Este grupo tiene un reconocido prestigio por los numerosos trabajos que ha llevado a cabo en ecosistemas acuáticos continentales y los nuevos investigadores que en él se han formado. A continuación se ofrecen algunos temas de interés científico, desde la ecología básica hasta la aplicada, que son abordados por este grupo.

Líneas de investigación de ecología básica: a) Riqueza específica de organismos acuáticos: bacterias, fitoplancton, perifiton, zooplancton, bentos, peces. b) Dinámica de las poblaciones planctónicas. c) Estudio de las redes tróficas acuáticas. d) Dinámica y función de los ecosistemas acuáticos: ensamblado de comunidades, productividad, procesos microbianos. e) Paleolimnología y cambio global. f) Limnología antártica de humedales y embalses.

Líneas de investigación aplicadas: a) Procesos de contaminación acuática y eutrofización. b) Calidad físico-química y microbiológica del agua. c) Caracterización y manejo de ecosistemas acuáticos. d) Restauración de ecosistemas acuáticos. e) Respuesta de los ecosistemas acuáticos a los cambios globales. f) Acuicultura.