegut en revistes del primer quartil com BMC Bioinformatics.

La primera eina és HPG-Methyl. Serveix per l'alineament de mostres d'ADN contra el genoma de referència, així com l'anàlisi de la metilació d'aquestes. Una vegada hem fet aquest pas ens trobem amb HPG-Hmapper, que construeix un mapa de metilació de les mostres sobre la base dels resultats de l'eina anterior.

HPG-Dhunter és l'últim pas en l'anàlisi de la metilació, i millora la resta d'eines. Ensenya de manera gràfica on estan les diferències de metilació de les diferents mostres. Això és revolucionari perquè pot ajudar amb investigacions de càncer i altres malalties.

Finalment, aquesta eina compta una versió per a facilitar el seu ús anomenada HPG-Dhunter-Batch. Es tracta d'un servidor web connectat amb el servidor de GREV, on els investigadors poden pujar les seues dades i recollir-los sense majors complicacions.

 

Link al repositori amb les eines: https://grev-uv.github.io/

Article sobre l'eina HPG-Methyl: https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-017-1574-3

Article sobre l'eina HPG-Hmapper: https://journals.sagepub.com/doi/10.1177/1094342019840792

Article sobre l'eina HPG-Dhunter: https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-020-03634-y

Article sobre HPG-Dhunter-Batch: https://www.mdpi.com/2079-9292/10/9/1083#