Sota el mandat de Jaime Honorato Pomar, la càtedra de “herbes i altres medicaments simples” es va desenvolupar entorn de l'educació botànica dels estudiants, promovent l'elaboració de grans herbaris i el coneixement quasi absolut de la flora circumdant a la ciutat de València.

La Universitat de València es va inaugurar en 1502 com a universitat municipal, gestionada i finançada per l'oligarquia burgesa de la ciutat. Dins d'aquesta primera universitat es van organitzar dues càtedres de medicina: una dedicada a la cirurgia i una altra que ensenyava anatomia a la tardor i hivern i botànica mèdica a la primavera i estiu. Aquestes dues disciplines es van dividir en 1560, arribant a existir una càtedra de “herbes i altres medicaments simples”.
En aquest punt de la història, s'ha de comentar la figura de Jaime Honorato Pomar, qui va nàixer a València en 1550 i va ocupar la càtedra de “herbes i altres medicaments simples” en 1584. Sota el seu mandat, la càtedra es va desenvolupar entorn de l'educació botànica dels estudiants, promovent l'elaboració de grans herbaris i el coneixement quasi absolut de la flora circumdant a la ciutat de València.
Tal va ser la fama que va aconseguir la càtedra, que s'ha documentat que la ciutat de València va ser una dels principals llocs d'origen de les plantes que va importar Felip II per a elaborar els famosos jardins d'Aranjuez. En aquest context, el rei va estrényer la seua relació amb Pomar i va reconéixer el seu esforç i coneixement amb una plaça commemorativa en el Palau Real i amb el regal de l'Atles d'Història Natural que acabaria dir-se Còdex Pomar. Aquest conté un total de 218 gravats de zoologia i botànica que destaquen tant pel seu atractiu artístic com per la informació científica que contenen.
Els exemplars contemplats en aquest llibre es reparteixen de manera desigual entre el Vell i el Nou Món, havent-hi més exemplars propis del primer dels dos. En aqueix grup trobem des d'una fotja comuna o una cigüeñuela comuna, tots dos ocells típics de l'Albufera, fins a animals exòtics com la jineta del Senegal, alguns grans fardatxos de les arenes o el rinoceront.
Entre els espècimens exòtics només trobem set exemplars entre els quals destaquen un cèlebre “ocell del paradís” o un exemplar de mico caputxí (també anomenat “cay” en el llibre), que és una de les espècies de mico més primerencament difosa en captivitat per Europa.
El mateix ocorre en el pla botànic, ja que la majoria de les espècies registrades són d'origen europeu i de caràcter medicinal o “d'adorn”. En l'àmbit de les espècies exòtiques, estan registrades vint-i-cinc espècies com són l'arç americà, el bananer o la tomaquera.