El programa de doctorat Biodiversitat procedeix de les successives transformacions que ha experimentat l'antic Programa de doctorat en Biodiversitat i Biologia Evolutiva (RD 778/1998) de l'Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva de la Universitat de València (MCD2006-00349). Aquest programa de doctorat ve impartint-se ininterrompudament des de 1999 i compta amb esment de qualitat des de 2003 (renovada en 2008, BOE 273 de 12-11-2008). El programa de doctorat ha mantingut nivells de matrícula consistentment elevats des de la seva creació, la qual cosa evidencia l'interès dels estudiants per aquest camp d'estudi. A la vista de la configuració dels estudis del grau en Biologia, el doctorat en Biodiversitat és l'únic que pels seus continguts i especials característiques serà capaç d'atendre la creixent demanda dels estudiants per una formació avançada en biologia organísmica i de sistemes, conservació i biologia evolutiva. D'altra banda, el programa de doctorat en Biodiversitat constitueix l'opció natural per als molts estudiants que sol·liciten el seu ingrés en l'Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva i que desitgen cursar estudis avançats en biodiversitat i evolució.