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La Ley Orgánica 6/200, del 21 de diciembre, de Universidades (LOU), transformó el marco de la organización general y las estructuras existentes en materia de medición y evaluación de la calidad del sistema universitario. Concretamente, el artículo 31 de la ley atribuyó las funciones de evaluación y las conducentes a la certificación y a la acreditación de las enseñanzas universitarias a la Agencia Nacional de Evaluación de la Calidad y Acreditación) y a los órganos de evaluación que las leyes de las comunidades autónomas determinen.

Con la creación de la ANECA el II Plan de Calidad de las Universidades queda derogado y se propone el Programa de Evaluación Institucional (PEI). Dicho programa evalúa las enseñanzas universitarias conducentes a la obtención de títulos de carácter oficial y validez en todo el territorio nacional.