La PCR en tiempo real es una técnica que combina la amplificación y la detección en un mismo paso, al correlacionar el producto de la PCR de cada uno de los ciclos con una señal de intensidad de fluorescencia. Están compuestos por un termociclador acoplado a un sistema óptico, que monitoriza la señal de los fluoróforos usados para detectar el producto amplificado. Debido a que la fluorescencia de éstos aumenta conforme el producto se amplifica, se combinan los procesos de amplificación y detección en una sola etapa.

Esta técnica posee características importantes como son alta especificidad, amplio rango de detección y rapidez en la visualización del producto.

Los sistemas de PCR en tiempo real incluyen un termociclador y una unidad capaz de detectar señales fluorescentes para monitorizar el progreso de la reacción de amplificación, así como un software para el análisis de los datos.

Los fluoróforos utilizados para seguir la amplificación del ADN durante la PCR en tiempo real pueden ser con afinidad por el ADN (SYBR Green) o sondas específicas para fragmentos del ADN (sondas Taqman).

El equipo QuantStudio™ 5 posee filtros para los siguientes espectros de fluoróforos: azul (FAM™and SYBR™), verde (VIC™), amarillo (ABY™, NED™, and TAMRA™), naranja (JUN™ and ROX™) y rojo (Cy®5 and MUSTANG PURPLE™).