L’electroforesi bidimensional - proteòmica continua sent la tècnica més resolutiva i utilitzada en les anàlisis proteòmiques, ja que permet aïllar mitjançant una doble separació en un gel 2D-PAGE segons el punt isoelèctric (pI) i el pes molecular (PM). No obstant això, donats els inconvenients i limitacions que presenta, hi ha actualment una intensa activitat en la cerca de sistemes alternatius.

Entre d’altres, la tecnologia DIGE (differentialin gel electrophoresis), comercialitzada per GE Healthcare, suposa un clar avanç en l’anàlisi comparativa de l’expressió diferencial de proteïnes, ja que minimitza la variabilitat dels gels, disminueix el temps d’anàlisi i permet una quantificació molt precisa del perfil d’expressió.