Los antecedentes del Instituto pueden remontarse a las actividades de la cátedra de historia de la medicina del profesor José María López Piñero (1933-2010) durante los años sesenta del siglo pasado. Esta cátedra fue el núcleo del Instituto de Historia de la Medicina creado durante la década siguiente con el apoyo de la Institución Alfonso el Magnánimo de la Diputación de Valencia. El centro continuó creciente con nuevas incorporaciones y en 1985 el profesor López Piñero aconteció el primer director de un centro mixto de la Universitat de València y el CSIC: el Instituto de Estudios Históricos y Documentales sobre la Ciencia. Disponía de una Biblioteca y Museo Historicomédico, y un Centro de Documentación e Información en Biomedicina, dirigido por la catedrática de documentación María Luz Terrada Ferrandis, también del mismo departamento de la Universitat de València. Los objetivos primigenios del centro eran el estudio de la actividad científica y médica desde la Antigüedad hasta la actualidad, con particular atención a la creación de repertorios bibliográficos de la producción científica en la Península Ibérica desde la época moderna, así como la obtención de indicadores de la actividad científica y sanitaria, la creación de bases de datos (entre ellas la IME, Índice Médico Español, o la Bibliografía de Historia de la Ciencia), el estudio de la terminología científica y el análisis de la información científica y médica, además de otros muchos proyectos de investigación de historia de la ciencia, la tecnología y la medicina.

En el año 2008 el Instituto fue reestructurado de nuevo para concentrar la actividad investigadora dentro del campo la historia de la medicina y de la ciencia, integró la Biblioteca Historicomédica Vicent Peset y Llorca y el nuevo Museo de Historia de la Medicina y de la Ciencia y adoptó la denominación de Instituto de Historia de la Medicina y de la Ciencia López Piñero, como centro mixto de la Universitat de València y el CSIC. Esta remodelación dotó en el centro de un nuevo proyecto e identidad científica, reforzada con la incorporación de nuevo personal investigador y el traslado del centro a la sede actual a un edificio rehabilitado, Palacio de Cerveró, y situado en el centro histórico de Valencia.

El 30 de enero de 2017, el Consejo de Gobierno de la Universitat de València, después de un informe con la calificación de máxima excelencia por parte de la agencia evaluadora estatal (ANECA), aprobó el trámite para la creación del Instituto Interuniversitario López Piñero (IILP), un centro con las universidades de Alicante, Miguel Hernández de Elche, Valencia y Jaume I de Castelló. El centro fue también evaluado positivamente por parte de la Generalitat Valenciana en mayo de 2018 y finalmente el decreto del DOGV el 21 de noviembre de 2018 crea el Instituto Interuniversitario López Piñero de Estudios Históricos y Sociales, sobre Ciencia, Tecnología, Medicina y Medio ambiente (IILP). En estos momentos, y combinando la larga tradición académica con las novedades de las últimas incorporaciones, el centro continúa apoyando a la investigación, el pensamiento crítico, la innovación pedagógica, la igualdad de oportunidades, la divulgación innovadora, y la conservación y el estudio del patrimonio bibliográfico y material relacionado con la ciencia, la tecnología y la medicina.