Las líneas de investigación del Programa de Doctorado se agrupan en los siguientes bloques temáticos:
- Prehistoria y Arqueología
- Arte y simbolismo en la Prehistoria del Mediterráneo Occidental.
- Las transiciones en el Paleolítico Mediterráneo Occidental: aspectos culturales, económicos y paleoambientales.
- La transición neolítica en el Mediterráneo Occidental y sus consecuencias.
- Arqueología del territorio/paisaje (en común con Arqueología).
- Bioarqueologia.
- Arqueología clásica.
- Arqueología ibérica.
- Arqueología fenicio-púnica.
- Numismática antigua.
- Historia Antigua
- Etnicidad, identidad e imagen de los pueblos del Mediterráneo antiguo.
- Mujer y sociedad en la antigüedad mediterránea.
- Literatura popular y prodigios en la antigüedad mediterránea.
- Vías comunicación en la antigüedad.
- Ciencias y Técnicas Historiográficas
- Edición crítica de textos medievales.
- Descripción y análisis de fondos bibliográficos y documentales.
- Prácticas de escritura y lectura en el mundo occidental.
- Las instituciones memoria de la cultura occidental.
- Historia Medieval
- Redes económicas en el Mediterráneo occidental.
- Proveer un capital. La centralidad económica y política de la ciudad de Valencia.
- Transformaciones de los sistemas agrarios en el mundo mediterráneo.
- Inquisición y conversos en la Corona de Aragón.
- Historia Moderna
- Transformaciones económicas y relaciones sociales durante la Edad Moderna en el Mediterráneo Occidental.
- Élites sociales y relaciones de poder en el Mediterráneo Occidental en la Edad Moderna.
- Corrientes intelectuales y manifestaciones culturales en el Mediterráneo Occidental en la Edad Moderna.
- Geografía
- Análisis del medio físico y sus procesos en ambientes mediterráneos.
- Análisis, planificación y ordenación territorial en regiones mediterráneas.
- Estudio de los paisajes naturales y culturales en la cuenca mediterránea.
- Patrimonio natural y cultural en el Mediterráneo.