El primer objetivo del Master es que los estudiantes adquieran conocimientos y capacidades atribuibles, con un nivel de excelencia, en las enfermedades parasitarias humanas y animales. Este nivel viene avalado por la Mención de Calidad obtenida por el programa de doctorado del que deriva.

Un segundo objetivo hace referencia a su finalidad, formar a investigadores para integrarse o liderar grupos de investigación de Universidades, otros organismos públicos o privados, hospitales y afines, y departamentos de I+D de empresas.